規模
該館建築面積11550平方米,地上4層，地下5層。地下面積占總面積的80%,大多為庫房,安裝有自動化調控和監測設備等，館藏總量按排架長度為4 萬米，其中檔案1003萬卷，圖書資料53萬冊,全部採用電動密集架。
館內機構分庶務科、公文書科和內閣文庫 3部分。庶務科為行政管理機構，負責掌管人事、文書處理、印信、財務、房屋設備及其他行政工作。公文書科是核心部分，負責檔案的接收、收集、整理、編目、保管、借閱、陳列、調研和編印參考資料、目錄、年報等業務工作。內閣文庫是日本總理府的圖書資料保管和史料編纂業務中心,明治十八年(1885)實行內閣制時即已成立,後與內閣檔案一起歸由總理府掌管，國立公文書館一成立就成為它的組成部分。 內閣文庫藏有 1603年以來的和、漢古籍，明治政府的地方志資料，西歐圖書資料和文獻譯本，各省廳刊物及近代政治、行政區劃等資料。
規定
該館圖書實行開架閱覽，檔案除有保密或特殊限制者外均對外開放，計有總理府檔案41944卷,459袋, 408件；其他省、廳的檔案8091卷。凡年滿20周歲者 (包括外籍人)為了學術研究,均可申請辦理有效期為一年的閱覽許可證。複製要經館長批准並交費，並辦理查詢、借出等業務。僅1987年就接待查檔者1683人次，提供檔案11534卷冊,借閱歷史圖書資料4970人次,70817冊。該館每年春秋兩季定期舉辦各種檔案展覽,公布檔案史料,如明治前期國政資料展、明治後期國政資料展、大正年間國政資料展,紀念內閣制度建立90周年國政資料展、日本及國外檔案情況展、內閣文庫所藏貴重資料展等。該館還出版有《國立公文書館年報》，報告一年的工作情況；《北之丸》研究報告雜誌，報導館務成果、館藏檔案內容等。1972年 8月該館成為國際檔案理事會會員國，積極開展國際檔案交流活動。
