聖西門曾經說：過去是“神學的時代”，現在是“實證的時代”。孔德把實證作為他哲學的主導性概念，並對其作了六點規定：一是“現實的”，與空想、玄想相對立；二是“有用的”，與空洞、無用、脫離生活實踐相對立；三是“確實的”，與虛構、抽象相對立；四是“正確的”，與錯誤、曖昧、模糊相對立；五是“積極的”或建設的，與消極、否定、靜止、孤立相對立；六是“相對的”，與絕對相對立。孔德推崇實證，其目的在於表明他的實證主義具有科學性，是一種“科學的哲學”。孔德到了晚年，又對實證的含義補充了一點，即“感情的”，以加進他人道教的內容。他對“實證”一詞的規定和解釋，標誌哲學轉換了一個方向，為科學主義思潮奠定了基礎。
要素和原則
孔德認為一切科學知識的唯一來源和基礎是來自觀察實驗的經驗事實。他說：“除了以觀察到的事實為依據的知識以外，沒有任何真實的知識”。這種看法具有一定唯物主義傾向，但孔德卻做了錯誤引申：第一，認識只能停留在感覺經驗範圍以內；第二，經驗之外的本質和原因是永遠不可認識的；第三，世界本原等超出經驗界限的問題是形上學和神學殘餘。這就是孔德哲學的基本原則。這一原則旨在給科學和實證哲學劃界，把神學和形上學從知識領域清除出去。孔德致力於哲學與科學的結合，為哲學發展帶來新的轉機，但他的經驗主義立場卻給主觀唯心主義和不可知論敞開了大門。
孔德把自己的實證主義說成是科學的哲學，因而並不否定規律的存在。他經常談到“自然規律”、“不變的規律”、“必然規律”等等，再三強調每一門科學研究的對象是該門科學範圍內的規律，並且認為在社會歷史領域也有象自然界的規律一樣的規律。但是，孔德對於規律的理解卻是令人失望的。他否定規律的客觀性，把規律看作經驗現象中的某種不變的先後關係和相似關係。如摩擦生熱是先後關係；兩木磨擦生熱和兩手磨擦生熱是相似關係。這樣，孔德就把規律限制在現象的範圍內而與本質無關了。
自近代以來，隨著自然科學的發展，哲學雖然側重於認識論、方法論的研究，但尚無拒絕對本體論的回答，孔德則拒絕一切對本體論的探討，即拒斥形上學。他認為，以往一切哲學，不是神學就是形上學，它們都企圖尋求世界一切現象的“最初起源”、“終極原因”、“終極本質”。神學的特點是企圖憑藉主觀幻想，用人們的眼睛看不到的所謂“神”這種“超自然的觀念”來作為一切現象的終極原因。形上學用所謂實在的概念來代替神性的概念，減少了超自然原因的介入。但是，實在概念逐漸成為它所相應的現象的純粹名稱以外的東西，即成為一切現象之後的“人格化”了的“終極”之物。所以，也是毫無意義的。
由此可見，孔德既反對把“神”的觀念作為世界的本源，也反對把“實在”的概念當作世界的本源。前者是反對神學唯心主義，後者是反對唯物主義。他不理解唯物主義說的物質實在是對外界無數具體事物的最普遍的共性--外在性、客觀實在性的概括，而是把“物質實在”這個概念理解成萬事萬物的本源或終極原因。這說明了孔德對唯物主義的曲解。
孔德之所以拒斥形上學，是因為他看到了唯物主義與唯心主義在哲學基本問題上的尖銳對立，於是就從反對本體論入手，企圖走既反對唯物主義又反對唯心主義的第三條路線。他明確地說過：本體論的爭論進行了兩千多年，什麼問題都沒有解決。雖然一切理論都會涉及到世界存在的本質、本源問題，但一切關於這個問題的探討都必然落空，毫無所得。因此，本體論不僅是無用的、空想的，而且對真正科學的基礎是有害的。於是他宣布：實證哲學應該把本體論的爭論一掃而光，把唯物主義和唯心主義全部甩掉，從而“消滅二者”。孔德的這個觀點在他的認識論中得到了進一步貫徹。
認識論
孔德認識論的實質是主觀唯心主義的不可知論，但是，他作為一個從自然科學講哲學的哲學家，深受培根和上一世紀法國唯物主義的影響，自發地接受了唯物主義認識論的前提，承認客觀的外在事物是人們認識的對象，只是在進一步論及認識的內容和結果時，走進了主觀唯心主義和不可知論的泥坑。
