扎西吉培寺建於14世紀（藏曆第五繞迥），由珠妥貢培創建。始奉主巴噶舉派教法，系一座尼姑廟，後衍變為僧尼合修的寺廟，延續至15世紀（藏曆第七繞迥）。約一百二十年後，由宗喀巴（1357～1419）弟子吉·西繞色格的門徒吉·西繞貢布將寺廟改宗格魯派。到1613年第四世班禪羅桑確吉堅贊（1567～1662）對該寺進行了全面整頓，並編入拉薩哲蚌阿巴扎倉的分寺。1933年，第九世班禪曲吉尼瑪（1883～1937）將該寺交給經師羅桑旦增旺吉管理，由此羅桑旦增旺吉便成了該寺的主持人。
扎西吉培寺是謝通門縣歷史悠久、規模宏大的古寺之一，殿堂林立，氣勢恢宏。主要建築有大殿、夏大殿、牛頭金剛護法神殿、甘丹拉康等9座單元。在“十年浩劫”中殿堂被毀，寺內文物茫然無存。1986年，國家撥款對該寺大殿進行了修建，其布局、風格恢復原貌。
大殿：門向東，高五層，為藏式平頂建築。頂端牆用赭色白瑪草裝飾，上鑲嵌猛獅、摩羯魚、法輪、銅鏡，邊角垂吊響鈴；殿頂前中央豎鎏金寶瓶，四角豎柱狀牛毛幢。殿前有一廣場，中央豎一根瑪尼旗桿（高25米）；廣場西側接大殿前端建耳室。從廣場上11級台階，再登8級木梯，便進入前廊。前廊面積32.8平方米（長8.2米，寬4米），有柱4根，左右分別闢有側室。大殿呈“凸”字形，集經堂與佛殿於一體，面積200.2平方米（長18.2米，寬11米），有立柱30根；殿內主供三世佛及宗喀巴師徒三尊、無量壽佛泥塑等身像，還供有檀香木質的小宗佛像，高0.2米；四壁彩繪宗喀巴傳記壁畫。第二層後側為格桑佛殿，面積12柱，主供高2.5米的釋迦牟尼佛合金像；殿內珍藏有《甘珠爾》、《丹珠爾》各三套。二層前端為靈塔殿，面積2柱，主供高0.4米的十六羅漢塑像。
夏大殿：是全寺僧人集會之地。南向，高三層，由經堂和佛殿兩部分組成。經堂：面積16柱，壁畫題材為80大德、宗咯巴傳記等內容。佛殿：面積4柱，主供高達兩層樓（約5米）的銀質強巴佛像，造型精美；經書架上存放《甘珠爾》及格魯派部分經典。
次尼拉康：位於大殿南側。面向南，面積3柱，殿內主供羅桑旦增旺吉（第九世班禪經師）泥塑等身像，兩側供奉藥師八如來鎏金銅等身像；壁畫彩繪五色文殊菩薩像5尊。
甘丹拉康：位於大殿東側。門向南，高二層，面積18柱。下層為印經院，經版為佛經內容；上層設南、北佛殿。二層南端為“南佛殿”，面積2柱，殿內主供強巴佛及空行佛母、達瑪巴扎·旺久曲桑泥塑等身像；還供有達瑪巴扎·旺久曲桑（第一傳承系統活佛）靈塔，系銀質，高1.7米；經書架上供放《甘珠爾》一套。壁畫題材為三十五佛、密集金剛、能怖金剛等內容；二層北端為“北佛殿”，面積2柱，主供央金·珠白多吉泥塑等身像和央格白多居（西藏著名的藏文文法改革家）靈塔，系銀質，高2.7米；供央格白多吉泥塑等身像和央金·珠白多吉（恩瓊寺高僧）靈塔，系銀質，高2.7米。
能怖金剛護法神殿：位於夏大殿東北側。門向西，面積1柱，主供能怖金剛泥塑等身像及化身；殿內懸掛刀、槍、矛、盾、弓、劍等兵器及面具。
牛頭金剛護法神殿：位於夏大殿南北側。門向東，面積1柱，主供木雕牛頭金剛面具及各種兵器。另外3座護法神殿為次尼護法神殿、格菇護法神殿、仆珠護法神殿，除供主神外，不懸掛有各種兵器。
扎西吉培寺共有4個活佛傳承系統：第一傳承系統活佛有：達瑪巴扎·旺久桑、格瓦多吉、羅桑曲培；第二傳承系統：第一傳承系統活佛有：達瑪巴扎·旺久曲桑、格瓦多吉、羅桑曲培；第二傳承系統活佛有：央金·珠白多吉、羅桑金巴、甲央多吉；第三傳承統活佛有：瓊布·羅桑色珠、羅桑敦雲；第四傳承系統活佛有：甲桑·貢覺貢央培、崔珍嘉措。該寺堪布任期不定，羅奔任期五年，格貴任期一年，由扎什倫布寺委派；翁則、吉薩（管家）由寺內產生，任期五年。民主改革前該寺有喇嘛265人，現在喇嘛46人。
