7世紀中葉，在伊斯蘭教第三任哈里發奧斯曼執政時，阿拉伯穆斯林軍占領波斯後，於650～651年進入阿富汗，曾攻下巴爾赫、喀布爾，伊斯蘭教開始傳入，後未長期占領，705～715年，伍麥葉王朝呼羅珊總督古太白·伊本·穆斯林率軍征服中亞時，先攻占吐火羅斯坦首府巴爾赫，後其部又占領赫拉特、喀布爾、伽茲尼，毀佛教寺院，迫使一部分城市居民歸信伊斯蘭教，後深入傳播到阿富汗的主要中心地區。阿拔斯王朝初期，置於河中總督奈斯爾·伊本·賽雅爾的治理下，當地一些土著王公歸信伊斯蘭教，伊斯蘭教逐漸傳播到廣大農村。9世紀初，穆斯林學者伊本·卡拉姆傳播遜尼派哈乃斐學派教法，形成卡拉米葉派。9世紀後期，阿拉伯帝國開始解體，在塔吉克人建立的薩曼王朝(874～999)統治下，廣建清真寺，發展伊斯蘭文化，波斯人和突厥人遷入主要城市，加速了伊斯蘭化的進程。10世紀中期，薩曼王朝突厥將領艾勒布特勤率軍南下，占領伽茲尼城，建立伽色尼王朝(962～1186)，統一阿富汗，實行政教合一制，奉遜尼派為國教，在各主要城市興建清真寺和宗教學校，伊斯蘭教廣泛傳播到遊牧部落，伽茲尼城成為阿富汗的宗教和文化中心。1152年古爾王朝取代伽色尼王朝。古爾王朝分裂後，阿富汗被花刺子模沙占領。13世紀初，蒙古成吉思汗攻入中亞和阿富汗。後，突厥人建立克爾特王朝，臣屬於蒙古的伊兒汗國。14世紀，帖木兒帝國征服其大部分地區，在沙哈魯執政時，遷都赫拉特，該城成為商業和伊斯蘭文化的中心。16～18世紀，東部的興都庫什山以南地區屬印度莫臥兒帝國統治。在喀布爾和伽茲尼修建了清真寺和蘇菲派道堂；赫拉特及法拉赫地區為伊朗什葉派的薩法維王朝所控制，什葉派教義開始傳人，但收效甚微，坎大哈則成為雙方長期互相爭奪的地區。1736年納迪爾登上波斯王位，後占領整個阿富汗。1747年納迪爾沙被刺身亡，坎大哈地區薩多查依氏族酋長艾哈邁德·阿布達利率阿布達利人部隊返回阿富汗，被各部落酋長會議推選為國王，建立阿富汗歷史上第一個穆斯林王朝————薩多查依王朝(1747～1818)。後經過征戰收復失地，統一了阿富汗，其領土西起伊朗的馬什哈德，東至克什米爾，北達阿姆河，南到阿拉伯海。初建都坎大哈，後遷都喀布爾。王朝實行政教合一制，推行伊斯蘭教法，最後完成了伊斯蘭化。1819年，伽茲尼的多斯特·穆罕默德汗率軍攻占喀布爾，建立巴拉克查依王朝，發動聖戰使東部地區的努里斯坦的居民最後歸信伊斯蘭教。後英國殖民者入侵。1919年，阿曼努拉國王發動“聖戰”，打敗英國入侵者，宣布獨立。
伊斯蘭教在社會政治生活中占有重要地位。政府設有歐萊瑪(宗教學者)委員會，監督和管理宗教事務。憲法規定，遜尼派的哈乃斐學派教法為國家立法的基礎。實行伊斯蘭教法，首都喀布爾設有最高伊斯蘭法院，各地設有伊斯蘭法庭。全國有1.5萬多座清真寺，首都喀布爾有150多座大清真寺。全國的毛拉、宗教學者約10多萬人，享有較高的社會地位。清真寺多附設有國小，對兒童進行宗教教育。全國設有專門的宗教學校10多所，著名的有阿薩迪伊斯蘭經學院、歐萊瑪沙里亞學院、喀布爾大學伊斯蘭法學系等。其穆斯林90％為遜尼派，遵奉哈乃斐學派教法。什葉派穆斯林占10％，大多為十二伊瑪目派，少數屬伊斯瑪儀派。坎大哈附近建有麻札，有阿里的紀念冢，據傳還珍藏有先知穆罕默德的聖袍，被視為聖地。阿富汗為“伊斯蘭會議組織”、“伊斯蘭世界聯盟”、“世界伊斯蘭大會”成員國。
