主要職責
（一）貫徹執行國家有關公路、水路交通運輸行業的方針、政策、法規，擬訂自治區相關政策並組織實施和監督檢查。
（二）擬訂自治區公路、水路交通運輸發展規劃、中長期計畫並監督實施；會同有關部門組織編制自治區綜合運輸體系規劃；參與擬訂自治區物流業發展戰略與規劃。
（三）承擔道路、水路運輸市場監管責任，負責自治區公路、水路交通運政綜合管理。擬訂自治區道路、水路運輸有關政策、準入制度、技術標準和運營規範並監督實施。指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作，指導出租汽車行業管理。指導車輛維修、營運車輛綜合性能檢測、機動車駕駛員培訓工作的行業管理；負責國際道路運輸有關管理工作。
（四）指導自治區地方海事工作。承擔水上交通安全監管責任，負責水上交通管制、船舶及相關水上設施檢驗等工作。
（五）負責提出公路、水路固定資產投資規模和方向、財政性資金安排意見，按規定許可權審批、核准規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目。擬訂公路、水路有關規費政策並監督實施，會同有關部門制定交通運輸行業價格，對涉及財政、土地、價格等方面的問題提出政策建議。
（六）承擔公路、水路建設市場監管責任。擬訂自治區公路、水路工程建設相關政策、制度和技術標準並監督實施。組織協調公路、水路有關重點工程建設和工程質量、安全生產監督管理及有關人員資質管理工作，指導交通運輸基礎設施管理和維護，承擔有關重要設施的管理和維護。負責國道、省道及管轄範圍內專用公路的建設、養護和管理，負責路政綜合管理，依法保護公路路產路權；指導管轄範圍內縣道、鄉道的建設、養護和管理工作。
（七）指導自治區交通運輸行業體制改革；會同有關部門培育和管理交通運輸市場和交通基礎設施建設市場，維護自治區交通運輸行業的平等競爭秩序。
（八）指導公路、水路行業安全生產和應急管理工作。按規定組織協調自治區重點物資和緊急客貨運輸，負責自治區高速公路及重點幹線路網監測和協調，承擔交通戰備工作。
（九）貫徹執行交通行業科技政策、技術標準和規範；組織重大科技開發，推動行業科技進步；引導交通運輸行業最佳化結構、協調發展。指導交通運輸信息化建設，監測分析運行情況，開展相關統計工作，發布有關信息；指導自治區交通運輸行業環境保護和節能減排工作。
（十）指導交通運輸行業的法制宣傳、行政複議、行政應訴、行政執法和監督工作；指導交通運輸行業職業教育和培訓工作。
（十一）指導交通運輸行業開展國際經濟技術合作與交流及利用外資工作。
（十二）承辦自治區人民政府交辦的其他工作。
內設機構
一、辦公室（黨委辦公室）
綜合協調廳系統工作；承辦廳 黨委及廳日常工作事務; 協助管理廳機關日常事務;組織起草綜合性報告、檔案；負責有關綜合性會議的組織、日常會議的協調；負責新聞發布、文秘、信息、機要、保密、外事、修志、文書檔案管理；負責廳機關財務、固定資產管理、計畫生育、安全保衛和機關服務等工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
二、政治部
負責廳屬單位領導班子建設和幹部管理工作；管理廳機關及廳屬單位的機構編制、人事、勞動工資與勞動保障工作；指導交通運輸行業職工隊伍建設；負責廳屬單位及指導交通運輸系統專業技術職務評聘、人才隊伍建設、從業人員職業資格評價、職業技能鑑定工作；負責交通運輸行業智力引進、人力資源開發工作；負責指導交通運輸行業思想政治、宣傳、文明創建、行業文化建設工作；負責廳屬單位出國（境）政審工作；負責黨建、幹部、人事、勞動工資各項統計工作；負責交通運輸廳系統共青團工作；負責廳屬社團、統戰等工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
三、體改法規處
組織起草交通運輸行業地方性法規和規章草案，承擔有關立法規劃和協調工作；承擔自治區交通運輸廳有關規範性檔案的合法性審核工作;承辦相關行政複議、行政應訴等工作；指導和監督檢查交通運輸行業執法工作；負責管轄範圍內的路政、地方海事業務工作；負責廳屬交通運輸企業改革、改制工作；指導交通運輸行業體制改革；承辦廳領導交辦的其他工作。
四、綜合規劃處（自治區綜合交通運輸體系規劃建設協調領導小組辦公室）
組織擬訂自治區公路、水路交通運輸行業發展規劃和年度計畫並監督實施；會同有關部門組織編制自治區綜合運輸體系規劃；負責基礎設施建設項目的前期工作和後期評價工作；組織擬訂公路運輸樞紐規劃，負責樞紐場站、服務區（公廁）、收費站、養護工區及信息化建設及年度計畫；參與擬訂物流業發展戰略和規劃，提出有關政策和標準；承擔有關規劃和建設項目的審核工作；負責交通運輸系統戰備工作;
負責自治區交通運輸行業統計及其信息引導工作；承擔自治區綜合交通運輸體系規劃建設協調領導小組辦公室日常工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
五、工程管理處
