發放規定
關於年底雙薪的發放，不同企業有不同的規定。
一、按比例拿雙薪
二、發雙薪前離職不享受雙薪
有的企業規定，員工要拿到年底雙薪，必須符合幾個條件：員工當年度必須在公司服務期滿三個月；發放雙薪當日必須仍在公司工作；最主要的一條，員工在發雙薪日前提出辭職或者過失、非過失解除勞動契約的，將不得享受年度雙薪。
三、發不發雙薪，企業規章說了算
用人單位自主決定年底雙薪的發放方式和數額，“發不發”、“怎么發”的自主權都在企業。法律沒有明確規定用人單位必須發放年底雙薪，這不是一項法定義務。企業如果沒有明文規定，此前也沒有慣例，勞動者就不能強求單位必須發年底雙薪。而第十三個月工資的標準是基本工資還是全額工資或者還是獎金，完全要根據企業與員工的約定，或者企業薪酬福利政策的規定來確定。
2009年，國家稅務總局發布《關於明確個人所得稅若干政策執行問題的通知》
單獨計稅
據了解，因為國家機關、事業單位、企業和其他單位實行“雙薪制”，很多員工因此在年底領到了雙薪。根據國家稅務總局的最新規定，從現在起，個人取得的“雙薪”，將單獨作為一個月的工資、薪金所得計征個人所得稅。
即第12個月的工資、薪金所得，將在扣除800元起征點的費用後，對剩餘部分按相應稅率計算並繳納個人所得稅；第13個月的工資、薪金所得，將不扣除800元起征點費用，而是對其全額按相應稅率計算並繳納個人所得稅；如果納稅人第12個月的工資、薪金所得不足800元，那么就可以將其第12個月和第13個月的工資、薪金所得加起來，再減去800元後，對餘額按相應稅率計算個人所得稅。
例如，卓小姐每個月的工資為3000元。這3000元作為一個月扣繳個人所得稅，由於其“四金”已經在12月份工資中扣除，所以不能在第13個月的工資中扣除任何費用，必須全額繳納個人所得稅，3000×15%－125=325元，而卓小姐12月份的個人所得稅是：（3000－2100）×10%－25=65，所以卓小姐12月份總計必須繳納個人所得稅325+65=390元。
稅率
據了解，很多人往往會將第13個月的薪金與單位對發放給雇員的年終獎金、勞動分紅、年終加薪等屬於全年度獎勵性質的個人收入混為一談，但實際上這兩種收入在個人所得稅的計算方法上卻有很大的差別。
地稅局的相關人士表示，假定某一員工2004年年終獎金6000元，12月份的工資為3000元，“四金”及允許稅前扣除額共2400元，那么這位員工的個人所得稅應該這么算：（1）平均每月所得的獎金=6000÷12=500元；（2）當月工資薪金總額=3000+500=3500；（3）應納稅所得額=當月工資薪金總額－稅前扣除額和“四金”=1100；（4）根據（3）計算出的數額確定稅率為10%，速算扣除額為25元；（5）應繳納的個人所得稅數額=（年終獎數額+當月所發的其他工資薪金－可扣除的費用）×確定的稅率－速算扣除數（6000+3000－2400）×10%－25=635元。
此外，有關人員還補充稱，2004年度的年終獎，如在去年12月發，按照老辦法計稅；如在今年1月份發，則按照新辦法計算，但每人每年只能使用一次。對於多扣的稅款，原則上不進行退稅，將在今後的稅收中進行抵扣。
高收入人士
“這一計稅方式將分開發錢與集中發錢所繳稅的差距縮小了。雖然對普通員工影響不大，但總是個利好訊息”，江蘇省社科院的相關專家認為，當然獲利最大的是高收入人群。月薪1萬元、年終獎3萬元的員工，實行新政策後將比原來少繳上千元稅。“基數大，獲利就大”。
與此同時，這一方式可能會改變一些單位發放獎金的習慣，以前常見的季度獎、半年獎可能被一次性在年終發放的獎金代替。
有人認為“月賺5000元至20000元最划算”。也有人士對此提出疑問，“划算不划算”的觀點其實是站不住腳的，因為按照現行的稅收政策，目前個人所得稅徵收的起點是1000元，也就是收入在1000元及以下是不用繳稅的，1000元以上賺得越多繳得更多，由此只能推斷說，賺得越多越“不划算”。但有一點可以肯定，賺20000元以上的月薪，雖然繳納了相當數額的稅款，但畢竟個人得了大頭。
問題
對於目前很多公司員工遇到的大筆薪金因為繳納個人所得稅而減少問題，法律部門也獻出良策。有關人士指出，員工可與單位在契約中約定“員工與單位約定的工資薪金是指員工實際到手的收入，單位支付給員工的工資薪金（包括第13個月的薪金或年終獎）的個人所得稅由單位承擔”的條款內容。
這位人士解釋說，按照有關勞動法的規定，勞動時間、勞動報酬、工作崗位等內容屬於勞動契約必備條款，但在員工與單位約定勞動報酬的過程中，員工可就勞動報酬的具體內容、要求等與單位進行協商。
工資薪金個人所得稅計算公式：當月應繳納的工資薪金個人所得稅=應納稅所得額（當月收入－1000元）×個人所得稅適用稅率－速算扣除數第13個月工資薪金應繳納個人所得稅計算公式（當月工資、薪金所得1000元及以上）：第13個月工資薪金應繳納個人所得稅=第13個月工資薪金數額×個人所得稅適用稅率－速算扣除數發雙薪當月應繳納的個人所得稅=當月應繳納的工資薪金個人所得稅+第13個月工資薪金應繳納個人所得稅。例如：一位員工12月份的工資獎金為5000元，12月份發放的第13個月薪水也是5000元，那么，12月份工資薪金個人所得稅=（5000元－1000元）×15%－125元=475元，第13個月薪金個人所得稅=5000元×15%－125元=625元，12月份總計繳納個人所得稅=475元+625元=1100元
