概述
2000年10月，自治區國家稅務局的職能進行了調整，內設機構進行了增、減、並，將行政處（室）由10個減為8個，設3個直屬單位，3個事業單位。全區實有在職幹部職工2922人。
2005年10月，經國家稅務總局批准，寧夏國家稅務局對機構設定進行了進一步規範。自治區國家稅務局內設15個行政處室，1個直屬機構，5個事業單位，下設31個全職能局。
主要職責
（一）貫徹執行國家的稅收法律、法規和規章，結合寧夏實際，研究制定具體的實施辦法。
（二）根據本區經濟發展規劃，研究制定全區國稅系統稅收發展規劃和年度工作計畫並組織實施。
（三）根據經濟稅源和國家稅務總局下達的稅收計畫，編制、分配和下達全區國稅系統稅收收入計畫並組織實施。
（四）負責本區中央稅、中央地方共享稅等稅種的徵收管理和稽查工作；負責增值稅專用發票、普通發票和其他稅收票證的管理工作。
（五）負責本區未分設地方稅務機構的地縣地方稅種的徵收管理和稽查工作。
（六）負責全區國稅系統稅收執法情況的監督檢查工作和稅務行政處罰聽證、行政複議、行政訴訟工作。
（七）負責本區進出口稅收和涉外稅收的管理工作。
（八）負責全區國稅系統的稅收會計、統計工作。
（九）負責全區國稅系統的經費財務、基本建設和資產管理工作；負責審計和政府採購工作。
（十）負責全區國稅系統機構、編制和人事管理工作。
（十一）負責全區國稅系統的思想政治工作、精神文明建設、基層建設及公務員教育培訓管理工作。
（十二）負責全區國稅系統的紀檢、監察工作。
（十三）負責全區國稅系統稅收管理信息化、現代化工作的規劃和實施，建設和管理信息系統。
（十四）結合本區稅收工作實際，研究稅收理論和稅收政策，分析稅收信息，掌握稅收動態。組織稅法宣傳工作。
（十五）完成國家稅務總局和自治區黨委、人民政府交辦的其他工作。
現任領導
鄭文敏：黨組書記、局長
馬名騏：黨組成員、副局長
陳連書：黨組成員、副局長
王豫青：黨組成員、副局長
韓振平：黨組成員、總經濟師
於琬河：黨組成員、總審計師
韓桂錦：黨組成員、總會計師
許耀武：副巡視員
機構設定
寧夏回族自治區國家稅務局是寧夏回族自治區主管國家稅收工作的職能部門，為正廳級全職能局。
行政處（室）
寧夏回族自治區國家稅務局內設12個行政處室，級別為正處級；另設機關黨委辦公室、離退休幹部管理辦公室。
1、辦公室
制定局機關和系統的年度工作計畫及長遠發展規劃，處理局機關日常政務，起草和審核有關檔案和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；制定辦公規章制度；管理機關財務；指導辦公自動化工作；辦理人大代表建議和政協委員提案；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
2、政策法規處
進行有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關問題；擬定稅收綜合業務的規章制度；負責稅收業務的協調和法律事務；對稅收法律、法規的執行情況進行監督檢查；承擔稅收法規檔案的清理、鑑定及彙編工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；辦理稅務行政訴訟和行政複議等事項；負責規範性檔案的會簽把關；牽頭配合審計、財政等部門的外部監督工作。
3、流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅等稅種的徵收管理和稅政業務；貫徹執行流轉稅法規、規章並對執行情況進行監督檢查；擬定有關流轉稅徵收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責推廣和管理增值稅防偽稅控；負責增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅等稅稽核、檢查和納稅評估工作。
4、所得稅管理處
負責企業所得稅和儲蓄存款利息個人所得稅等稅種的徵收管理和稅政業務；對分管稅種的具體問題進行解釋和處理；負責擬定所得稅徵收管理的具體實施辦法；負責企業所得稅的日常檢查和納稅評估工作；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。
5、徵收管理處
組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，研究制定有關稅收征管制度和辦法；指導稅務登記、征管質量考核、納稅申報和稅收資料的管理；管理普通發票；指導個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責組織征管軟體和除增值稅防偽稅控以外的稅控器具的開發、推廣和套用工作；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅金的核銷管理工作；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責納稅服務、稅源管理、日常性檢查及其綜合制度、辦法的制定；負責納稅信用等級評定等工作。
6、財務管理處
負責本系統經費、財務、基本建設、裝備和資產的管理工作；制定各項管理制度；組織內部審計和政府採購工作。
7、計畫統計處
編制、分配稅收計畫，組織並檢查稅款入庫工作；制定稅收計畫和會計、統計工作制度；對稅收數據進行核算和分析；負責稅源資料的調查和測算，監控管理重點稅源；進行稅收能力估算和稅收巨觀分析；負責稅收票證的印製和管理。
8、進出口稅收管理處
負責進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅計畫管理工作；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣套用和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查。
9、國際稅務管理處
負責國際稅收協定執行、反避稅、涉外稅務審計、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。