孔德在他的《實證精神論》中一再指出：“外界事物”是人們“思維的外在對象”，是人類不斷探求的對象。他在《社會靜態學與社會動態學》中又明確肯定：人的思維活動只不過“是人類大腦的主要屬性”。這說明他從認識的主體和客體的兩個方面都肯定了物質世界對於人的意識的第一性。他還說過：“外間世界”是人們的思想、感情、行為的“客觀基礎”。人們的思想、感情、行為之所以能有發展，就在於它們“一開始就順從自然”，以“認識自然秩序為基礎”。這些都說明，孔德不是象貝克萊那樣僅僅從主觀感覺出發，而是從對外部世界的觀察、實驗即從唯物主義認識論的前提出發的。
但是，當孔德進一步論述經驗和科學知識時，就轉向了唯心主義和相對主義。他認為，既然經驗是知識的唯一來源和基礎，那么一切科學知識就必須局限在經驗的範圍之內，不能超越主觀經驗之外。主觀經驗是認識能力和科學知識的界限，人的認識無法超越這個界限，科學知識只能禁錮在這個界限之內。否則認識就沒有可能，知識就失去了根據，理論就沒有意義。人們的認識內容只能是通過感覺經驗得來的具體事物的現象，至於事物的“內在本性”、“現象的起源和目的之類的問題”則是我們的能力根本無法把握的。實證哲學的“根本特點正是認為人的理性必然不能說明一切高不可攀的玄妙奇蹟”。如果企圖憑藉“抽象思維”去探求事物的內在本質或現象的終極原因，不但毫無意義，而且必然會陷入傳統的本體論。
又因為實證科學研究的是現象，並且只是主觀經驗範圍之內的東西，所以實證知識只是相對的。也只有相對的知識才是科學知識，所謂絕對知識，不過是神學和形上學的幻想。科學的任務就是對與主觀經驗相聯繫的現象與現象之間的聯繫進行描述、記錄，而不作解釋。他自以為找到了一個最好的例子--牛頓的萬有引力定律。該定律說明，一切分子之間的固定引力與它們的質量成正比，與它們的距離平方成反比。這是宇宙中的普遍規律，千變萬化的天文現象只不過是從各種不同的角度、觀點去看同一事實。人們知道這個規律就行了，至於引力究竟是什麼，重力到底是什麼，不必管它。這類問題不屬於實證科學研究的範圍，讓那些神學家去想像，讓那些形上學家去論證吧。實證哲學只記述事實，不說明事實；只問是什麼，不問為什麼；只管其然，不管其所以然。所以，這種知識只具有相對性，不具有絕對性。
由此可見，孔德用與經驗相聯繫的主觀的現象界代替客觀世界，否認客觀世界的實在性和絕對性，就陷入了主觀唯心主義。他把科學規律歸結為現象界的聯繫，並認為事物的客觀的本質聯繫是無法探求的和無須探求的，這又陷入了不可知論。他本人直言不諱地承認休謨是他哲學的思想先驅。
人類理智發展的“三階段”論
孔德認為，人類理智的發展經歷了三個階段，社會歷史、政治思想、科學知識也都相應地經歷了三個階段，即神學階段、形上學階段和實證階段。人類理智的發展決定著經濟、政治和科學知識的發展。這充分表達了他的歷史唯心主義的發展觀。孔德在《實證哲學教程》第一講中非常自信地說：“直到現代為止，自己認為已經發現了一條偉大的根本規律，為人類智力的發展永遠必然遵守，……這條規律就是：我們的每一種主要觀點，每一個知識部門，都先後經過三個不同的理論階段：神學階段，又名虛構階段；形上學階段，又名抽象階段；科學階段；又名實證階段。”與這三個階段相適應，人們使用了三種基本性質不同的方法，構成了三種不同的思想體系。在神學階段，使用神學方法構成神學體系；在形上學階段，使用形上學方法即抽象推理方法構成形上學體系；在實證階段，使用實證方法構成實證哲學即孔德本人的哲學體系。
