早期
日本封建制經濟這種莊園主要是地方豪族為擺脫政府的控制，謀取免課特權，把土地所有權名義上捐獻給中央豪族或寺社並交納一定年貢，然後接受這種名義上的領主（稱為領家、本所或本家）的任命，以莊官（莊園的管理者）的身份掌握著莊園的實際領主權。鎌倉幕府成立後，立即建立“守護”、“地頭”制度，以自己的將士擔任這些職務，對原莊園主或自己的新功臣則發給“封地狀”,以確立其占有土地的權利。
於是,莊園制一變而為封土製，封建制度確立起來。莊官職被地頭（武士）所取代，建立兵農合一體制。地頭具有管理莊園土地、統制莊民、徵收年貢夫役以及治安警察等許可權，是莊園的實際支配者。莊園的基本農民是名主和作人。名主一般是包括旁系家族及奴僕在內的家長制大家族共同體。一方面耕種領主的土地,負擔年貢和徭役,一方面占有少量的名田（自有地），統率全家族從事耕作。這種莊園領主土地所有和農奴（名主）勞動，便成為中期封建經濟的基礎。
鎌倉後期，莊園領主把一部分實物地租（稻穀）通過商人賣給地方市場，以貨幣代替實物地租，促進了原來極不發達的手工業和商業的發展。南北朝室町時期，手工業和商業日趨繁榮，地方市場由原來每年春秋兩次市集發展為每月三次或六次的三齋市或六齋市。戰國時期，城下町和海港城市也迅速發達起來，出現了行會組織（座）、棧房（問屋）、匯兌業（替米、替錢）。由於生產力和社會分工的發展，自南北朝以來農村發生分化,名主大家族共同體趨於解體,小農個體經營日益加強。與此同時，出現了新的村落組織（惣村）。同時，由於守護大名向莊園擴張勢力，莊園日益守護領化。結果，導致莊園制的解體和守護領國制的形成。
晚期
日本封建制經濟他們被固著在土地上，除擔負地租和徭役外，還受到禁止買賣土地、限制份地以及限制種植等一系列的超經濟強制。農民的生產活動是在村落共同體內進行的，村落既是生產單位，又是繳納年貢的單位。 近世經濟是以領主剝削農民實物地租為基礎的自然經濟，但領主必須出賣所得實物以購買其他生活必需品。同時由於大名對將軍履行參覲交代和軍役等義務，負擔著多項的領外支出，因而也必須出賣所得實物。為了方便大名出賣米谷，幕府設立了全國中心市場大阪，出現了特權商人和同業行會（株仲間）。
這種比較發達的商品貨幣經濟，是幕藩體制必不可少的經濟支柱。與此同時，隨著近世本百姓自給自足經濟的部分解體和剩餘生產物的商品化，農村的商品經濟也日益發達起來。18世紀，幕府為增加收入，實行商業統制政策，確認了江戶、大阪和京都的商人公會。同時，實行殖產興業政策，準許農民經營副業,以強化地租。商品經濟發展的結果,從根本上動搖了幕藩體制的經濟基礎。
19世紀，幕藩經濟陷於嚴重危機，幕府雖然多次試圖進行改革，但毫無結果。封建經濟日趨解體，終以開港為契機，爆發了倒幕維新運動。
