編纂過程
《日本外交文書》第1卷第1冊書影《日本外交文書》的編纂工作由日本外務省外交史料館負責，是一項一直持久性的工作。明治年間，日本政府就已開始著手整理外交文書的工作，編纂了《續通信全覽》、《外交志稿》、《大日本古文書幕末外國關係文書》等文獻彙編。第一次世界大戰以後，歐美各國競相編纂刊行本國外交檔案，這些檔案不僅僅是正式的外交文書，更包含了原屬機密範疇的各種報告和訓令，英國外交檔案（藍皮書）就是典例。日本外務省曾對這種現象做過調查，將原因歸納為三點：1、各國政府政策上之必要，即辨明開戰責任；2、社會主義的風潮之影響，導致要求政府向大眾公開檔案的呼聲越來越高；3、學術界研究的期望。 這股風氣自然而然地影響了日本。早在1924年護憲三派內閣時期，就已提出發表外交文書的方案，昭和初年開始制定編纂明治維新以來外交文書的計畫，1936年（昭和十一年）6月正式出版發行了《大日本外交文書》第1卷第1冊（慶應三年（1867年）十月至明治元年（1868年）六月），當時的日本首相兼外相廣田弘毅為之作序，從此開《日本外交文書》刊行之先河。
此後日本政府每年都會整理出版數冊《大日本外交文書》，1940年出版到第9卷（1876年）以後，由於日本發動的侵華戰爭持久化，近衛文麿內閣宣布《大日本外交文書》為“不急的事業”而中止其編纂。 在停止編纂的期間內，1942年1月7日，日本外務省發生火災，燒毀了大量檔案，到1945年日本投降時已遺失許多珍貴資料。日本投降以後，日本外務省重新開啟編纂業務，並去掉了“大”字，通稱《日本外交文書》。1946年，《日本外交文書》第20卷出版發行。之所以從第9卷直接跳轉至20卷，是因為中間各卷檔案遺失較多，正在努力填補修復中，而20卷以後則比較容易整理。 此後《日本外交文書》的編纂工作順利展開，1963年完成了明治期的《日本外交文書》，1987年完成了大正期的《日本外交文書》，當前正在進行昭和期《日本外交文書》的編纂，先已完成了昭和期I（1927年—1931年）和昭和期II（1931年—1937年）兩部分及若干特集。最新出版的《日本外交文書》是2014年3月出版的昭和期III（1937年—1945年）第1卷、第2卷。
內容體例
《日本外交文書》是將原有檔案以明朝體活字刊印，而在編排體例上，明治期以卷為單位，1年為1卷，一部分是1卷1冊，另一部分是1卷2冊，第40卷則為3冊構成。部分卷還有別冊，如北清事變（義和團運動）、日俄戰爭、清國事變（辛亥革命）等。大正期以冊為單位，每年有2—6冊。此外就明治期和大正期的一些重大問題還各自編成特集。昭和期分為I（1927年—1931年）、II（1931年—1937年）和III（1937年—1945年）3部分，每部分的卷號按年份編排，並有對華關係和對其他國家關係之別。對於一些重大問題亦以特集形式歸納整理。在每冊內以事項為單位對檔案進行歸類，其所收錄內容除了正式的外交文書外，還有大量報告、訓令、決議、會談記錄等機密檔案。具體卷冊如下：
| 類別 | 卷冊 | 出版年 | |
| 明治期 | 明治期 | 第1卷（1、2冊） | 1936年 |
| 第2卷（1、2、3冊） | 1937年 | ||
| 第3卷 | 1938年 | ||
| 第4卷 | |||
| 第5卷 | |||
| 第6卷 | 1939年 | ||
| 第7卷 | |||
| 第8卷 | 1940年 | ||
| 第9卷 | |||
| 第10卷 | 1949年 | ||
| 第11卷 | |||
| 第12卷 | |||
| 第13卷 | 1950年 | ||
| 第14卷 | |||
| 第15卷 | |||
| 第16卷 | |||
| 第17卷 | 1951年 | ||
| 第18卷 | 1950年 | ||
| 第19卷 | 1951年 | ||
