遊戲劇情
很久以前，在這個世界沒形成以前，是一片混沌，沒有生命、沒有規則的未知之境。力量女神利娜用她的臂膀，創造了大地；智慧女神娜露用她聰慧的精神，創造了最初的秩序，太陽與月亮相互交替，水往低處流，風定時的吹動；勇氣女神羅璐，用她熱情的心，創造了生命。三位女神在離去的地方，留下了黃金三角力量。由力量、智慧、勇氣所組成的黃金三角力量，守護著這個世界。世世代代生活在這片土地上，繁衍生息的種族們，把這個世界稱作“海拉爾”。
在這個東方森林中，有被稱為森林守護神的“德庫樹”和長著孩童般模樣的柯克里族在那裡生活著。每位族人都有一隻與己相稱的妖精。只有一個名叫林克的少年，他孤單一人，沒有妖精做伴。林克每晚都會做同樣一個夢。出現在夢裡的人，總是為逃亡而被帶走的陌生少女，還有身後追趕的那個高個子男人。每當那個男人停下來注視自己的時候，他就會醒來。 一天早上，林克被一個叫娜比的陌生妖精叫醒。它告訴林克，森林守護神的“德庫樹”要見自己。 德庫樹告訴林克，海拉爾沉睡之力——黃金三角正被一個叫作加農道夫的男人探尋著。為了不讓黃金三角之力落入邪惡人之手，海拉爾選中了一位“擁有勇氣的人”來阻止他。林克就是那位被選中的勇者。為探尋黃金三角和加農道夫，德庫樹將“森之精靈石”交過林克，隨後便在加農道夫的詛咒中安詳的死去。
從青梅竹馬的少女薩莉亞手裡接過奧卡利那笛。依依惜別之後，林克離開故鄉，與娜比一起朝著海拉爾大陸出發。 被奧卡利那笛的旋律引導著，林克邂逅某種契機變成了青年。在少年與青年兩種身姿的超越時空冒險中，林克與眾多朋友相遇，離別。成長為一名真正勇者，與盜賊王加農道夫展開勇氣與力量的較量。
遊戲設定
人物設定
林克（少年）
住在柯克里森林中的少年。在柯克里族中沒有屬於自己的妖精。與青梅竹馬的薩莉亞等朋友們安穩的度過每一天。當得知海拉爾的危機和自己的命運後，離開故鄉與妖精娜比一起踏上旅途。
林克（成年）
由於某種契機陷入沉睡7年，之後以懷有「時之勇者」的成年身姿再度醒來。與旅途中的朋友們相遇離別，一同展開拯救海拉爾的超越時空冒險。
娜比
是在林克艱難冒險時左右相伴、給予鼓勵的羈絆。受到德庫樹的邀請來找林克。在冒險中給予林克提示和揭示敵人弱點的幫助。
塞爾達公主（少年）
海拉爾國王的親生女兒，海拉爾王國的公主。雖然還只是少女卻有著高貴與神秘的氣質，深受國民愛戴。第一眼見到林克就感到他是消滅海拉爾邪惡之力的存在，知曉傳說中的黃金三角力量沉睡的聖地所在。
加農道夫
住在海拉爾西沙漠只有女性的哥魯多族，在100年後生下的男子。現服侍于海拉爾國王，表面看起來忠誠，眼神里卻充滿邪惡與野心。在塞爾達看來，他懷有某種目的欺騙了皇室，並打算將黃金三角之力占為已有。
薩莉亞
與林克一起長大、心地善良的柯克里族少女。為林克能夠擁有妖精祝福著。發現林克與自己身邊其他柯克里族人有著不同的存在使命，在林克出發離開故鄉的時候依依惜別，建立了更加深厚的情誼。喜歡音樂，常常在森林中某個秘密的場所吹奏奧卡利那笛。
達魯尼亞
住在死神山登山道地下廣闊城市哥隆城中的哥隆族長。其族人是封印了太古邪龍瓦魯基亞的英雄子孫。達魯尼亞是個頑固的傢伙，不過卻被族人親切的稱為大哥。哥隆族有著可將身體蜷縮成像岩石球一般的堅硬身軀，以主食多東哥洞穴的岩石為生。
瑪隆
住在海拉爾平原中央隆隆牧場，牧場主塔隆的女兒。與愛睡覺的老爸不同，是個活潑開朗愛唱歌的小姑娘。造訪隆隆牧場的時候，就能聽到瑪隆清脆甜美的歌聲。
艾波娜
海拉爾平原隆隆牧場中飼養的小馬。與喜歡唱歌的瑪隆是要好的朋友，艾波娜也喜歡歌聲。如果在少年時代與艾波娜的關係變好的話，到了成年時代林克就能騎著她去冒險。
露多
左拉王寵愛的左拉族任性公主。講話舉止輕浮傲慢，不過卻也很坦率，願意幫助林克。
左拉王
治理著位於海拉爾東北左拉村落的左拉族國王。相較其他左拉族人有龐大的身軀，總坐在王座上。為女兒露多的野丫頭感到苦惱。棲息在水邊生活，擅長游泳和潛水的左拉族，將族中的大魚“加布加布大人”視為守護神。
凱普拉·格博拉
