學科建設
復旦大學化學學科為一級學科國家重點學科，物理化學、無機化學、分析化學為二級學科國家重點學科。化學系設有無機化學、分析化學、有機化學、物理化學、化學生物學五個二級研究所，以及化學教學實驗中心和套用化學研究所、雷射化學研究所。建有上海市分子催化和功能材料重點實驗室、創新科學儀器教育部工程研究中心、上海市蛋白質化學生物學重點實驗室、2011能源材料化學協同創新中心（復旦分中心）， 化學教學實驗中心為國家級化學實驗教學示範中心。化學系是我國最早的化學一級學科博士學位授權點及博士後流動站之一，五個二級學科均招收博士和碩士研究生。本科教育設有化學專業和套用化學專業，1993年被確定為“國家理科基礎學科研究和教學人才培養基地”。現有本科生近400人、碩士研究生近200人、博士研究生200餘人、工程碩士生20餘人、博士後人員近20人；擁有各類教學和科研實驗室約1.8萬平方米，儀器設備總價值逾億元。
物理化學
復旦大學物理化學學科歷史悠久，是我國改革開放後首批物理化學學科的碩士學位和博士學位授予點和博士後流動站，1988年、2001和2007年連續三次被評為全國重點學科，除985二期學校投入政策改變外，一直是國家“211工程”和“985工程”重點建設項目，2002年以本學科為主組建了上海市分子催化和功能材料重點實驗室。物理化學學科一直保持著有重點均衡發展的形勢，目前形成了一支多名教授、副教授、講師和實驗技術人員組成的年齡結構合理的科研隊伍。在多相催化、納米多孔材料物理化學、分子反應動態學、電化學和理論化學等五個方向上成為國際有影響的研究基地。賀鶴勇（傑出青年基金獲得者、長江特聘教授、催化）、周鳴飛（傑出青年基金獲得者、長江特聘教授、分子反應動力學）、唐頤（傑出青年基金獲得者、多孔材料化學）、夏永姚（傑出青年基金獲得者、電化學和儲能材料）、劉智攀（傑出青年基金獲得者、長江特聘教授、理論化學）和范康年（2006年國家級教學名師、理論化學）分別在五個研究方向上組成了國內外有一定影響的學術帶頭人隊伍。
無機化學
1953年院系調整，無機化學學科在著名化學家顧翼東和嚴志弦先生領導下，是當時國內高校中最強的無機化學學科之一，是國家首批碩士和博士學位授予單位。近年來無機化學學科根據國內外無機化學學科的發展動態，依據自身積累和優勢，與本系物理化學的骨幹力量組合，於2002年經上海市科委批准建立了“上海市分子催化和功能材料重點實驗室”，2007年無機化學學科被評為二級國家重點學科。通過國家“優秀創新群體”建設和復旦大學“211工程”和“985工程”重點學科和上海市重點學科建設等的支持和引導，目前已形成了由13名教授、11名副教授和4名講師組成的學科隊伍，是化學系近年來發展最為迅速的學科。形成了“多孔材料合成與製備”（負責人：趙東元教授，中科院院士）、“有機金屬化學及其套用”（負責人：金國新教授，傑出青年基金獲得者、長江特聘教授）、“金屬酶和金屬蛋白”（負責人：譚相石教授）和“無機納米發光材料及其套用”（負責人：李富友教授，傑出青年基金獲得者、長江特聘教授）四個特色鮮明、在國際領先或有重要影響力的研究方向。
有機化學
有機化學學科於1978年開始招收研究生，是國家首批碩士學位授予點，1990年獲得博士學位授予權。近年來，本學科在有機合成、生物有機、物理有機、金屬有機和藥物合成等領域開展工作，形成了由雙聘院士和兼職院士各1名、教授4名、副教授7名、講師6名組成的，平均年齡37歲的年輕隊伍。其中，藥物化學方向（負責人：陳芬兒教授）的研究在國內外有較大的影響，2004和2007年12月分別與全球維生素領先企業荷蘭皇家帝斯曼集團和中國製藥龍頭企業華北製藥集團建立聯合實驗室。“d-生物素的不對稱全合成生產新技術”項目獲國家技術發明二等獎，“雙氯芬酸類解熱鎮痛藥生產新工藝關鍵技術研究與套用”項目獲國家科技進步獎二等獎。
分析化學
分析化學學科成立於1953年，50年代至70年代先後在電化學極譜分析、光譜分析、色譜分析、環境分析等領域開展了大量研究。1978年成為國家首批碩士學位授予點，1986年成為博士學位授予點。2001年本學科列入“985工程”一期交叉學科建設項目，2004年以本學科人員為骨幹成立的“生物醫學研究創新平台”獲教育部批准，列入“985工程”二期建設項目，同年入選上海市首批3個科研創新團隊之一，2007年分析化學學科被評為二級國家重點學科。同年教育部批准在復旦大學建設“創新科學儀器教育部工程研究中心”。近年來瞄準國際前沿，在國內率先形成基於傳統學科體系的新興學科發展方向，包括“生物質譜與疾病蛋白質組學分析”（負責人楊芃原教授，973首席科學家）、“微納流控體系與生命分析化學（負責人：劉寶紅教授，國家傑出青年基金獲得者）”、“複雜體系和多維色譜分析”（負責人：張祥明教授）與“創新分析儀器研製”（負責人：孔繼烈教授，國家傑出青年基金獲得者）。形成了由1名雙聘院士、6位教授、3位副教授和8名講師組成的年齡結構合理的高水平科研隊伍。
