歷史沿革
1947年，菸草研究所創建（2005年所址由鳳陽遷至合肥院本部）。
安徽省農業科學院1957年，棉花研究所成立，試驗基地位於安慶市。
1960年，安徽省農業科學院建立。同年，蠶桑研究所、 作物研究所 、畜牧獸醫研究所成立。
1962年，祁門茶葉試驗場，改名為安徽省農業科學院祁門茶葉研究所，成為省農科院直屬專業研究所之一（1915年北京政府農商部在安徽省祁門縣南鄉平里建立“農商部安徽模範種茶場”，1917年11月改名為“農商部茶業改良場”，1950年2月更名為祁門茶葉試驗場，1962年，改名為安徽省農業科學院祁門茶葉研究所，1969年下放到祁門縣，1973年歸屬省農科院，1995年定名為安徽省農業科學院茶葉研究所）。
“文革”期間，安徽省農業科學院撤銷。
1973年，恢復為安徽省農林科學院。
1973年2月，安徽省水產科學研究所恢復並更名為安徽省農林科學院水產研究所，隸屬安徽省農林科學院（1955年3月安徽省農業廳水產試驗站創建，1962年安徽省農業廳水產試驗站更名為安徽省水產科學研究所，1962年12月安徽水產專科學校撤銷併入安徽省水產科學研究所，1969年安徽省水產科學研究所撤銷，1973年2月恢復並更名為安徽省農林科學院水產研究所，1978年12月更名為安徽省農業科學院水產研究所）。
1975年，植物保護與農產品質量安全研究所（原名植物保護研究所）成立。
1978年12月，安徽省農林科學院更名為安徽省農業科學院，土壤肥料研究所成立。
1987年5月，安徽省農業科學院在1973年成立的作物研究所的水稻研究室、生物技術研究室及品種資源研究室的一部分基礎上成立水稻研究所。 12月，園藝研究所創建。
2002年，中共安徽省委、安徽省人民政府《關於省委、省政府直屬事業單位機構改革的實施意見》規定安徽省農業科學院為省政府直屬事業單位，是安徽省農業科學綜合研究機構，正廳級建制。
2008年11月，安徽省農業科學院農業工程研究所成立（前身為1995年7月成立的安徽省農業科學院原子能農業套用研究所）。
2009年，安徽省農業科學院農產品加工研究所成立。
2013年10月，安徽省農業科學院情報研究所（1976年10月建立）更名為安徽省農業科學院農業經濟與信息研究所。
科研條件
研究部門
據2017年12月科學院官網顯示，科學院下設14個專業研究所，建有國家改良中心分中心5個、國家技術研發分中心1個、國家試驗站6個、國家原種擴繁基地1個、農業部質量安全風險評估實驗室1個、農業部科技創新中心2個、農業部監督檢驗測試中心1個、農業部野外科學觀測站4個、科技部國際科技合作基地1個、安徽省實驗室4個、安徽省研究中心4個、安徽省研發中心2個、安徽省農業科學院檢測中心2個、安徽省產業體系2個、院士工作站3個；承擔國家現代農業產業技術體系6個科學家崗位、15個綜合試驗站的建設任務，承擔省現代農業產業技術體系7個首席專家29個功能實驗室崗位工作；在全省設有100多個試驗示範基地和12個長期固定的科研試驗基地等。
鮮食葡萄安全、高品質栽培技術國家改良中心分中心：國家油料改良中心合肥油菜分中心、農業部國家水稻改良中心合肥分中心、國家茶樹育種中心安徽分中心、國家棉花改良中心安慶分中心、國家小麥育種分中心
國家技術研發分中心：國家蔬菜加工技術研發分中心
國家試驗站：國家大宗淡水魚產業技術體系合肥綜合試驗站、國家蠶桑產業技術體系合肥綜合試驗站、國家棉花產業技術體系皖北綜合試驗站、國家品種區域試驗站、國家級農作物品種審定（含抗性）區域試驗站、國家農作物品種抗性鑑定試驗站（金寨）
國家原種擴繁基地：國家棉花原原種擴繁基地
農業部質量安全風險評估實驗室：農業部農產品質量安全風險評估實驗室（合肥）
農業部科技創新中心：農業部優勢農作物科技創新中心、農業部安徽省長江中下游稻作技術創新中心