擁有博學智慧的貓頭鷹。屢次出現在林克的冒險途中，為林克指引道路。身世謎團很多，據說是遠古賢者的化身。
席克
自稱西卡族倖存者的謎之青年。在成年林克冒險時出現。儘管屢次為林克指明去向，意圖不明。會用豎琴演奏，授予林克各種各樣的奧卡利那笛之旋律。
因帕
從小哺育塞爾達公主長大的奶媽。以前生活在海拉爾，後發誓效忠海拉爾國王。她被認為是西卡族惟一的倖存者。創設卡卡利科村，受村民信賴。
地圖設定
塞爾達傳說：時之笛3D| 中文名 | 英文名 |
| 科克里村 | Kokiri Village |
| 德庫樹 | Deku Tree |
| 迷路森林 | Lost Woods |
| 卓拉領域 | Zora's Domain |
| 卓拉川 | Zora' River |
| 海拉爾平原 | Hyrule Field |
| 卡卡利科村 | Kakariko Village |
| 格雷城 | Goron City |
| 海拉爾城下町 | Hyrule Market |
| 海拉爾城 | Hyrule Castle |
| 隆隆牧場 | Lon-Lon ranch |
| 海利亞湖 | Lake Hylia |
| 格魯德峽谷 | Gerudo Valley |
| 格魯德要塞 | Gerudo Fortress |
| 幻影沙漠 | Haunted Wasteland |
裝備設定
| 中 | 日 | 英 | 說明 |
| 科克里之劍 | コキリの剣 | KOKIRI SWORD | 少年林克最初獲得的武器，威力較小 |
| 大師之劍 | マスターソード | MASTER SWORD | 成年林克的基本武器，威力較大，而且是擊敗蓋儂道夫的必需品 |
| 大格雷之劍 | ダイゴロン刀 | BIGGORON'S SWORD | 兩手用長劍，威力巨大 |
| 普通外套 | いつもの服 | KOKIRI TUNIC | 綠色外套 |
| 格雷外套 | ゴロンの服 | GORON TUNIC | 紅色外套，不怕灼熱 |
| 卓拉外套 | ゾーラの服 | ZORA TUNIC | 藍色外套，在水底不會窒息 |
| 德庫盾 | デクの盾 | DEKU SHIELD | 木製盾牌，會被火燒掉 |
| 海拉魯盾 | ハイリアの盾 | HYLIAN SHIELD | 騎士盾牌，不怕火燒 |
| 鏡盾 | ミラーシールド | MIRROR SHIELD | 具有反射光線功能的盾牌，解謎必需品 |
| 普通靴 | いつものブーツ | KOKIRI BOOTS | 普通的靴子 |
| 鐵靴 | ヘビィブーツ | IRON BOOTS | 非常沉重，可以在水底行走 |
| 懸浮靴 | ホバーブーツ | HOVER BOOTS | 有羽毛的靴子，可以在空中懸浮一段時間 |
時之笛系統
遊戲中有兩個笛子：妖精之笛（Fairy Ocarina)和時之笛（Ocarina of Time ）。
妖精之笛乃林克離開家鄉時莎莉亞（Saria）所贈。在林克拾到塞爾達公主拋出的時之笛之後，妖精之笛不知去向。 兩個笛子顏色不同，妖精之笛淡綠，時之笛淡藍。使用和音色上兩個笛子類似，但妖精之笛並不具備時之笛的神 奇力量。
| 曲目 | 取得方法 |
| 塞爾達之搖籃曲（Zelda's Lullaby） | 林克第一次遇到塞爾達公主時，伊帕（Impa）所授。 |
| 艾玻娜之歌（Epona's Song） | 於朗朗牧場瑪珞（Malon）處習得。 |
| 莎莉亞之歌（Saria's Song） | 森之聖域神殿前找到剎莉亞，她教林克這曲子。 |
| 暴風雨之歌（Song of Storms） | 具有召喚暴風雨的力量。6首曲子中惟一在成年時期學得。Kakariko村的風車房裡的男人教授。 |
| 太陽之歌（Sun's Song） | 在墓地王家墓穴深處學得。 |
| 時之歌（Song of Time） | 拾到時之笛時，塞爾達公主教授。 |
