孫本樞於1951年轉業地方工作。1954年考入哈爾濱醫科大學醫療系。1959年畢業後分配到福建省中醫學院任教。1960年調到三明第一醫院任外科醫師。1972年進修於上海瑞金醫院顱腦神經外科。1982年,成功地進行腸系膜上下腔靜脈架橋治療門脈高壓食管胃底靜脈出血手術。同年,成功地實行腦血管架橋和顱內大網膜移植治療腦血栓偏癱等手術。1984年進行乳腺腫瘤患者腫瘤切除後大網膜移植再造乳房術獲得成功。孫本樞擅長普通外科、神經外科和骨外科多種手術,具有豐富的臨床經驗,在三明市第一醫院從事外科工作26載,先後在《福建醫藥雜誌》、《實用外科雜誌》、《福建血液病雜誌》等刊物上發表《有機玻璃修補顱骨缺損》、《開放性顱腦損傷治療體會》等10餘篇論文和翻譯文章。曾在省醫學會外科分會第二屆學術會上宣讀《顱內外血管吻合術治療腦缺血病變》、《腸系膜上、下腔靜脈架橋治療門脈高壓》和《肌腱移植術治療股四頭肌癱瘓》3篇論文。他的《腸系膜上、下腔靜脈架橋術治療門脈高壓》、《顱內外血管吻合術治療腦缺血病變》以及《斷掌再植一例成功》論文,獲三明地區科技成果獎。1985年,在生命垂危之際還在撰寫關於小兒麻痹症外科矯形手術專著(未完稿)。孫本樞為三明市第一屆政協委員、三明市醫學學術委員會委員、三明市醫療衛生學會理事。
孫本樞工作勤懇,以救死扶傷為天職,時常放棄休息時間進行手術搶救病人,深得病人和同事的好評,多次被評為市先進工作者。1985年10月9日病逝,終年55歲。
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