清順治六年置，駐廣州府。初以兩廣總督佟養甲兼任，鏇即裁撤。順治六年復設，首任巡撫為李棲鳳。
雍正二年，兼太平關務。
光緒二十四年七月十四日裁湖北、廣東、雲南三省巡撫，同年九月十八日復設。光緒二十四年七月十四日（公元1898年8月30日），在百日維新的低潮中，光緒皇帝發布裁汰京內外冗官與閒職衙門的上諭，以湖北、廣東、雲南三省督撫同城，與直隸、甘肅、四川等省以總督兼管巡撫事，體制不一，而裁撤湖北、廣東、雲南三省巡撫，該三省均著以總督兼管巡撫事宜。八月二十六日（10月11日），慈禧太后發布懿旨，要求軍機大臣會同吏部討論湖北、廣東、雲南三省巡撫終究能否可裁的成績。九月十八日（11月1日），軍機大臣與吏部會奏以為，湖北、廣東、雲南三省巡撫不可隨便議裁：其一，督撫為國度重臣，各有職守，總督重在典兵，巡撫重在吏治，督撫制度經過臨時演化，漸趨成熟，實已推敲盡善，無可置議。其二，湖北、廣東、雲南三省以江海奧區、岩疆重地，非督撫並立，缺乏鎮攝十分，裁併巡撫，總督難以統籌，窒礙頗多，不可不熟思審處。其三，同城督撫各有專職，可相互牽制，以不至事權過重而坐大，且危難時期但使有一人得力，即於大局裨益良多；若督撫俱得其人，其收效當更宏遠。 是督撫同城不但兩不相妨，並可相助為理。如今時勢日艱，實未可輕議裁併。據此，慈禧太后發布懿旨，恢復湖北、廣東、雲南三省巡撫舊制，以曾鉌補授湖北巡撫，鹿傳霖補授廣東巡撫，丁振鐸補授雲南巡撫。
光緒三十一年六月十七日（1905年7月19日），清廷調最後一任廣東巡撫張人駿署山西巡撫；光緒三十一年六月廿一日，以廣西軍務平，裁廣東巡撫缺，以兩廣總督兼管廣東省事務。
廣東巡撫部院