計畫起源
大量研究已在遺傳學上完全證實了現代人類的非洲起源，但是人類具體的遷徙路線和經歷尚不清楚，本項目的緣起正是想了解人類走出非洲隨後的精細遷移路線。
基因地理計畫是一項在探索新的關於人類歷史遷移知識的基礎上，繪製人類的遷移路線圖，並回答多年來圍繞人類遺傳多樣性一系列問題的國際合作研究計畫；本項目由國家自然地理和IBM公司於2005年4月合作發起，並由傑出的群體遺傳學家Spencer Wells博士領導，計畫歷時5年、通過收集全球10萬份DNA樣品及相關研究，從而幫助人類更好地了解自己祖先的歷史，了解我們的祖先通過哪些遷移路線最終定居在目前居住的地方。同時將對參與計畫的當地所開展的教育和文化保護計畫提供支持。
中國部分
當然，這個小組是一個全球性的合作組織，其中也包括了中國的復旦大學生命科學院的現代人類學研究中心，該中心負責東亞和東南亞地區的樣本採集協調工作，及負責分析測試等研究工作。
復旦大學生命科學院的現代人類學研究中心、教育部現代人類學重點實驗室，作為全球十大參與的知名大學和人類群體遺傳學研究實驗室之一，領導地區性的研究工作：負責東亞和東南亞地區的樣本採集協調工作，及負責分析測試等研究工作。
採集世界上各區域當地族群的DNA樣本方面：來自當地族群的DNA樣本是古代遷移模式的可靠的指示，這些血樣中的DNA包含有經過幾百代人都不會改變的遺傳標誌。因此，進行地域(現場調查採樣)研究對於整個項目來說是最為重要的。一個國際顧問委員會將監督被研究人群的選擇以及提供規範的採樣和研究方案。
由於復旦大學將負責分析測試所有在中國採集的DNA樣本，同時負責東亞及東南亞地區的項目協調工作，因此，2005年10月到11月，徵得所在研究單位倫理委員會的批准和本國及樣本所在國主管當局的同意，由復旦大學現代人類學研究中心/教育部重點實驗室領導的一個5人團隊赴東南亞寮國對當地50多個民族人群進行現場採樣調查，收集血樣及各種體質數據。所收集到的樣本將與在中國採集的樣品以及其他東亞、東南亞地區樣本一道在復旦大學現代人類學研究中心進行DNA檢測。其研究方法和標準與世界上其他十個研究中心統一，所得到的數據也將集中上報給項目總部，由合作夥伴IBM公司的一個科學小組進行管理。這個小組將運用高級分析技術和數據分類技術來揭示樣品中蘊含的奧秘、發現數據中包含的新的模式和聯繫。IBM還提供計算核心知識和基礎系統、用來管理地理基因組圖譜計畫要分析的成千上萬的基因型數據，並推動與數據彙編和分析相關的探索性研究項目。
因此，項目的資料庫將容納有史以來最多的人種遺傳信息，它將為遺傳學家、歷史學家和人類學家提供前所未有的信息源。
整個基因地理項目研究為期5年，將使用最先進的實驗室和計算機，對全球不同的DNA進行分析，最終繪製成一張人類萬年遷移圖。 項目的領導人是美國國家地理學會的斯賓塞·威爾斯，他把這一項目比作是人類學的“月球探測器”。他評價說，“我們的DNA上攜帶著我們每個人的歷史。在以後的5年中，我們將破譯這些歷史。但隨著現在人們比以往更大程度的遷移和雜居，DNA含有的歷史正面臨著消失的危險。”該項目的資料庫將容納有史以來最多的人種遺傳信息，它將為遺傳學家、歷史學家和人類學家提供前所未有的信息源。
據復旦大學生命科學院現代人類學研究中心主任，生物醫學研究院基因組學研究所所長，復旦大學金力教授介紹，加入基因庫的每位中國公民，都將為自願，且會告知項目的所有內容。中國的DNA樣本將由復旦大學負責分析測試。公眾可以通過購買測試工具包參與這項活動，以及提交采自自己頰部的樣本，就能夠追蹤本項目的全部過程，以及了解他們自己的遷移史。這些個人結果將被安全地以匿名方式保存起來，以保護參與者的隱私。對於公眾參與計畫和遺產計畫，復旦大學的研究中心尚未正式開展，目前正在積極籌備和醞釀中，並將於近期發起。該項目的進展將直接促進遺傳、計算生物學、歷史學、民族學、歷史地理、語言學、人類學的學科發展，附產物還會促進疾病基因組、個體化醫療等方面的飛躍。
