原核生物操縱子
操縱子原核生物大多數基因表達調控是通過操縱子機制實現的。操縱子通常由 2個以上的編碼序列與啟動序列、操縱序列以及其他調節序列在基因組中成簇串聯組成。啟動序
列是RNA聚合酶結合併啟動轉錄的特異DNA序列。多種原核基因啟動序列特定區域內，通常在轉錄起始點上游-10及-35區域存在一些相似序列，稱為共有序列。大腸桿菌及一些細菌啟動序列的共有序列在-10區域是TATAAT，又稱Pribnow盒（PribnowBox），在-35區域為 TTGACA。這些共有序列中的任一鹼基突變或變異都會影響RNA聚合酶與啟動序列的結合及轉錄起始。因此，與共有序列的一致度決定啟動序列的轉錄活性大小。操縱序列是原核阻遏蛋白的結合位點。當操縱序列結合阻遏蛋白時會阻礙RNA聚合酶與啟動序列的結合，或使RNA聚合酶不能沿DNA向前移動，阻遏轉錄，介導負性調節。原核操縱子調節序列中還有一種特異DNA序列可結合激活蛋白，使轉錄激活，介導正性調節。
阿拉伯糖操縱子
阿拉伯糖操縱子 ara operon
阿拉伯糖操縱子是指令合成糖分解代謝所需酶系的操縱子，它具有正、負調節的功能。
結構和功能
阿拉伯糖的代謝是由araB、araA和araD基因所編碼的三種酶的催化的。其特點是：
⑴AraC蛋白是雙功能的，單純的araC蛋白結於araO1(-100～-144）（操縱基因），起到阻遏的作用；當araC蛋白和誘導物Ara結合形成的複合體是Cind（CinducedPro.誘導型araC蛋白），它結合於araI區（-40～-78）使RNA Pol（RNA聚合酶）結合於PBAD位點（+140），轉錄araB、araA、araD三個基因；
⑵C蛋白結合araO1時也反饋性地阻遏了其本身的表達；
⑶araC蛋白的兩種狀態（Cind和Crep）功能不同，結合的位點也不同Cind結合於araI；Crep(Crepressionprotein阻遏型araC蛋白)可結合於araO1和araO2；
⑷ara操縱子的araC蛋白還可以調節分散的基因araE和araF，因此此轉錄單位也稱調節子（regulon）；
⑸本操縱子有兩個啟動子Pc和PBAD，可以雙向轉錄；
⑹Pc啟動子和araO1重疊。
調控
當Glu(谷氨酸)和Ara（阿拉伯糖）都存在時，araC蛋白基因轉錄，產生少量的C蛋白，結合於araO1（-106~-144），使RNA聚酶不能結合PC啟動子，使araC的轉錄受到阻遏。
當有Ara存在，而沒有Glu時，Ara可作為糖源。此時Ara和少量的araC蛋白結合形成了誘導型的araC蛋白—Cind，它作為正調控因子結合於araI，促進了araPBAD的轉錄，產生了araB、araA、araD 3種酶，促使Ara分解；
當Ara不存在或者用過完了，過量的araC蛋白可以結合則araO1上，阻礙RNA聚合酶在此區域結合，從而關閉了操縱子；或者結合到araI（-40~-78）和araO2上，彼此相互作用形成了環，阻遏了PBAD和PC的啟動。
乳糖操縱子
乳糖操縱子包括調節基因、啟動基因、操縱基因和結構基因。
乳糖操縱子
大腸桿菌的lac操縱子受到兩方面的調控：一是對RNA聚合酶結合到啟動子上去的調控（正調控）；二是對操縱基因的調控（負調控）。
