機構職能
（一）負責組織實施市衛生局制訂的衛生監督計畫，依照法律法規行使預防性和經常性衛生監督工作；
（二）指導、監督下級衛生監督機構開展監督執法工作；
（三）承擔市衛生局交付的面向社會的公共場所、學校衛生、放射衛生、傳染病、消毒、醫療衛生機構等方面的衛生監督任務，受理衛生許可和執業許可的申請、醫療廣告的審核；
（四）承擔對從業人員進行培訓；
（五）承擔對衛生行政處罰案件的調查取證、提出處罰建議、執行處罰決定；
（六）參與對危害公共衛生的中毒事故、醫療事故、重大疫情和突發事件的調查處理；
（七）承辦市衛生局交付的其他任務。
內設機構
市衛生監督所內設9個職能科室、4個衛生監督分所、6個工作站：辦公室、財務科、衛生案件稽查科、食品衛生監督科、公共衛生監督科、醫療消殺監督科、職業衛生監督科、科教信息科、受理髮證科、陳江分所、水口分所、小金口分所、大亞灣分所、江南工作站、江北工作站、南壇工作站、河南岸工作站、麥地工作站、仲愷工作站。
（一）辦公室
制定各項規章制度並組織實施，歸納全所工作計畫、總結，負責收文管理和起草、審核對外發文，負責處理人事、黨務、文秘、會務、宣傳、考核、工青婦工作，負責車輛管理、物資采供、對外交流、安全保衛等後勤服務工作，負責全所固定資產管理，辦理固定資產增減手續。
（二）財務科
擬定全所年度財務預算、決算，按照財務制度、物價制度、國家規定的收費標準進行現金管理和票據管理，按時準確上報各項財稅報表，核算並上繳各項稅金，及時發放職工工資及各項津貼，辦理銀行結算和現金出納業務並及時清理往來賬目。
（三）衛生案件稽查科
對民眾來電、來訪、來信有關食品衛生、環境衛生、學校衛生、職業衛生、放射衛生、傳染病預防與控制等的投訴和舉報進行甄別、調查取證，對轄區內的“五大”衛生進行巡迴監督，對確屬違反有關衛生法律法規者依法查處；接受所領導批轉的大案要案的查處工作。
（四）食品衛生監督科
（五）公共衛生監督科
貫徹執行《公共場所衛生管理條例》、《生活飲用水衛生管理條例》等衛生相關法規，負責對各類公共場所、自來水廠、二次供水單位、化妝品和涉水材料生產企業進行經常性衛生監督及其新、改、擴建項目的預防性衛生監督工作，負責對違反上述法律法規的行為提出整改意見和進行行政處罰，對公共場所從業人員進行衛生法規與知識培訓。
（六）醫療消殺監督科
依照《傳染病防治法》、《母嬰保健法》、《獻血法》、《執業醫師法》、《血液製品管理條例》、《醫療機構管理條例》、《消毒管理辦法》等相關法律法規對全市的消毒產品生產企業、醫療機構、采供血機構、疾控機構、個體行醫進行衛生監督檢查；對醫療市場進行管理；負責傳染病爆發流行等突發事件的調查處理；做好相關報表的統計、上報工作，開展有關法律法規的宣傳、培訓工作，對違反以上法律法規的行為依法查處。
（七）職業衛生監督科
依據《職業病防治法》、《塵肺病防治條例》、《廣東省勞動安全衛生條例》等有關法律法規，負責做好全市職業衛生相關工作，做好相關報表的統計、上報工作，開展有關法律法規的宣傳、培訓，對違反有關法律法規的行為依法查處。
（八）科教信息科
負責全所從業人員的衛生法律法規與知識培訓；工作負責全所衛生監督業務信息統計、上報工作，負責所內信息稿件和《惠州衛生監督》期刊編印。
（九）受理髮證科
依照《公共場所衛生管理條例》、《生活飲用水衛生管理辦法》、《職業病防治法》、《傳染病防治法》、《母嬰保健法》等法律法規的規定，負責對轄區的公共場所、生活飲用水、涉水產品等單位場所的新發、換髮衛生許可證申請受理及發證工作；負責醫療機構執業許可證申請受理與發證工作；與有關業務科室協調製定並公布衛生許可證發放程式。
（十）衛生監督分所
負責組織實施市所制訂的衛生監督計畫，按授權負責轄區內的公共場所、學校衛生、放射衛生、傳染病、醫療衛生機構等方面的衛生監督執法任務，依照法律法規行使預防性和經常性衛生監督工作；配合市所對從業人員進行培訓；對轄區內各類衛生行政處罰和突發公共衛生事件進行調查處理；負責各類衛生許可登記備案、申請受理、審查批准後證件發放工作；完成市所交付的其他任務。
（十一）工作站
按授權負責轄區內的公共場所、學校衛生、放射衛生、傳染病、醫療衛生機構等方面的衛生監督執法任務，依照法律法規行使預防性和經常性衛生監督工作；對從業人員進行培訓；對轄區內各類衛生行政處罰和突發公共衛生事件進行調查處理。