| 第20卷 | 1946年 | ||
| 第21卷 | 1948年 | ||
| 第22卷 | 1951年 | ||
| 第23卷 | |||
| 第24卷 | |||
| 第25卷 | 1952年 | ||
| 第26卷 | |||
| 第27卷（1、2冊） | |||
| 第28卷（1、2冊） | 1953年 | ||
| 第29卷 | |||
| 第30卷 | |||
| 第31卷（1、2冊） | 1954年 | ||
| 第32卷 | 1955年 | ||
| 第33卷（1、2冊） | |||
| 第33卷別冊北清事變（上、中、下卷） | 1955、1956、1957年 | ||
| 第34卷 | 1955年 | ||
| 第35卷 | 1956年 | ||
| 第36卷（1、2冊） | 1957年 | ||
| 第37卷（1、2冊） | 1957、1958年 | ||
| 第38卷（1、2冊） | 1958年 | ||
| 第37、38卷別冊日俄戰爭（I、II、III、IV、V卷） | 1958、1959、1960年 | ||
| 第39卷（1、2冊） | 1959年 | ||
| 第40卷（1、2、3冊） | 1959、1960年 | ||
| 第41卷（1、2冊） | 1960年 | ||
| 第42卷（1、2冊） | 1961年 | ||
| 第43卷（1、2冊） | |||
| 第44卷（1、2冊） | 1962年 | ||
| 第45卷（1、2冊） | 1962、1963年 | ||
| 第44、45卷別冊清國事變 | 1960年 | ||
| 明治年間特集（第1、2冊） | 1962、1963年 | ||
| 明治期特集 | 條約改正關係（1、2、3、4卷、追補、會議錄、別冊經過概要附年表、別冊通商條約與通商政策之變遷） | 1941、1942、1944、1948、1950年 | |
| 通商條約關係第1卷（1、2、3冊） | 1953、1954年 | ||
| 海牙萬國和平會議關係（1、2卷） | 1954、1955年 | ||
| 大正期 | 大正期 | 大正二年（1、2、3冊） | 1963、1964年 |
| 大正三年（1、2、3冊） | 1964、1965年 | ||
| 大正四年（1、2、3冊上卷、3冊下卷） | 1965、1966、1967、1968年 | ||
| 大正五年（1、2、3冊） | 1966、1967年 | ||
| 大正六年（1、2、3冊） | 1967、1968年 | ||
| 大正七年（1、2冊上卷、2冊下卷、3冊） | 1968、1969年 | ||
| 大正八年（1、2冊上卷、2冊下卷、3冊上卷、3冊下卷） | 1969、1970、1971年 | ||
| 大正九年（1冊上卷、1冊下卷、2冊上卷、2冊下卷、3冊上卷、3冊下卷） | 1971、1972、1973年 | ||
| 大正十年（1冊上卷、1冊下卷、2、3冊上卷、3冊下卷） | 1973、1974、1975年 | ||
| 大正十一年（1、2、3冊） | 1975、1976年 | ||
| 大正十二年（1、2、3冊） | 1977、1978、1979年 | ||
| 大正十三年（1、2冊） | 1979、1980年 | ||
| 大正十四年（1、2冊上卷、2冊下卷） | 1981、1982、1983年 | ||
| 大正十五年（1、2冊上卷、2冊下卷） | 1984、1985、1986年 | ||
| 大正期特集 | 巴黎和會經過概要 | 1970年 | |
| 華盛頓會議（上、下卷） | 1977、1978年 | ||
| 華盛頓會議軍備限制問題 | 1973年 | ||
| 華盛頓會議遠東問題 | 1975年 | ||
| 對美移民問題經過概要 | 1971年 | ||
