尤里烏斯三世繼續主持了特蘭托第二階段(1551-1552年)。他設法限制樞機主教的聖祿,並整頓隱修院紀律,加強教皇權利。會議還針對瑞士宗教改革家慈溫利對 聖體的非議,肯定經過祝聖的麵餅和酒,本質已經變為真正基督的肉體和血,確認 告解和 終傅聖事符合聖經。
尤里烏斯三世在羅馬成立培養德籍司鐸的學院,委託耶穌會會士管理。
宗教改革形勢在德國迅猛發展,但在英格蘭卻出現反覆,瑪麗女王1554年下令廢除亨利八世否定教皇權利的一切法令和措施,恢復羅馬教會對英國的統治,同時,將支持亨利八世宗教改革的上層教士全部處死,還用火刑處死新教徒300人,人們稱之為血腥的瑪麗。但民族教會運動已是大勢所趨,教皇絕對權威已一去不復返。
尤里烏斯三世支持文藝復興運動,整頓羅馬大學。這所大學由卜尼法斯八世創建於1303年,16世紀利奧十世曾予以改組,1567年由格列高利十三世加以擴建,成為格列高利大學。尤里烏斯三世指示建立教廷安德烈教堂,1551年任命16世紀最著名的作曲家帕萊斯特里納為聖彼得教堂唱詩班指揮,米開朗基羅·博那羅蒂為教堂建築設計師。死後馬塞勒斯二世繼承宗座。