農業部監督檢驗測試中心：農業部轉基因生物產品成分監督檢驗測試中心（合肥）
農業部野外科學觀測站：農業部作物基因資源與種質創製科學觀測試驗站、農業部有害生物合肥科學觀測實驗站、農業部安徽蜜蜂生物學科學觀測實驗站、農業部蒙城砂姜黑土生態環境重點野外科學觀測試驗站
科技部國際科技合作基地：科技部水稻分子育種國際科技合作基地
安徽省實驗室：安徽省農作物品質改良重點實驗室、安徽省水稻遺傳育種重點實驗室、安徽省農產品品質改良重點實驗室、安徽養分循環與資源環境實驗室
安徽省研究中心：安徽省雜交水稻工程技術研究中心、安徽省雜交棉工程技術研究中心、安徽省棉花專用新型肥料工程技術研究中心（合建）、安徽省農業科學院玉米研究中心
安徽省研發中心：安徽省小麥體系研發中心、安徽省蠶桑產業技術體系研發中心
安徽省農業科學院檢測中心：安徽科威農藥重金屬殘留檢測中心、安徽省農業科學院茶葉質量檢測中心
安徽省產業體系：安徽省水產產業技術體系、安徽省水稻產業技術體系
院士工作站：安徽省農業科學院園藝研究所院士工作站 ，安徽宇順種業、安徽省農科院棉花所院士工作站 ，安徽省水產領域院士工作站
| 作物研究所 | 水稻研究所 |
| 植物保護與農產品質量安全研究所 | 農業經濟與信息研究所 |
| 畜牧獸醫研究所 | 水產研究所 |
| 土壤肥料研究所 | 園藝研究所 |
| 蠶桑研究所 | 菸草研究所 |
| 農產品加工研究所 | 農業工程研究所 |
| 茶葉研究所 | 棉花研究所 |
人員編制
據2017年12月科學院官網顯示，科學院擁有各類專業技術人員614人，其中具有高級職稱人員256人，6人入選國家百千萬人才工程，省級學術帶頭人27人，省部級突出貢獻專家12人。1個科研團隊入選農業部“第二批農業科研就出人才及其創新團隊”，9個科研團隊入選安徽省“115產業創新團隊”。
國家百千萬人才工程：吳文革 、楊劍波 、楊其長 、閆曉明 、羅志祥 、陳鳳祥
全國優秀農業科技工作者：楊其長
全國農業科研傑出人才：楊其長 、陳鳳祥
安徽省有突出貢獻的中青年專家：楊劍波等
農業部有突出貢獻中青年專家：楊其長等
科技部中青年科技創新領軍人才：陳鳳祥
農業部“第二批農業科研就出人才及其創新團隊”：油菜種質和育種材料創新團隊（陳鳳祥）
安徽省“115產業創新團隊”：土壤肥料和資源環境 、果樹 、糧食豐產科技 、農作物病蟲草害安全防控技術研發 、安徽特產水果遺傳改良及安全高效生產技術研究 、安徽省主要旱作物遺傳育種 、水稻分子育種 、畜禽營養與健康養殖技術創新和新產品研發、水產改良育種與健康養殖
設備資源
蔬菜安全及標準化生產技術體系研究與示範據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院作物研究所擁有固定資產1000餘萬元，各類用房3500平方米，試驗地20多公頃；擁有人工氣候箱、近紅外穀粒分析儀、蛋白質快速測定儀、氣相色譜儀、進口小區收割機等先進儀器設備50餘台（套）。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院水稻研究所擁有國定資產5120萬元，辦公和實驗室用房約9000平方米，在合肥牛角大圩建有示範基地500畝和配套建築面積1150平方米；廬江郭河試驗基地320畝和配套建築面積3750平方米；海南島南繁基地150畝和配套建築面積1900平方米；在基地已建大型網室7200平方米，溫室200平方米，抗病、抗蟲等鑑定圃600平方米；各類科研儀器1000多台（套），其中，價值壹百萬元以上大型儀器設備1台（套）。