基因特異性探針

locus-specific 對於基因表達晶片,特異性探針的選擇是探針設計的重要環節,由於基因組序列數據量極大,不可能對每個候選探針都在全序列中進行特異性評價並進行取捨。 據此,選擇其中機率最小的N個候選探針,能夠大大減少進行特異性評價的探針數量,縮短探針設計的計算時間。

基因特異性探針 locus-specific probe

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對於基因表達晶片,特異性探針的選擇是探針設計的重要環節,由於基因組序列數據量極大,不可能對每個候選探針都在全序列中進行特異性評價並進行取捨。對此問題,提出了一種採用馬爾可夫鏈機率準則的探針特異性選擇方法,即把基因組序列看作馬爾可夫鏈,任何探針序列的互補序列作為它的一個子序列,都具有一定的出現機率,機率越小,越可能具有特異性。據此,選擇其中機率最小的N個候選探針,能夠大大減少進行特異性評價的探針數量,縮短探針設計的計算時間。對實際數據的測試結果表明,該方法選擇的探針具有很高的特異性。

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