操縱子在含葡萄糖的培養基中大腸桿菌不能利用乳糖，只有改用乳糖時才能利用乳
糖的調控機理是：當在培養基中只有乳糖時由於乳糖的代謝產物異乳糖是lac操縱子的誘導物，它可以結合在阻遏蛋白的變構位點上，使構象發生改變，破壞了阻遏蛋白與操縱基因的親和力，不能與操縱基因結合，於是RNA聚合酶結合於啟動子，並順利地通過操縱基因，進行結構基因的轉錄，產生大量分解乳糖的酶，這就是當大腸桿菌的培養基中只有乳糖時利用乳糖的原因。
在含乳糖的培養基中加入葡萄糖時，不能利用乳糖的原因，即在lac操縱子的調控中，有降解物基因活化蛋白（CAP），當它特異地結合在啟動子上時，能促進RNA聚合酶與啟動子結合，促進轉錄（由於CAP的結合能促進轉錄，稱為陽性調控方式）。但游離的CAP不能與啟動子結合，必須在細胞內有足夠的cAMP時，CAP首先與cAMP形成複合物，此複合物才能與啟動子相結合。葡萄糖的降解產物能降低細胞內cAMP的含量，當向乳糖培養基中加入葡萄糖時，造成cAMP濃度降低，CAP便不能結合在啟動子上。此時即使有乳糖存在，RNA聚合酶不能與啟動子結合，雖已解除了對操縱基因的阻遏，也不能進行轉錄，所以仍不能利用乳糖。
色氨酸操縱子
色氨酸操縱子的基本結構
乳糖操縱子大腸桿菌色氨酸操縱子結構較簡單,也是研究得最清楚的操縱子,結構基因依次排列為trpEDC2BA,其中trpGD和trpCF基因融合。trpE和trpG編碼鄰氨基苯甲酸合酶,trpD編碼鄰氨基苯甲酸磷酸核糖轉移酶,trpC編碼吲哚甘油磷酸合酶,trpF編碼異構酶,trpA和trpB分別編碼色氨酸合酶的α和β亞基。trpE的上游為調控區,由啟動子、操縱基因和162bp的前導序列組成。5個結構基因全長約6800bp,trpD遠側還有一個二級啟動子,在細胞生長需要過量Trp時發揮作用。
一些G+菌,如枯草桿菌色氨酸操縱子的結構有所不同,7個結構基因中的6個依次排列為trpEDCFBA,存在於含有12個結構基因的芳香族胺基酸超操縱子(arooperon),第7個結構基因,trpG存在於葉酸合成操縱子中,該酶參與Trp和葉酸的合成。有2個啟動子參與調控,一個位於arooperon的起始位置,另一個則位於trpE上游約200bp處。
色氨酸操縱子的調控作用途徑
Trp合成途徑較漫長,消耗大量能量和前體物,如絲氨酸、PRPP、谷氨醯氨等,是細胞內最昂貴的代謝途徑之一,因此受到嚴格調控,其中色氨酸操縱子發揮著關鍵作用。調控作用主要有三種方式:阻遏作用、弱化作用以及終產物Trp對合成酶的反饋抑制作用。
阻遏作用
trp操縱子轉錄起始的調控是通過阻遏蛋白實現的。產生阻遏蛋白的基因是trpR,該基因距trpo2peron基因簇很遠。它結合於trp操縱基因特異序列,阻止轉錄起始。但阻遏蛋白的DNA結合活性受Trp調控,Trp起著一個效應分子的作用,Trp與之結合的動力學常數為1～2×10-5mol·L-1。在有高濃度Trp存在時,阻遏蛋白-色氨酸複合物形成一個同源二聚體,並且與色氨酸操縱子緊密結合,因此可以阻止轉錄。阻遏蛋白-色氨酸複合物與基因特異位點結合的能力很強,動力學常數為2×10-10mol·L-1,因此細胞內阻遏蛋白數量僅有20～30分子已可充分發揮作用。當Trp水平低時,阻遏蛋白以一種非活性形式存在,不能結合DNA。在這樣的條件下,trp操縱子被RNA聚合酶轉錄,同時Trp生物合成途徑被激活。
