正式啟動
北京大學對口支援新疆大學2005年6月24日，由教育部和新疆維吾爾自治區政府共同召開的實施“援疆學科建設計畫”工作會議拉開帷幕，來自內地40所高校的校長、研究生院院(處)長以及受援學校負責人等150餘人相聚在美麗的烏魯木齊，共同研究新疆高等學校學科建設工作，簽署學科建設對口支援協定，為加快發展新疆高等教育事業貢獻力量。
中共中央政治局委員、新疆維吾爾自治區黨委書記王樂泉，教育部部長周濟出席會議並講話。此次會議的召開標誌著“援疆學科建設計畫”正式啟動。
具體任務
2005年6月24日 ，教育部“ 援疆學科建設計畫 ”正式啟動，為加快新疆高等教育內涵發展，提高新疆高等教育質量，教育部決定實施“ 援疆學科建設計畫”，作為教育部落實西部大開發戰略而採取的一項重要舉措（2010年6月，教育部決定新一輪加強對口支援新疆大學等三校的工作，採用名校牽頭，多所一流大學參與，高校團隊化工作組的新模式進行）。
重點建設
援疆學科建設計畫以學科建設為重點，在一些 國家重點建設高校中，每個學校選擇3個左右實力較強的一級學科，分別對口支援新疆高校中符合學科結構調整需要，急需發展又具有一定基礎的相應學科。
從而形成對新疆高校“以點帶面、點面結合”的對口支援格局，帶動新疆受援高校整體實力和水平的提高。
●每所援疆高校選擇3個左右的一級學科，分別對口支援新疆高校中急需發展的相應學科；
培養人才
對口支援新疆農業大學●單列若干招生計畫招收新疆相關高校教師攻讀博士學位，畢業後回原高校工作；
●為受援方培養學科梯隊人才，開放實驗室和共享信息等，原則上實行免費；
援疆實驗室
●向受援方開放國家重點實驗室或工程研究中心等實驗場所，援建實驗室或捐贈儀器設備等。
2010年8月31日隨著清華大學黨委書記胡和平在協定上鄭重地簽下字，新一輪對口支援新疆大學工作正式啟動，這標誌著清華大學等10所名牌高校將在未來10年內全方位支援新疆大學各方面的建設，以清華大學為組長、西安交通大學、武漢大學、中南大學為副組長，以中國礦業大學、北京師範大學、北京外國語大學、東華大學、大連理工大學、同濟大學為成員。
高校對接
援疆學科建設計畫高校名單。
（ 教研函[2005]2號和教研函[2006]1號批准）（詳見參考資料 ）
| 支援學校 | 受援學科（一級） | 受援學校 |
| 北京大學 | 化學、生物學 | 新疆大學 |
| 清華大學 | 電氣工程、計算機科學與技術 | |
| 武漢大學 | 數學、測繪科學與技術、法學 | |
| 西安交通大學 | 機械工程、管理科學與工程、控制科學與工程 | |
| 大連理工大學 | 化學工程與技術 | |
| 東華大學 | 紡織科學與工程 | 塔里木大學 |
| 同濟大學 | 土木工程、建築學 | |
| 上海交通大學 | 物理學、信息與通信工程 | |
| 北京外國語大學 | 外國語言文學 | |
| 中國礦業大學 | 地質資源與地質工程、礦業工程 | |
| 天津大學 | 化學工程與技術 | 石河子大學 |
| 華中科技大學 | 基礎醫學、內科學（二級學科）、公共衛生與預防醫學 | |
| 浙江大學 | 畜牧學、農林經濟管理學、生物學 | 塔里木大學 |
| 四川農業大學 | 作物學 | |
| 西北農林科技大學 | 園藝學、獸醫學、植物保護 | |
| 南京農業大學 | 作物學、農林經濟管理學、獸醫學 | 新疆農業大學 |
| 中國農業大學 | 農業工程、農業資源利用、畜牧學、生物學 | 塔里木大學 |
| 北京林業大學 | 林學 | |
| 河海大學 | 水利工程 | |
| 江南大學 | 食品科學與工程 | |
| 中山大學 | 基礎醫學、眼科學（二級）、腫瘤學（二級） | 新疆醫科大學 |
