1527年，後黎朝權臣莫登庸（越南語：Mạc Đăng Dung）篡位建立莫朝，後黎朝殘餘力量繼續控制著清化以南地區，形成越南的第一次南北朝局面，1592年，黎朝權臣鄭松消滅莫朝，控制黎朝實權，形成“黎皇鄭主”體制，盤踞順廣一帶的阮氏不服，以靈江為界，阮、鄭再次形成對峙局面。
阮潢死後，其子阮福源繼位。根據阮朝國史《大南實錄》（越南語：Đại Nam thực lục）前編卷二《熙宗孝文皇帝實錄》的記載：“始稱國姓，為阮福氏”。阮福源繼位不久就著手進行行政改革，將原黎朝的政事機構改革為直接聽命於阮主的機關，切斷與北方朝廷的隸屬關係。阮主所在地的正營，設定了舍差司（掌訴訟）、將臣吏司（掌錢糧）、令史司（掌祭祀及支給正營軍餉）三司，各地府縣則任命知府、知縣管理民政。所有官僚任免及政務均拒絕北方朝廷插手。
公元1702年（黎熙宗正和二十三年），宗郡公（越南語：Tong Quận Công）阮福淍遣使清朝請求冊封，但遭拒絕。阮福淍求封不成，就鑄印“大越國阮福永鎮之寶”，並自稱“國主”（越南語：Quốc Chúa）。
廣南阮氏 主印越南雖然分裂，但廣南阮氏政權對其南部領土的擴張卻一點沒有放鬆。自17世紀初始，至18世紀中葉止，一百多年當中，阮主接連不斷地對南鄰占城和高棉（吳哥王朝）用兵，終於消滅占城，還吞併高棉的半壁河山——下高棉（即湄公河三角洲）。
統治南方的阮主無論軍事、政治、經濟還是人口，都遠不及敵對的鄭氏。為了在對峙中生存下來，阮氏在統治廣南期間，大力發展對外貿易。與整個東亞地區有機地聯繫在一起，阮氏統治下的廣南地區已經發展成為印度支那半島貿易圈的區域貿易中心。
在其北面，阮氏政權於南北朝邊界處構築堅固防線，多次抵擋鄭氏的進攻。這種情況一直持續到1775年春北方鄭氏軍隊趁西山起義之機攻陷順化為止。阮氏定王阮福淳率領王族南逃，為西山農民軍所殺，但阮氏宗室阮福映逃脫。後阮福映滅西山朝，建立阮朝（越南語：nhà Nguyễn）。
1760年時的越南政權圖