機構職能
日本負責出入境管理事務的行政機關是入境管理局。入境管理局主要負責外國人的入境查驗、居留活動、再入境手續，對違反出入境法律者執行收容、驅逐以及難民身份等事項。
日本的簽證事務由外務大臣與法務大臣進行協商決定。
一般長期居留簽證，就業簽證等需要事前審查，大總值發都要由外大臣與法務大臣協商。簽證的事前審查要由在外使領館向外務大臣向法務大臣提出。然後外務大臣向法務大臣提出。法務省入境管理局通過各種渠道了解入境的真實目的後，然後由法務大臣向外務大臣提出是否給予簽證的意見。所以此類簽證，從提出申請到發放簽證需要相當的時間。
日本駐華使館負責辦理其駐華領事館領區以外人員申請前往日本的簽證。日本駐華領事館負責辦理其領區範圍內人員申請前往日本的簽證。簽證所需時間一般為8-10天。
日本於1951年公布了第一個出入境管理法，即《出入境管理令》，第二年制訂《外國人登記法》。1982年公布了《外國人登入法》，並且再次修定了《出入境管理令》，將其更改為《出入境管理暨難民認定法》，並在1990年實施修訂的法案。該法主要內容分為外國人入境、居留、出境、驅逐出境、日本人的出國和歸國等。
日本政府實行的入境管理制度同大多數國家一樣，對不同的入境者發給不同的入境簽證。不同的居留資格一般是由不同種類的簽證或加注來表示的。日本的簽證種類用阿拉伯字母來表示，從4-1-1一直排列到4-1-16。例如，到日本進行旅遊觀光、探親訪友的，居留資格為4-1-4；留學生的居留資格為4-1-6；到日本進行科研數學活動的，其居留資格為4-1-7等等。其中4-1-16又劃分為1、2、3三個類別，居留資格又分為普通居留資格、中級居留資格、高級居留資格和特殊居留資格四種。
日本駐外大使館或領事館在簽發入境簽證時，一般直接在簽證下方註明居留資格編號，進入日本國境，入國檢查官員在護照相館上加蓋“上陸許可”印章的同時，也同樣註明居留資格編號，表示進一步確認入境者的身份。
資格及期限
1． 外交官、領事官、隨員及家屬的逗留期限不受限制。
2． 從事日本政府所承認的外國政府及國際機構的公務人員及其家屬逗留期限也不受限制。
3． 過境者的逗留期限為15天。
4． 觀光者，還包括由娛樂、休養、民間團體主辦的會議的參加者，競技、比賽等的參加者、親朋間的探親訪問，插花、茶道、柔道、禪等日本固有技藝的進修、宗教巡禮、友好城市及學校等組織的訪問以及不從事伴有收益活動的其他入境者）的逗留期限為60天。
5． 從事貿易、事業及投資活動的人員（企業的管理與經營者）的逗留期限為3年。
6． 留學生（在短期大學以上的教育機構從事研究和接受教育的人員）的逗留期限為1年。
7． 在學術研究機構及教育機構從事研究指導和接受的人員（包括在短期大學以上的教育、研究機構任講師、副教授、教授之職的人員）的逗留期限為3年。
8． 從事藝術及學術上的活動人員（包括音樂、美術、文學、科學及其他藝術上和科學上的活動人員）的逗留期限為1年。
9． 伴有收入的演劇、演藝、演奏、體育表演等行為的人員，逗留期限為60天。 10． 為從事宗教活動，由外國宗教團體派遣的人員，逗留期限為3年。
11． 作為外國親聞、廣播、電影及其他傳播媒介的派遣員來日的工作人員，逗留期限為3年。
12． 國內公共、私人機構招聘的，提供產業上的高技術或特殊技術的人員，逗留期孕婦為3年。
13． 從事熟練勞動的人員（如中華料理的廚師、點心製造人員等，但一般不允許單純的勞工入境），逗留期限為1年。
14． 永久居住的人員，逗留期限為永久性。
15． 逗留資格為5-13項的人員的配偶及其未成年子女（即所謂被扶養者）。逗留期限與其撫養者的逗留期限相同。
16． 逗留資格為5、10、11、12各項的人員中短期逗留者及其家屬，逗留期限為180天。
17． 1952年法律第126條第2號第6項規定的人員的子女並在該法律實施之日後在日本出生的人員，逗留期限為3年。
18． 法務大臣特許的逗留人員（不屬於其他逗留資格的人員，例如醫生、技術研究修生、語言學術教師、各種學校學生、日本人無養親族等。別外，即使從事其他逗留資格的活動，但逗留期限與逗留資格規定的逗留期限不同的場合，也適於此），其逗留期限在3年範圍內個別指定。
19． 1953年政令第404號第14條第2項規定的人員的子女並在該法實施之日後在日本出生的人員，逗留的期限為3年。
在上述逗留資格中，如果是6（留學生）、7（邀請教授）、12（技術人員）和13（熟練勞動者）資格的人員，以申請入境時，必須持有相當其逗留資格的法務大臣的資格證明書。該資格證明書，除在本人申請簽證時一併向日本在外使領館提出外，還可以在持有4（觀光客）等資格簽證在日本逗留期間，向據入境管理事務所提出申請；或者由在日本居住的保證人向入境管理事務所代理申請，然後再寄送給國外的本人。
審核措施
赴日學習目的必須明確
由於赴日留學生人數劇增，赴日動機複雜，日本法務省將具體審查留學生有無明確的學習目的。
特別是那些在本國最終學歷的學校畢業已經多年 （ 如 5 年以上 ） 後要來日本留學的人，將成為嚴格審查的對象。
留學生日語能力必須達標
今後對赴日留學者的日語水平要求將比過去更加嚴格。
對於準備直接進入日本大學本科學習的留學生，則要求日語水平至少達到 " 日語能力考試 "2 級以上；
對於要求進入 " 別科班 "（ 即大學預科班 ） 或日本語學校的人，則要求有 " 日語能力考試 "4 級以上的水平。在此規定下，水平不達標者都難以赴日留學。
留學經費支付證明必須明細
為了保證學生在日本留學期間擁有基本生活費和學費，日方對 " 經費支付證明 " 的審查將更加嚴格。日本出入境管理局除要求經費支付人提供存款證明外，還要求提供存款和取款的明細賬，並要求提供相應存摺的複印件和過去 3 年的收入證明資料。
對於日本非優良校學校進行嚴查
日本的學校分為“優良校”和 " 非優良校 ” 兩種，即人們所說的“適正校”和 “ 非適正校 ” 。對以前曾被揭發出在校生有非法就業或違反日本國法律的日本各學校 （ 包括日語學校、專門學校和大學 ） ，出入境管理局將對其提交的學生材料進行更加嚴格的審查。通過審查，確認這些學校是否實施了正確的招生和選拔制度，是否對其學生進行了很好的管理，包括有無認真把握留學生從事資格外活動的情況等。
日本的學校必須杜絕留學生違法
即使是一所好學校，但只要該校出現個別留學生有違法行為，出入境管理局也要對其進行嚴格審查並要求其改善管理，如發現其情況沒有改善，當局則拒簽這些學校遞交的 " 在留資格認定證明書 "（ 即簽證 ） 。
