在康有為、梁啓超的推動下，1898年6月11日，光緒帝下《明定國是詔》，正式宣布變法，批准了由梁啓超代為起草的《奏擬京師大學堂章程》，這是中國近代高等教育最早的學制綱要。吏部尚書孫家鼐被任命為管理大學堂事務大臣，曾出任多國公使的許景澄和長期擔任京師同文館總教習的美國傳教士丁韙良分別出任中學和西學總教習。這樣，京師大學堂不僅成為全國最高學府，而且是全國最高教育行政機關。
1898年6月11日，光緒帝頒布《明定國是詔》，戊戌變法正式開始。此後，光緒在一個月中兩下諭旨，敦促有關部門就京師大學堂創建一事“迅速復奏，毋再遲延”。在光緒的一再督促下，軍機處和總理衙門請康有為代為起草學堂章程。康有為又委託梁啓超捉刀。梁啓超早在編《時務報》時，就注重各國教育。他只用了幾天的時間，就寫好《奏擬京師大學堂章程》，交由總理衙門上呈了。
1898年7月3日，光緒皇帝批准了這個章程，委派他的老師、吏部尚書孫家鼐為管理大學堂大臣，負責京師大學堂的具體籌建工作。《奏擬京師大學堂章程》提出了“中學為體、西學為用”的辦學方針，認為“二者相需，缺一不可，體用不備，安能成才”，強調大學堂的核心是培養人才，把“乃欲培植非常之才，以備他日特達之用”奉為創辦大學堂的目的。
章程在第一章“總綱”中，開宗明義地提出了要把京師大學堂辦成“各省之表率、萬國所瞻仰，規模當極宏遠，條理當極詳密，不可因陋就簡，有失首善體制”的世界一流大學的宏偉目標。
其後，章程明確規定各省都要創辦新式學堂，皆歸大學堂統轄，大學堂為最高教育行政機關。章程指出：“各省近多設立學堂，然其章程功課皆未盡善，且體例不能劃一，聲氣不能相通。今京師既設大學堂，則各省學堂皆當歸大學堂統轄，一氣呵成。一切章程功課，皆當遵依此次所定，務使脈絡貫注，綱舉目張。”從而確立了國小到中學遞升到大學的現代學制雛形，要“循級而升”、“兼容並包”。
師範教育是最受重視的學科。章程寫道：“西國最重師範學堂，蓋必教習得人，然後學生易於成就。中國向無此舉，故省學堂不能收效。今當於堂中別立一師範齋，以養教習人才。”
教材是大學堂及各中國小堂能否辦好的先決條件。章程提出要在上海等處設編譯局，負責教材的編寫：“其言中學者，薈萃經、子、史之精要，及與時務相關者編成之，取其精華，棄其糟粕。其言西學者，譯西人學堂所用之書，加以潤色，既勒為定本。除學堂學生人給一份外，仍請旨頒行各省學堂，悉遵教授，庶可以一趨向而廣民智。”
章程第二章是“學堂功課例”。強調課程的設立，要以“中體西用”為原則。課程和專業設定的目的“中西並重，觀其會通，無得偏廢；以西文為學堂之一門，不以西文為學堂之全體，以西文為西學發凡，不以西文為西學究竟”。該章為京師大學堂學生規定了多達25門的必修和選修課，並首次提出按西方大學的辦法，用積分法對學生的功課好壞進行考核。
章程規定十門“通學”，包括經學、理學、初級算學、初級格致學、初級政治學、初級地理學、文學等為必修課，其中還包括“體操”，可見大學堂對體育的重視。英法俄德日五門外國語言，學生須各選一門。還有十門如數學、礦學、農學、工程學、商學、地理學等為專門學，在學生讀完三年通學結業後，方可選修一兩門。
章程強調破格選拔人才，指出從前的各種學堂之所以不能成就人才，除了功課設定不得法和教習素質不高外，國家不從中選拔人才委以官職也是重要原因。所以應變通科舉，從大學堂選拔人才，“以勵人才而開風氣”。
章程規定，為了力除積弊，大學堂採用西式做法，列出常年的預算表，各項支出按表撥款辦理。對大學堂的管理人員薪俸、學生膏火及一伙食費、課本紙張費、獎勵費、雜用費等列出了預算表，並規定所有費用由總辦提調經理，一切費用採取“實支實銷”。
總的來看，《奏擬京師大學堂章程》提出的“兼容並包”、“中西並用”，重視師範教育，基礎學科與專門學科相結合，課程設定要“嚴密切實”，破格選拔人才等，體現了康有為、梁啓超的變法主張，為中國現代高等教育的發展設計了良好的開端。