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院畜牧獸醫研究所建築面積10000多平方米，其中東山養殖試驗場房6000多平方米；擁有固定資產1867萬元；實驗室面積4000多平方米，擁有各類科研儀器607台（套），其中萬元以上大型精密和常規儀器設備100多台套。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院水產研究所擁有辦公實驗樓及附屬用房建築面積4500平方米、儀器設備80多台（套）、標準化實驗池塘25公頃、科技檔案110餘卷、水產類圖書資料1.5萬冊，分布在安徽省主要水產養殖區產研結合綜合性試驗示範基地10多處，總面積1000公頃。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院土壤肥料研究所擁有辦公及實驗室用房3172.4平方米，庫房460平方米，擁有原子吸收分光光度計、流動注射分析儀等大型儀器。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院園藝研究所擁有占地1.5萬平方米的現代農業設施園區、2萬平方米普通大棚、10萬平方米試驗基地。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院菸草研究所擁有固定資產1000餘萬元，擁有大、中型儀器設備35台套，科研及辦公用房2000餘平米；在鳳陽縣、長豐崗集、阜南縣和太和縣以及海南省樂東縣建成5個試驗基地，面積達40公頃；保存玉米資源400餘份，菸草種質資源800餘份。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院茶葉研究所有圖書資料、中外期刊1.7萬餘冊，立卷科技檔案852卷，茶葉科技資料8247卷；價值千元以上的儀器設備80餘台套，如液相色譜儀、氣相色譜儀、原子吸收光譜，擁有紅、綠茶初制微型設備各一套以及名優茶、紅、綠茶初精製加工設備90餘台套。
據2017年12月科學院官網顯示，安徽省農業科學院棉花研究所擁有高標準試驗地130餘畝，網室、病圃2000餘平方米，實驗室、加工車間、倉庫、低溫庫、辦公室等建築物1萬多平方米；儀器設備100餘台套，價值500餘萬元。
科研成就
研究成果
據2017年12月科學院官網顯示，科學院“十二五”以來，全院共組織實施國家自然基金、國家科技支撐計畫等各類科技項目1630餘項。共獲國家和省部級科技獎（含合作）66項，其中合作獲得國家科技進步特等獎、一等獎各1項，主持獲得省部級一等獎16項、二等獎19項，大北農科技獎4項；審（鑒、認）定農作物新品種（系）194個，獲植物新品種授權37個，專利授權182件，軟體著作權24件，智慧財產權產出量穩居全省科研院所前三名；制（修）訂各類技術標準190項，其中國家和行業標準11項；發表各類學術論文1827篇，其中SCI/EI源收錄論文207篇；出版科技著作83部。
學術期刊
•《安徽農業科學》
安徽農業科學《安徽農業科學》主要刊登全國範圍的農、林、牧、漁業基礎理論、套用研究及農業經濟研究、農史研究等與農業有關的學術研究論文，追蹤報導各學科的最新實用的農業科技成果。設有基礎科學·綜述、農藝·園藝、資源·環境、動物科學·生物技術、林業科學·休閒農業、土壤肥料·植物營養、植物保護·農業氣象、食品科學·檢測分析、農業工程·農業信息、農業經濟·農業管理、農業教育·農史等欄目。2015年被國家新聞出版廣電總局認定為A類學術期刊（首批）。