神學階段是人類智慧發展的起點。孔德認為，歐洲在文藝復興以前是宗教神學占統治地位的階段。那時，人類精神探索的目標是萬物的內在本性，是一切現象的根本原因或最後原因，即上帝。人們企圖獲得絕對的知識，即上帝的啟示。人們總是以超自然的力量--神來說明世界萬物，把世界萬物的千變萬化看成是神的力量干預的結果。因而是一種天真的空想，所以又叫虛構階段。在這個階段，各方面都有神學特點，天文學表現為占星術，化學表現為鍊金術，哲學表現為經院哲學，政治表現為君權神授。
形上學階段只不過是前一階段的略微改頭換面。在這個階段，人們運用“抽象觀念”代替人格神，通過抽象推理去解釋世界的一切現象。例如，傳統哲學用“實體”、“內在原因”、“絕對理念”等概念來說明事物。抽象概念的力量代替了超自然的神的力量。在這個階段，哲學變成了形上學；科學知識形上學化；政治空談抽象的民主、自由、平等原則。在這裡，孔德貶低形上學，貶低人類理性和理想性的目的是抬高自己的實證哲學。但是，他也確實看到了傳統哲學的弊端，要對哲學進行徹底的改革。
實證階段是指從19世紀起實證哲學占統治地位的階段，也是人類理智發展的最高階段。在這個階段，“人類的精神承認不可能得到絕對的概念，於是不再探索宇宙的起源和目的，不再求知各種現象的內在原因。”人們放棄探索事物的根本，把推理與觀察結合起來，從而發現現象之間的聯繫。放棄對絕對的追求，只追求相對的東西，以往關於絕對的知識是無用的，現今相對的東西才是有用的。在這個階段，哲學是實證哲學；科學是實證科學；政治是實證的社會體系，而不是理想的王國。人們只立足於當下，並不著眼於未來。
為了印證他“三階段”論規律的正確性，孔德舉出了個人教育與人類教育的相似性。他說：“我們每一個人追憶自己的歷史時，豈不是記得自己在主要的看法方面，曾經相繼地經過三個階段，在童年時期是神學家，在青年時期是形上學家，在壯年時期是物理學家嗎？今天任何一個跟得上時代水平的人都是不難證實這一點的。”孔德的意思是說，在童年時期，愛好神話和虛構，好像神學家；在青年時期，喜歡抽象思考問題，富有理想，好像形上學家；到了壯年時期，不再愛好好高騖遠的虛構和富於想像的描繪，而是關心實際、重視現實，好像物理學家。
孔德所講的人類理智發展的過程，完全脫離了客觀物質世界的基礎和社會條件，把人類思想的發展看成是由思想自身所決定的，並且僅僅是占統治地位的少數人的思想決定的。人類理智發展的三個階段決定社會發展也經過了相應的三個階段：古代社會是神學社會，中期社會是形上學社會，未來社會是實證社會。孔德抓住了一些現象，卻並沒有揭示這些現象的經濟基礎。他把古希臘哲學歸結為宗教哲學，顯然違反了歷史事實。
孔德還認為，以前的科學都不是真正的科學，真正的科學只有在擺脫了神學和形上學的影響，並取得完全獨立時才有可能。科學應按發展的完美程度進行排列，分為數學、天文學、物理學、化學、生物學、社會學。其中數學是處在五種基本科學前面的科學，因為數學最普遍、最單純、套用範圍最廣泛、最完美，所以應放在最前面。各門科學知識作為分枝都是從同一樹幹上生長出來的，最前面的科學具有較大的普遍性，適用範圍也比較廣泛；後面的科學是前面科學發展的結果，如果沒有前面的科學，就不能理解後面的科學。社會學是研究人的科學，它比其它科學更複雜，並建立在其它科學之上，是最後邊的科學。所以，一切科學都套用社會學的觀點來重新估價，都要以人為中心，其目的都是為了人。這樣，所有科學就構成了一個體系。實證哲學不是抽象體系，而是科學的綜合。哲學不在這個體系之外，就在這個體系之中，是這個體系中的認識論、方法論原則和邏輯發展規律。或者說，實證哲學就是這個體系本身，就是使這個體系成為這個體系的東西。孔德的觀點雖然體現了哲學對科學的指導功能，但在實質上已經取消了哲學本身。