| 中南大學 | 內科學（二級學科） | |
| 中國藥科大學 | 藥學 | |
| 復旦大學 | 外科學（二級學科）、公共衛生與預防醫學 | |
| 北京中醫藥大學 | 中西醫結合、中醫學 | |
| 北京師範大學 | 心理學、教育學 | 新疆師範大學 |
| 華東師範大學 | 地理學、中國語言文學、體育學 | |
| 中國科學技術大學 | 化學、數學、物理學 | 新疆師範大學 |
| 中國人民大學 | 套用經濟學、新聞傳播學、法學 | 新疆財經學院 |
| 上海財經大學 | 工商管理 | |
| 東北農業大學 | 農業工程、畜牧學、獸醫學 | 塔里木大學 |
| 中國傳媒大學 | 中國語言文學、藝術學 | 新疆藝術學院 |
| 中央音樂學院 | 藝術學 | |
| 華南師範大學 | 教育學 | 喀什師範學院 |
| 南開大學 | 物理學、數學、化學 | |
| 東北師範大學 | 教育學、生物學 | 伊犁師範學院 |
| 南京大學 | 物理學、化學、數學 | |
| 吉林大學 | 化學、外國語言文學 | 昌吉學院 |
| 山東大學 | 數學、物理學 | |
| 北京交通大學 | 交通運輸工程、管理科學與工程 | 新疆大學 |
| 江南大學 | 食品科學與工程 | 石河子大學 |
| 中央財經大學 | 套用經濟學、工商管理 | 新疆財經學院 |
研討會
西安交大對口支援新疆大學
中國礦大對口支援新疆大學2011年12月4日 ，教育部對口支援新疆大學10所高校工作組在清華大學召開工作研討會。會議由清華大學（組長單位） 黨委書記胡和平主持，西安交大（第一副組長單位）黨委常務副書記王小力、對口支援辦公室主任聶鋼，以及武漢大學、中南大學、北京外國語大學、大連理工大學、北京師範大學、中國礦業大學、同濟大學、東華大學和新疆大學的相關負責同志參加會議。會議就《清華大學等10所高校對口支援新疆大學“十二五”建設目標協定書（2011～2015）》、下一階段對口支援工作、2012年度工作會議及年度工作計畫、進一步推進對口支援工作的建議和意見等內容進行了重點研討。新疆大學黨委書記李中耀對新疆大學“十二五”規劃及對口支援需求進行了說明，西安交大黨委常務副書記王小力等支援高校領導在發言中就如何有效支持新疆大學實施完成“十二五”規劃任務目標提出了各自的意見和建議，胡和平書記作了總結髮言。王小力常務副書記在發言中指出，通過此次研討可以幫助新疆大學進一步完善“十二五”規劃，也使10所高校進一步明確了對口支援工作的目標與內容；在新疆大學“十二五”規劃制定和實施中，應該進一步明確學科定位，把人才培養質量作為重要的建設內容，高度重視科研成果的轉化和高水平科研基地的建設；在對口支援過程中，應該充分體現和發揮10所高校的團隊協同作用，有機結合，共同推進新疆大學“十二五”建設。王小力常務副書記還就進一步作好“十二五”規劃的制定和實施提出了建議：認真做好學科分類，根據各學科現有基礎和發展需求，分層次進行規劃和建設；集中全校力量建設重點學科，力爭高水平突破性成果；高度重視隊伍建設，把高層次拔尖人才和青年骨幹教師作為工作重點；實施學科結構調整和最佳化，重視學科內涵建設與提升；充分重視營造良好的內部與外部環境，積極爭取各方有力支持。
會議還通過了10所高校工作組2012年工作計畫：2012年3月～6月協商制定2012～2013年度工作計畫；2012年7月完成2011～2012年度工作總結；2012年8月召開工作組年度工作會議進行工作總結及簽定新一年度支援協定；2012年11月召開工作研討會。會議前召開了10所高校工作組組長、副組長單位會議，就此次研討會的各項研討內容進行了協商溝通。