《安徽農業科學》被《中國學術期刊評價研究報告（武大版）》評定為“RCCSE中國權威學術期刊（A+）”（2013—2014、2015—2016）、“RCCSE中國核心學術期刊（A）”（2011—2012、2017—2018）；被中國農業科學院認定為“中國農業核心期刊”、被北京大學圖書館認定為“全國中文核心期刊”（2004年版、2008年版），被中國科學技術信息研究所認定為“中國科技核心期刊”（2004、2006、2008、2010），被中國科學文獻計量評價研究中心認定為“中國科學引文資料庫（CSCD）引文庫來源期刊”（2007－2008）。被中國知網（CNKI）、萬方數據、維普數據、龍源期刊網、超星網、博看網、中國生物學資料庫、中國科技論文線上、讀覽天下網、美國《化學文摘（網路版）》（CA），《日本科學技術振興機構中國文獻資料庫》（JST），美國《烏利希期刊指南（網路版）》（Ulrichsweb），國際農業生物學文摘（CABI），聯合國糧農組織農業索引（AGRIS）等。
《安徽農業科學》先後獲第四屆全國優秀農業期刊一等獎（2004）、第五屆安徽省優秀科技期刊一等獎（2005）、第五屆全國農業期刊金犁獎學術類一等獎（2006）、第四屆華東地區優秀期刊（2009）、安徽省優秀期刊（2009）、“安徽省科技期刊編校質量獎”優秀獎（2016）等獎項。2014年，“景觀·農村旅遊”和“農業管理”欄目分別獲得全國高等農業院校學報研究會頒發的“特色欄目”和“優秀欄目”獎項；2017年，“資源·環境”欄目獲得安徽省期刊協會頒發的“特色欄目”獎項。
•《現代農業科技》
《現代農業科技》是全國優秀農業科技期刊、全國農業核心期刊、安徽省優秀科技期刊、《中國核心期刊（遴選）資料庫》來源期刊、《中國學術期刊綜合評價資料庫》來源期刊、《中國科技期刊資料庫（全文版）》來源期刊、全國農業領域職稱評定認定期刊、2008年度中文期刊網路傳播國內分類閱讀科普科技期刊第4名、2009年度中文期刊網路傳播海內外閱讀排行TOP100期刊、2009年度中文期刊網路傳播分類閱讀農業類期刊海內外入榜期刊、2010年度中文期刊網路傳播國內閱讀排行TOP100期刊、2010年度中文期刊網路傳播海內外閱讀分類排行農業農村類入榜期刊。
文化傳統
形象標識
院徽安徽省農業科學院中間為S狀的團，底部兩側為稻穗，代表著農業。
1960為建院時間。
精神文化
•院訓：敬農敬業，惟實惟新
院訓反應了農科院人的職業道德、精神追求和價值取向，為解決“如何把對農業深深的愛轉化為豐碩科技成果”這一命題指明了工作方向和實踐途徑。
•院歌：《安徽省農業科學院院歌》
皖風和暢，徽韻悠長，在明媚的陽光下，我們團結奮進、創新成長。 （部分歌詞）
現任領導
| 職務 | 姓名 | 工作分工 |
| 黨委書記 | 李恩年 | 主持院黨委工作。分管人事處、機關黨委（機關紀委）和茶葉研究所、農產品加工研究所。聯繫茶葉研究所、農產品加工研究所省級以上學術技術帶頭人; 聯繫民革支部。 |
| 院長 | 徐義流 | 領導院全面工作。分管計財處和水稻研究所、農業經濟與信息研究所。聯繫水稻研究所、農業經濟與信息研究所省級以上學術技術帶頭人。 |
| 副院長 | 趙皖平 | 負責行政、後勤、房產與土地管理、文明創建和老幹部等方面工作。分管院辦公室、離退休工作處、機關後勤服務中心和植物保護與農產品質量安全研究所、畜牧獸醫研究所、農業工程研究所。聯繫植物保護與農產品質量安全研究所、畜牧獸醫研究所、農業工程研究所省級以上學術技術帶頭人；聯繫民盟支部。 |
| 劉萬程 | 負責科技產業管理、科技扶貧和基地建設等方面工作。分管科技產業處和作物研究所、水產研究所、土壤與肥料研究所、蠶桑研究所。聯繫作物研究所、水產研究所、土壤與肥料研究所、蠶桑研究所省級以上學術技術帶頭人；聯繫民主促進會支部。 | |
| 李澤福 | 負責科技創新、科技服務、科研管理、國際合作與交流等方面的工作；分管科研管理處和園藝研究所、菸草研究所、棉花研究所。聯繫園藝研究所、菸草研究所、棉花研究所省級以上學術技術帶頭人，聯繫致公黨支部。 | |
| 紀委書記 | 張懷獻 |