10、人事處
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理工作；負責下一級領導班子和領導幹部的監督檢查工作，按照管理許可權負責領導幹部的離任審計及出國政審工作。
離退休幹部管理辦公室(副處級，掛靠人事處)。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
11、教育處
負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責稅收宣傳工作；負責本系統的工會、青年、婦女工作；負責稅務培訓機構和教育經費的管理工作。
12、監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級管理的幹部信訪舉報、違法違紀案件和系統內重大案件查處工作。
機關黨委辦公室。負責局機關和直屬單位的黨務、工會、青年、婦女工作；負責局機關的思想政治工作、精神文明建設和計畫生育。
直屬機構
寧夏回族自治區國家稅務局設1個直屬機構，級別為正處級。
稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計畫確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行複查複審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
事業單位
寧夏回族自治區國家稅務局設5個事業單位，級別為正處級。
1、信息中心
組織信息系統建設，執行信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網路與綜合資料庫；參與組織套用軟體開發和稅控器具的推廣、套用及技術培訓工作；負責計算機設備的維修、維護和調配管理。
2、機關服務中心
擬定後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織管理工作；負責局機關綜合治理工作；負責局機關辦公物品的採購、保管、分配和維修工作；負責局機關的安全保衛、房產管理、綠化和職工醫療保健等工作；負責局機關裝備管理。
3、培訓中心
負責系統國稅幹部的職務培訓、崗前培訓、業務培訓等工作。
4、稅收科學研究所
組織、指導、協調全系統的稅收科研工作；完成上級下達的調研課題任務；組織全系統稅收科研成果的鑑定和推廣；跟蹤經濟和稅收形勢發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織有關稅收調研成果的評選和獎勵；編輯出版有關稅收理論刊物；承擔稅務學會秘書處的日常工作。
5、註冊稅務師管理中心
貫徹國家有關法律、法規和規章，制定具體實施辦法；負責組織註冊稅務師資格考試、註冊登記、年檢等工作；負責稅務師事務所機構的審核、報批並其對執業情況進行監督、管理、檢查；負責註冊稅務師的後續教育和稅務師事務所從業人員的業務培訓工作；負責註冊稅務師協會的日常管理工作。
縣市區機構設定
| 序號 | 機構名稱 | 機構級別 | 駐地及地址 | 所屬市（地、州、盟）國 家稅務局 |
| 1 | 銀川市興慶南區國家稅務局 | 正科級 | 銀川市新華西街197號 | 銀川市國家稅務局 |
| 2 | 銀川市興慶北區國家稅務局 | 正科級 | 銀川市民族南街44號 | 銀川市國家稅務局 |
| 3 | 銀川市金鳳區國家稅務局 | 正科級 | 銀川市北京中路504號 | 銀川市國家稅務局 |
| 4 | 銀川市西夏區國家稅務局 | 正科級 | 銀川市北京西路149號 | 銀川市國家稅務局 |
| 5 | 永寧縣國家稅務局 | 正科級 | 永寧縣城寧和北街 | 銀川市國家稅務局 |
| 6 | 賀蘭縣國家稅務局 | 正科級 | 賀蘭縣城銀河西路 | 銀川市國家稅務局 |
| 7 | 靈武市國家稅務局 | 正科級 | 靈武市文化街 | 銀川市國家稅務局 |
| 8 | 石嘴山市大武口區國家稅務局 | 正科級 | 大武口區朝陽西街 | 石嘴山市國家稅務局 |
| 9 | 石嘴山市惠農區國家稅務局 | 正科級 | 惠農區春暉南路20號 | 石嘴山市國家稅務局 |
| 10 | 石嘴山市隆湖扶貧經濟開發區國家稅務局 | 正科級 | 隆湖開發區科工貿小區 | 石嘴山市國家稅務局 |
| 11 | 平羅縣國家稅務局 | 正科級 | 平羅縣城平大公路 | 石嘴山市國家稅務局 |
| 12 | 吳忠市利通區國家稅務局 | 正科級 | 吳忠市開元大道8號 | 吳忠市國家稅務局 |
| 13 | 吳忠市紅寺堡開發區國家稅務局 | 正科級 | 紅寺堡開發區光明大道 | 吳忠市國家稅務局 |
| 14 | 青銅峽市國家稅務局 | 正科級 | 青銅峽市小壩北苑 | 吳忠市國家稅務局 |
| 15 | 鹽池縣國家稅務局 | 正科級 | 鹽池縣城南街 | 吳忠市國家稅務局 |
| 16 | 同心縣國家稅務局 | 正科級 | 同心縣城長征西街 | 吳忠市國家稅務局 |
| 17 | 固原扶貧經濟發展試驗區國家稅務局 | 正科級 | 固原試驗區新原路2號 | 固原市國家稅務局 |
| 18 | 固原市原州區國家稅務局 | 正科級 | 固原市政府街6號 | 固原市國家稅務局 |
| 19 | 西吉縣國家稅務局 | 正科級 | 西吉縣城中街30號 | 固原市國家稅務局 |
| 20 | 隆德縣國家稅務局 | 正科級 | 隆德縣城人民路123號 | 固原市國家稅務局 |
| 21 | 涇源縣國家稅務 | 正科級 | 涇源縣城百泉街1號 | 固原市國家稅務局 |
| 22 | 彭陽縣國家稅務局 | 正科級 | 彭陽縣城新彭路273號 | 固原市國家稅務局 |
| 23 | 中衛市城區國家稅務局 | 正科級 | 中衛市城區香山東街 | 中衛市國家稅務局 |
| 24 | 中寧縣國家稅務局 | 正科級 | 中寧縣城寧安南街 | 中衛市國家稅務局 |
| 25 | 海原縣國家稅務局 | 正科級 | 海源縣城建設路 | 中衛市國家稅務局 |
