顯應宮大殿是全廟最大的建築,為硬山式結構。殿內,媽祖坐像居正中神龕龍墩之上,大殿兩側有14尊站班,其中有4尊武將分別是千里眼、順風耳、黃蜂兵帥和白馬將軍;8尊文官有九江、八河、五湖、四海龍王等;另有老少兩尊站班。殿外兩側房記憶體有碑、碣、匾200餘塊和歷代船模300餘艘。後宮建築風格為歇山式,保留了明代的特點。宮內殿正位神台有銅鑄鍍金天后聖母像及2米高的9花青銅穿衣鏡一面,各種服飾用品及床帳、擺設應有盡有。2002年10月,台灣信眾護送一黑臉媽祖在顯應宮落戶。這裡常年香火不斷,每年的元宵節和娘娘生日,顯應宮便有萬餘人朝拜。
顯應宮之所以建於廟島,是因為廟島形若鳳凰,其身北的燒餅島形如太陽,兩島相映,狀若“丹鳳朝陽”,屬上上風水寶地。1969年文革期間原廟被毀,僅存一象一鏡。1983年重修,1985年對遊人開放。