前身
新人民軍旗幟1920年代，菲國農民與農村問題嚴重，共產勢力應運而生。問題最嚴重的呂宋中部，就是共產勢力最強的地區。
1930年，塔魯克（Luis Taruc）與拉拔（Jose Lava）成立了親莫斯科的菲律賓共產黨（Partido Komunista ng Pilipinas，PKP）。
第二次世界大戰菲律賓抗日戰爭中，菲律賓共產黨於1942年組織了“虎克軍”（Hukbo ng Bayan Laban sa mga Hapon，直譯為抗日人民軍）以游擊戰對抗日本。大戰後，菲共於1945年成立了人民解放軍（Hukbong Mapagpalaya ng Bayan，HMB），也可簡稱虎克軍，以毛澤東思想為基礎（例如人民戰爭），以建立新政府為目標，運用游擊戰與政治手段打擊菲律賓政府，勢力迅速擴大。
1950年代，當時之國防部長（1953年成為總統）麥格塞塞有效的鎮壓綏靖虎克軍。麥格塞塞了解虎克軍支持者背後之社會困境，所以設法提高國軍素質，一方面與虎克軍作戰，一方面設法改善軍民關係，為政府拉攏鄉村與虎克軍較外圍的士兵。虎克軍逐漸失去武力與民眾基礎，1954年，舊一代領袖包括塔魯克與拉拔都投降被捕。麥格塞塞並且將一些虎克軍士兵“安置”到南部棉蘭老島等地。如此雖然維持當時的安定，卻也造成當地摩洛人的問題。
發展
新人民軍士兵中蘇交惡後，菲律賓共產黨也分裂了。菲共新一代領袖施順，在1968年另立親北京的菲律賓共產黨（Communist Party of the Philippines，CPP）。1969年，施順重整虎克軍，成立新人民軍，同樣以毛澤東思想為基礎，進行游擊戰以追求“新民主”。勢力逐漸再次壯大。
在1970年代新人民軍出現兩大轉變：
一是當時中國在鄧小平實用政策下不再“輸出革命”，新人民軍立場因而由親中轉向菲律賓民族主義。
二是馬可仕總統執政後，以左派人士威脅國家為由宣布戒嚴。期間馬可仕縱容親信貪腐，引起廣大不滿，新人民軍勢力因而迅速擴張。
新人民軍在政府無法控制的地方收稅治理，並且與摩洛民族解放陣線（MNLF）合作。政治上則以民族主義為立場，反對日本投資、以經濟為由排斥華裔菲律賓人、並且反對美國干涉。
和談
新人民軍士兵在1985大選中，菲律賓共產黨透過小黨巴揚（Bayan）參選，政見是要求美軍撤出菲律賓與土地改革。1986年，馬可仕下台，柯拉蓉當選總統。柯拉蓉總統任內曾和菲律賓共產党進行和談，但共產黨要求的停止美國軍事與經濟援助以及土地改革，與柯拉蓉政府利益衝突太大。
另方面，菲律賓國軍部分軍官因為強烈反對和談與其他原因，於1987年8月28日發動兵變。兵變雖未成功，但對共和談因此停止。在此期間，新人民軍也開始攻擊美軍。
2001年的九一一襲擊事件後，美國加強反恐政策，將新人民軍列為恐怖組織。新人民軍與菲律賓國軍衝突一直不間斷，同時艾若育政府也一直在歐洲與新人民軍、菲律賓共產黨代表進行斷斷續續的和平談判 。
襲擊活動
2012年
新人民軍士兵
2012年12月25日，菲律賓軍方宣稱，他們捉拿到了一名名叫門德瑞茲的菲共反叛武裝“新人民軍”首要分子 。
2013年
2013年5月27日，菲律賓警方發言人說，一支菲警察特種部隊當天在北部卡加延省遭到反政府武裝“新人民軍”伏擊，造成7人死亡，8人受傷。
卡加延省警方發言人塞薩爾·奧爾拉內說，當地時間上午8時30分左右，這支警察特種部隊在一個名叫卡塔拉坦的村莊遭到約30名反政府武裝成員襲擊，7名特種部隊成員當場被地雷炸死。鑒於反政府武裝占據有利地形，警察特種部隊遇襲後被迫撤離。8名在襲擊中受傷的特種部隊成員已被送往醫院救治。