| 對美移民問題經過概要附屬書 | 1972年 | ||
| 昭和期 | 昭和期I | 第1部（1、2、3、4、5卷） | 1988、1991、1993、1994、1995年 |
| 第2部（1、2、3、4卷） | 1987、1988、1992年 | ||
| 昭和期II | 第1部（1、2、3、4上、下卷、5上、下卷） | 1997、1999、2001、2006、2008年 | |
| 第2部（1、2、2卷別冊日印會商報告書、3、4、5卷） | 1996、1998、2000、2001、2005、2007年 | ||
| 昭和期III | 第1、2卷 | 2014年 | |
| 昭和戰前期特集 | 滿洲事變（第1卷1、2、3冊、第2卷1、2冊、第3卷） | 1976、1977、1979、1980、1981年 | |
| 日內瓦海軍軍備限制會議 | 1982年 | ||
| 1930年倫敦海軍會議（上、下卷） | 1983、1984年 | ||
| 倫敦海軍會議經過概要 | 1978年 | ||
| 倫敦海軍會議預備交涉、條約說明書 | 1981年 | ||
| 1935年倫敦海軍會議 | 1985年 | ||
| 1935年倫敦海軍會議經過報告書 | 1986年 | ||
| 海軍軍備限制條約樞密院審查記錄 | 1983年 | ||
| 國際聯盟一般軍縮會議經過報告書（1、2、3卷） | 1987、1988、1990年 | ||
| 昭和期國際聯盟經濟會議關係報告書集（1、2卷） | 1993、1994年 | ||
| 日本外交述懷錄（1900～1935） | 1982年 | ||
| 日德意三國同盟關係協定集 | 2004年 | ||
| 日美交涉—1941年（上、下卷） | 1990、1991年 | ||
| 昭和戰爭期 | 日中戰爭（1、2、3、4冊） | 2011年 | |
| 太平洋戰爭（1、2、3冊） | 2010年 | ||
| 第二次世界大戰與日本（1、2冊上、下卷） | 2012、2013年 | ||
| 昭和戰後期 | 關於和平條約締結的協定（1、2、3、4、5冊） | 2002、2003年 | |
| 舊金山和約（準備對策、對美交涉、簽字生效） | 2006、2007、2008年 | ||
| 其他 | 近代陰陽曆對照表 | 1950年 | |
| 小村外交史（上、下卷） | 1952年 | ||
| 日本外交年表並主要文書（上、下卷） | 1954年 | ||
資料價值
《日本外交文書》的問世給研究者帶來極大的便利，是研究日本近代外交的必備資料，具有非常高的史料價值。同時，由於近代日本所採取的大陸政策，因此對鄰國朝鮮和中國極為關注，日本外交官刺探和蒐集了大量中朝政治、經濟、文化、軍事、社會等各方面的情報，因而《日本外交文書》上包含了豐富的中國和朝鮮的相關信息，對中國近代史和朝鮮近代史起到重要的補充作用，也是研究近現代東亞國際關係史的基本史料。
正是鑒於《日本外交文書》所蘊藏的史料價值非常高，所以中國一直很重視對《日本外交文書》的利用，在甲午戰爭、義和團運動、辛亥革命、九一八事變等重大事件上均有《日本外交文書》選譯。中國方面亦曾公布《日本外交文書》的相關內容來證明釣魚島是中國的固有領土。
不過，日本外務省在整理編纂的過程中，並非所有的外交檔案都彙編於《日本外交文書》中。在日本國立公文書館開發的資料庫“亞洲歷史資料中心”（アジア歴史資料センター）中可以找到日本外務省外交史料館、國立公文書館等公開的大量外交檔案的原件，其中不少都是《日本外交文書》所未收錄的。 另外在伊藤博文編《秘書類纂》及一些日本政要的關係文書中也能找到很多不見於《日本外交文書》的外交檔案。朝鮮半島方面的資料則有韓國國史編纂委員會編的《駐韓日本公使館記錄》（共26卷）可資參照補充。
