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為適應某些專業的特殊需要或某些類型文獻的特點而編制的一類索引，又稱專門索引或特種索引。包括專名索引、代碼索引和文獻序號索引等。專名索引 以事物的專門名稱為標目的索引，也稱物名索引。因某些專業的專有名詞眾多,為便於檢索,一些檢索刊物往往在主題索引之外設定專名索引。例如美國《化學文摘》從1972年起在普通主題索引之外， 專設一個化學物質索引。1975年世界農業情報系統創辦的《農業索引》也編有一個專收各種農作物、動物、農藥、農用化合物、農用機械等物品名稱的品名索引。專名索引按不同專業編制，品種繁多，常見的有動物索引、植物索引、真菌索引、酶索引、礦物索引、藥物索引、生物分類索引與屬名索引、商品索引等等。這種索引具有專業性強、用詞規範、標引專指度高等特點，便於專業用戶使用。
代碼索引 使用某種代碼語言或代碼系統編制的索引。一些學科或專業的術語常有俗名與學名、商品名與標準命名之分,又有新名與舊名之異。為了便於檢索,採用反映事物某一方面特徵的代碼語言或代碼系統來標引和編排文獻，就形成了代碼索引。例如美國化學文摘社為解決複雜的有機化學命名問題，用化合物的分子式編制了分子式索引；用環狀化合物的環狀結構編制了環系索引。另外，音樂文獻的鏇律索引，也是一種代碼索引，是用特殊的代碼表示音符，通過鏇律走向排檢法、首調音名排檢法等查找音樂作品。代碼索引結構特殊，一般適用於通曉特定代碼語言或代碼系統的專業人員，非專業人員使用則較為困難。
文獻序號索引 是一種根據特種文獻本身的順序編號(如科技報告號或契約號，專利文獻的專利號,標準文獻的標準號等)編制的索引,如報告號索引、契約號索引、專利號索引、標準號索引等。報導特種文獻的檢索刊物一般都附有這類索引，例如美國《化學文摘》的專利索引(原名專利號索引)，利用它不僅能查找某一特定的專利，而且可以查找與該專利內容有聯繫的相關專利。文獻序號索引的編制和使用都十分方便，但檢索途徑比較單一，使用時必須事先得知其文獻序號，因而使用範圍有較大的局限。
