基因組可視化

基因組可視化,即對基因組數據進行可視化,通常指對最基本的基因組DNA序列,和注釋數據等基因組相關的分析數據,按照一定的用戶友好方式,使用圖形元素表達出來,方便視角直觀地識別已知或未知的數據模式,或者比較差異等。 典型的基因組可視化方式有基因組瀏覽器,Circos軟體包繪製等。

基因組可視化基因組可視化
基因組可視化,即對基因組數據進行可視化,通常指對最基本的基因組DNA序列,和注釋數據等基因組相關的分析數據,按照一定的用戶友好方式,使用圖形元素表達出來,方便視角直觀地識別已知或未知的數據模式,或者比較差異等。 典型的基因組可視化方式有基因組瀏覽器,circos軟體包繪製等。

簡介

基因組可視化,即對基因組數據進行可視化,通常指對最基本的基因組DNA序列,和注釋數據等基因組相關的分析數據,按照一定的用戶友好方式,使用圖形元素表達出來,方便視角直觀地識別已知或未知的數據模式,或者比較差異等。 典型的基因組可視化方式有基因組瀏覽器,Circos軟體包繪製等。
基因組可視化 屬於 “數據可視化”的一種,相當於數據可視化理論方法在基因組學數據上的具體套用。由於基因組數據的獨特性,因此又有著一些獨特的可視化方法產生。Circos就是一個典型的例子,它最初就是為了可視化基因組上的變異數據和比較基因組學數據等,後來發展到可以用於很多領域的關係型數據的可視化。

實例項目

基因組可視化的實際項目不算很多,但現有的都非常典型,除了主流的基因組瀏覽器外,還有其他很多的方向,如晶片數據的可視化,比較基因組學數據的可視化,進化相關的如基因樹的可視化等。

基因組瀏覽器

1 NCBI
2 ENSEMBL
3 UCSC
4 開源項目-GMOD :GBrowser
5 Venter genome browser :
6 JBrowse
7.UTGB
其他

基因組可視化相關的軟體包

1 Circos
2 .IGB
3.IGV
4.SAVANT
5.Eagle View
其他

進化樹相關的軟體包

1 TreeView
2 其他...

發展和研究現狀

目前並未獨立出一個學科叫做“基因組可視化”,但實際研究和工作中,確實有一部分科研人員在從事這個方向的工作,並且他們以基因組瀏覽器和基因組學產出數據的圖形化表示為兩大主要方向。 由於“數據可視化”本身的理論方法的發展滯後於其套用,因此“基因組可視化”目前(2010-7)也並未有系統的理論方法描述,只是一個術語和提法,並不斷地被大家所認識、接受、發展、拓寬。

發展和研究前景

由於整個數據可視化/信息可視化領域今年發展迅速,部分業內人士正發起和計畫推進這個領域的理論和方法學發展,因此基因組可視化也是一個非常有前景的方向。對於生物信息學的開發人員,可以開發基因組可視化方面的軟體包或者web套用等,對於科研人員,則可以研究基因組數據本身的特點與可視化方法之間的關係,提出改進的甚至新的可視化方法。

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