弱化作用
trp操縱子轉錄終止的調控是通過弱化作用(attenuation)實現的。在大腸桿菌trpoperon,前導區的鹼基序列包括4個分別以1、2、3和4表示的片段,能以兩種不同的方式進行鹼基配對,1-2和3-4配對,或2-3配對,3-4配對區正好位於終止密碼子的識別區。前導序列有相鄰的兩個色氨酸密碼子,當培養基中Trp濃度很低時,負載有Trp的tR2NATrp也就少,這樣翻譯通過兩個相鄰色氨酸密碼子的速度就會很慢,當4區被轉錄完成時,核糖體滯留1區,這時的前導區結構是2-3配對,不形成3-4配對的終止結構,所以轉錄可繼續進行。反之,核糖體可順利通過兩個相鄰的色氨酸密碼子,在4區被轉錄之前,核糖體就到達2區,這樣使2-3不能配對,3-4區可以配對形成終止子結構,轉錄停止。
枯草桿菌的弱化作用機制另有特點。因其色氨酸操縱子結構的特殊性,轉錄起始的調節似乎不如轉錄終止的調節更具重要性。枯草桿菌色氨酸操縱子表達主要受到色氨酸激活RNA結合蛋白(Trp-activatedRNA-bindingprotein,TRAP)的調節。該蛋白與色氨酸結合被激活後,可與trpE上游轉錄產物結合,導致轉錄終止。當色氨酸濃度較低時,TRAP失活,轉錄可以繼續,結構基因得以表達。另外枯草桿菌對未負荷色氨酸的tRNATrp也很敏感,後者大量堆積,會誘導合成抗TRAP蛋白(anti-PRAP,AT)。AT與Trp激活的PRAP結合,可以取消其轉錄終止活性。trpG表達也受PRAP調控,活化的TRAP與和trpG相重疊的S-D序列結合,阻礙核糖體的結合,抑制trpG轉錄。
反饋抑制作用
由於基因表達必然消耗一定的能源和前體物,相對於阻遏和弱化作用,反饋抑制作用更為經濟和高效。終產物Trp對催化分支途徑幾步反應的酶具有反饋抑制作用,其50%抑制濃度分別為:鄰氨基苯甲酸合酶,0.0015mmol·L-1;鄰氨基苯甲酸磷酸核糖轉移酶,0.15mmol·L-1;色氨酸合成酶,7.7mmol·L-1。對於普通野生菌株,鄰氨基苯甲酸合酶對Trp合成起到關鍵調控作用,常被稱為瓶頸酶;但對高產Trp工程菌而言,上述任何一種酶的反饋抑制都會直接影響Trp產量。研究發現酶蛋白某些特殊位點突變可以導致對反饋抑制作用敏感性顯著下降,如鄰氨基苯甲酸合酶38位的絲氨酸被精氨酸取代,抗反饋抑制能力顯著提高,當環境中Trp濃度為10mmol·L-1時酶活性不受影響,而相同條件下野生型酶活性不到1%。鄰氨基苯甲酸磷酸核糖轉移酶162位纈氨酸被谷氨酸取代,抗反饋抑制能力也有顯著提高,當環境中含有0.83mmol·L-1色氨酸或0.32mmol·L-15-甲基-色氨酸時,酶活性分別為野生菌的3.6倍和2.4倍。陳小芳等報導一株谷氨酸棒桿菌鄰氨基苯甲酸合酶基因7個鹼基突變導致6個胺基酸殘基改變,抗反饋抑制能力顯著增強,環境中Trp濃度達到15mmol·L-1時,鄰氨基苯甲酸合酶活性幾乎沒有變化。
色氨酸操縱子遺傳改造