| 森之小步曲（Minuet of Forest） | |
| 炎之舞曲（Bolero of Fire） | |
| 水之小夜曲（Serenade of Water） | |
| 魂之安靈曲（Requiem of Spirit） | |
| 暗之夜曲（Requiem of Spirit） | |
| 光之前奏曲（Prelude of Light） | |
| 稻草人之歌（Scarecrow's Song） | 小林克時到哈利亞湖畔找地勢較矮處的稻草人自編樂曲，稻草人喜歡就行。 成年時代再去找稻草人吹奏一次小時侯的曲子，得到召喚稻草人的力量。 |
遊戲特色
里塞爾達模式
塞爾達傳說：時之笛3D「塞爾達傳說 時之笛3D 里篇」，俗稱「里 塞爾達」，是遊戲畫面左右顛倒的鏡面世界舞台。本篇世界中的迷宮布局、謎題設計，在里世界都有更新改動，出現敵人的種類和數量也有所不同。另外，在里世界中被敵人攻擊到所受的傷害，是原世界2倍，整體難度提高。 將本作正編通關之後，會作為隱藏要素解禁開啟里篇。
官方中文化
2012年秋季，先後公布港版3DS和神遊版3DS XL，港版首次公布就拿出五款中文遊戲，可謂氣勢洶洶。 第一波中文遊戲就拿出來風格各異的五款遊戲：包括核心成人化的生化危機啟示錄，任天堂的核心經典時之笛，全年齡藍海戰略任天貓狗，全年齡看家遊戲兩款馬力歐遊戲，可謂誠意十足照顧到了各種玩家。 行走到3DS時代，在任何程度上講，中文遊戲數量和速度都是完勝於之前20年的任何一個歷史時期。
對應主機特性
N64獨占ARPG超大作《塞爾達傳說：時之笛》本作中特別加入了利用陀螺儀感應器控制視覺的功能，作為3DS版獨特的特色，透過如同攝像機般傾斜主機的方式，便可以自由的移動視角。
操作設定
基本操作
推動3DS的搖桿可驅使林克向對應方向移動。輕輕推是行走，大幅度推就是跑步。另外，在斷開和有高低段差的兩個平台之間，直接向目的地移動就會自動做出跳躍動作。
按下B鍵就拔出劍並進行攻擊。L鍵鎖定狀態下與搖桿結合，可做出刺斬與縱斬等動作。除攻擊敵人外，劍擊能觸發某些機關。
按下R鍵能做出持盾防禦姿勢。結合搖桿可改變盾的朝向，以應對不同角度的襲擊。除防禦攻擊外，盾能將敵人發來的子彈反彈。
按下L鍵可對附近對象或敵人進行鎖定。如果鎖定了可談話的對象，在遠隔一段距離的地方仍可對話。戰鬥中對敵人進行鎖定，可一心的進行攻擊而不用去管方向。在此期間不會丟失目標。在沒有鎖定對象的地方按下L鍵配合搖桿，會進行人物固定朝向正面的平行移動，這樣可一邊移動一邊觀察前方的狀況。
道具操作
妖精彈弓
可攻擊敵人。也能觸發牆面或頂棚的某些機關。
炸彈
限時式炸彈，取出後一定時間內自動引爆。除破壞岩石和牆壁等之外，能對劍攻擊無效的硬甲殼類敵人進行攻擊。
飛鏢
遠隔攻擊敵人，是對劍難以到達地方的敵人進行攻擊的武器。投出會回來，所以也可藉此勾取遠處的道具。
鐵鏈爪
鎖鏈前端附有鉤爪的武器。可勾住附近的東西，或者勾住場景內特定的掛鈎，拖拽自己離開原來的地方，到達普通跳躍無法去達的平台。
重力靴
沉重鐵質的靴子。穿上後整個人的體重會上升，藉此可在水中自由的行走。若將其設定在XY快捷鍵里，可快速方便的切換穿上與收起狀態。
奧卡利那笛演奏
觸摸下畫面的「奧卡利那笛」能做出吹它的動作。通過L、R、X、Y、A來演奏，根據旋律的不同會引發各種效果。
| NINTENDO6 4版操作 | GAMECUBE版操作 |
| A：D音 C左：B音 C右：A音 C上：高D音 C下：F音 z:音調降半個八度 R：使音調生高半個八度 搖桿上：升高一個八度 搖桿下：下降一個八度 搖桿左或右：顫音 | A：D音 C搖桿左：B音 C搖桿右：A音 C搖桿上：高D音 C搖桿下：F音 L:音調降半個八度 R：使音調生高半個八度 搖桿上：升高一個八度 搖桿下：下降一個八度 搖桿左或右：顫音 |
媒體評價
N64獨占ARPG超大作《塞爾達傳說：時之笛》2011年6月16日即將在日本正式發售的《塞爾達傳說：時之笛3D》獲得了37分的白金評價。