負責交通運輸建設行業指導、市場準入、工程質量、養護管理、市場監督管理；擬訂自治區交通運輸基礎設施建設規範性檔案並組織實施；負責維護公路基礎設施建設市場公平競爭秩序；負責管轄範圍內的國省幹線公路、高速公路、專用公路、服務區（公廁）、收費站、養護工區等管理；負責交通運輸基礎設施建設的招投標監督管理和項目實施期間的監督管理工作；負責交通運輸基礎設施建設項目的交竣工驗收工作；負責交通運輸建設的設計變更審查、上報、審核工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
六、農村公路管理處
指導全區農村公路的建設、養護、監督檢查及其行業管理工作；制定全區農村公路發展政策和規劃；指導各地農村公路規劃的編制，編報、下達農村公路年度計畫；承辦廳領導交辦的其他工作。
七、運輸處（出租汽車行業指導辦公室）
承擔城鄉道路運輸行業的政策研究、市場監管和巨觀調控工作；指導城鄉客運、城市公交、出租汽車有關管理工作；按規定承擔有關物流的政策研究和巨觀調控；指導國際道路運輸管理與對外交流工作；負責統籌城鄉交通運輸協調發展和城鄉交通運輸一體化；承辦廳領導交辦的其他工作。
八、安全監督處（安全生產委員會辦公室、應急辦公室、綜合治理辦公室）
監督實施道路、水路運輸、公路水路工程建設安全生產政策；指導有關安全生產和應急處置體系建設；承擔有關公路、水路運輸企業安全生產監督管理工作；負責廳及直屬單位的安全監督管理和消防抗震防災工作；依法組織或參與有關事故的調查處理工作；組織協調公路重點物資、重要時節運輸保障及搶險抗災等緊急客貨運輸有關工作，負責交通運輸廳綜合治理，指導行業綜合治理工作；積極做好有關國家安全事項和國家安全人民防線建設；承辦廳領導交辦的其他工作。
九、財務處
負責管理部門預算資金、專項資金、基本建設項目預決算、政府採購、信貸以及交通運輸建設項目融資、引資等有關財務工作；負責廳屬單位國有資產的管理與監督工作；指導交通運輸系統財務會計工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
十、審計處
負責交通運輸行業審計工作；負責對交通運輸基礎建設項目和交通運輸專項資金運作進行監督和審計；負責對廳屬單位國有資產、財務收支及經濟效益進行審計；負責領導幹部任期經濟責任審計工作；指導交通運輸行業內部審計；承辦廳領導交辦的其他工作。
十一、科技教育處
擬訂自治區交通運輸行業科技、信息化發展政策和規劃並監督實施；負責重大交通科技項目及成果鑑定、推廣套用的組織實施；負責交通運輸行業有關標準（規範、規程）、質量和計量等技術政策及編制工作；指導交通運輸行業環境保護、節能減排等工作；承擔涉及綜合運輸體系的標準（規範、規程）協調工作；指導交通運輸行業成人教育和職業教育工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
十二、基層黨建處
負責廳屬單位基層黨組織的建設；指導基層黨組織和黨員隊伍的思想、作風建設及組織管理；負責制定黨員教育總體規劃及黨員培訓工作；指導、監督基層黨組織的黨員教育等工作；負責交通運輸系統有關單位的黨費收繳管理工作；指導交通運輸系統黨建研究會工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
十三、綜合督查辦公室
對自治區交通運輸廳所屬單位貫徹執行黨的路線方針政策和決議、決定的情況、執行民主集中制的情況、執行黨風廉政建設責任制和自身廉政勤政的情況、開展作風建設的情況、選拔任用幹部的情況進行巡視；負責對上級黨委、自治區交通運輸廳黨委重要決策部署、領導批辦事項等貫徹落實工作進行督促檢查；負責對自治區交通運輸廳年度重點工作進行任務分解和專項督促檢查；負責對自治區交通運輸工作會議、交通運輸廳黨委會議、廳務會議和其他重要會議所作出的重要決定落實工作進行督促檢查；負責對自治區人大、政協意見、建議和提案的督辦工作；負責對交通運輸廳所屬單位和部門督查工作的指導，建立督查信息交流網路，培訓督查工作人員，提高督查水平；負責定期編髮《交通運輸廳督查專報》；承辦廳領導交辦的其他工作。
機關黨委
負責廳機關及相關事業單位的黨群工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
監察室（與紀檢委合署辦公）
為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責廳機關和直屬單位的行政監察工作，指導本系統的紀律檢查和行政監察工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
離退休幹部工作處
負責廳機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
交通工會（信訪辦公室）
負責交通運輸系統工會工作、信訪工作；承辦廳領導交辦的其他工作。
現任領導
黨委書記、副廳長：李學東。
廳長：艾山江·艾合買提 。