化學生物學
化學生物學學科是根據學科發展前沿和我系學科特色，於2003年，以分析化學為主體，並結合有機化學的藥物化學、物理化學的結構生物學以及生物無機化學部分相關研究方向建立的新的學科方向，並於同年被批准為博士和碩士學位授予點。整個學科目前屬於籌建階段。籌建階段的主要任務是從各化學二級學科募集相關化學生物學領域的教授，逐步開展和化學生物學有關的研究工作，教授的編制在近幾年內仍屬於原二級學科。參加化學生物學學科建設的教授涵蓋分析化學（生命分析化學：楊芃原、陸豪傑等）、物理化學（結構化學：王文寧、張明傑等）、有機化學（藥物化學：陳芬兒、林國強等）、無機化學（金屬蛋白化學：譚相石等）以及高分子材料（高分子科學系，生物醫用材料丁建東等）等。
師資隊伍
化學系現有教職工近170人，其中專任教師近120名，包括教授61人和副教授53人，博士生導師57名。教師隊伍治學嚴謹、勇於開拓，教學與研究實力雄厚，教師中含有中國科學院院士3人，中國工程院院士1人，教育部長江學者特聘教授8人，國家自然科學基金委員會傑出青年基金獲得者17人，國家自然科學基金委員會優秀青年基金獲得者4人，中組部“千人計畫”1人和“青年千人”5人，國家973首席科學家2名，上海高校特聘教授(東方學者)3名、復旦特聘教授13名，以及教育部跨世紀（新世紀）優秀人才11名。
本科生教育
化學系始終把培養高素質人才作為根本目標。近年來，在“寬口徑、厚基礎、重能力、求創新”的原則上，對教學體系進行改革，開設的近70門本科課程中，《物理化學》、《有機化學》、《普通化學》等專業課程為國家級和上海市精品課程，還有《化學與人類》等具廣泛影響的優秀公共類課程，獲得過多項國家和上海市教學成果；物理化學系列課程教學團隊為首批全國教學優秀團隊；編著的《物理化學》、《化學與人類》、《譜學導論》、《分析化學原理》等一系列新教材獲得國家級和上海市優秀教材獎。在注重基礎理論和實驗技能訓練的同時，十分重視學生素質教育、培養學生創新思維和研究能力。近年來有多篇博士論文被評為全國百篇優秀博士論文，學生的課餘科技創新行動曾獲準創新項目200多項，多次獲得全國大學生化學實驗競賽、上海市大學生化學實驗競賽金獎，“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽特等獎和一等獎、“挑戰杯”中國大學生創業計畫大賽金獎、復旦大學先進集體標兵等獎項，培養了一大批具有較高思想素質和創新能力、紮實基礎知識和優良實驗作風的優秀畢業生，贏得了社會高度評價。
科研成果
化學系十分重視科研創新，堅持理論與實踐結合、基礎與套用兼顧的傳統。近年來，以能源材料化學和生命健康化學為研究重點，積極開展面向國民經濟和社會發展的高新技術和套用開發研究。2000~2008年間承擔了國家和有關部門科研項目800餘項，獲經費累計3.31億元，發表科研論文2690餘篇。2008年實到科研經費超過5000萬元，在研的225個項目中，有國家973項目及子項目22個，863子項目12個，國家自然科學基金重點項目1個，上海市重點項目7個；在 Nature material、 JACS等國際知名雜誌上發表SCI論文325篇，其中IF>3者占30% 以上；獲授權專利49項。近年來獲得國家自然科學二等獎、國家技術發明二等獎、國家科技進步二等獎各1項，上海市和各部委自然科學一等獎1項、科技進步一等獎8項和二等獎7項、技術發明一等獎和二等獎各1項，何梁何利基金“科學與技術進步獎“ 2項，以及上海市自然科學牡丹獎2項、上海市科技精英和青年科技英才獎4項、中國化學會青年化學獎3項等，還獲得國家基金委和上海市優秀創新群體各1項。根據ESI資料庫2014年11月的數據顯示，復旦大學化學學科論文總引用數全球排名第40；論文篇均引用率在國內高校排名第一。
國際化進程
隨著科研和教學水平的提升，化學系不斷加快國際化進程，目前已與喬治敦大學、法國里昂大學、紐倫堡技術學院、康乃狄克大學、加州大學聖塔芭芭拉分校等國外大學建立了長期合作的模式；多名教授或擔任國內外重要雜誌的副主編、編委等職務，或在國際學術團體和國際會議中擔任重要職務；化學系先後主辦了一系列大型和雙邊國際會議；每年來訪講學、授課的國外教授和研究人員達60人次以上；近五成的化學系學生在本科階段就有國際交流的機會，研究生出國進行短期學術研究、參加學術會議等交流活動也成為常態。