由於色氨酸操縱子的調控作用,自然界不可能存在高產Trp菌株,為了獲得高產Trp菌株,就必須對色氨酸操縱子進行改造,解除其調節作用。早期的研究策略主要依靠傳統誘變方法,經過長期努力,獲得了一些有價值的研究結果,如獲得了TrpR-菌株,通過缺失某些片斷解除了弱化作用,得到了一些抗反饋抑制的酶。許多Trp生產菌株都是通過隨機的誘變技術篩選得到的,如王健等通過硫酸二乙酯誘變,Trp類似物篩選等方法從谷氨酸棒桿菌中培育出一株trp高產菌株,搖瓶發酵64h,產trp達到7.28g·L-1。
傳統誘變的方法儘管有效,但其缺陷點也是顯而易見的,如工作量大,效率低,突變株的菌體生長、對環境的耐受性以及遺傳穩定性等都比野生型菌株差等。基因工程技術的建立和發展對色氨酸操縱子改造提供了新的技術平台。1979年Tribe等人採用DNA重組技術對大腸桿菌進行改造,擴增trp操縱子,發酵12h,產酸1g·L-1,產酸量儘管不是很高,但是其意義卻十分重大,由此開創了基因工程技術在Trp生物合成套用的先河。隨後,Aiba等將帶有色氨酸操縱子的質粒引入大腸桿菌,發酵27h,並補充鄰氨基苯甲酸,得到trp6.2g·L-1。Ikeda等通過構建穩定質粒,擴增分支途徑限速酶並改造中心代謝途徑,獲得產Trp達58mg·L-1的菌株。除了擴增表達操縱子基因,對其進行理性設計和改造也開始引起關注。已知酶分子某些特殊位點突變可以導致對反饋抑制作用敏感性下降,因此可以考慮利用基因工程技術對色氨酸操縱子結構基因進行理性改造降低其對反饋抑制的敏感性,但是目前尚缺乏成功的範例,主要原因在於現有酶分子反饋抑制結構與功能關係資料不足,不能滿足需要。
代謝工程理論與色氨酸操縱子調控研究
1991年,Bailey用代謝工程描述利用DNA重組技術對細胞的酶反應、物質運輸以及調控功能的遺傳操作,進而改良細胞生物活性的過程,標誌著代謝工程向一門系統學科發展的轉折點。代謝工程亦稱途徑工程,以區別於傳統的單基因表達(第一代基因工程)和基因定向突變(第二代基因工程),是有目的地對細胞生化反應的代謝網路進行修飾的技術,在多基因水平上設計修飾細胞固有的代謝途徑和遺傳性狀,並賦予細胞更為優越甚至嶄新的產物生產品質。代謝工程在提高宿主細胞原有代謝物的產量、產生新物質、擴展和構建新代謝途徑、生產代謝產物如胺基酸、抗生素、維生素以及降解環境污染物等諸多方面顯示出廣闊的套用前景。從理論上提高Trp產率是代謝工程的首要任務,這需要對Trp生物合成和對細胞內控制Trp代謝的異化途徑有很好的了解,同時還要有一個在較寬的微生物代謝網路內描述這些途徑的有效的數學模型。早期的模型主要考慮色氨酸操縱子動力學的某個方面,僅有少數研究模型,綜合考慮了色氨酸操縱子的三種作用機制。修志龍等將代謝工程理論引入trp代謝分析領域,建立了適宜的數學模型,發現在代謝穩定的條件下,阻遏水平和酶的反饋抑制強度嚴重地影響了目標變數,即trp濃度。Santillan等人提出的動力模型採用SecondLyapunov’smethod分析,通過對野生菌株和幾株改良菌株(鄰氨基苯甲酸合成酶反饋抑制和弱化作用分別解除)的性能進行比較、驗證,得出結論認為酶的反饋抑制對於系統穩定性具有重要作用,而弱化作用影響較小,主要在Trp營養發生改變時發生作用。這兩個模型有一定的代表性,它們考慮了酶的反饋抑制,對於Trp生物合成具有一定指導意義;但其不足也很明顯,僅僅考慮了鄰氨基苯甲酸合成酶的反饋抑制作用,對其它酶未作考慮,另外一個不足是缺乏高產色氨酸菌株來加以驗證。
