永祿3年（1560）9月，清良的祖父土居宗雲的居城石城，被當時的大友軍攻陷，一族郎黨大多數在這一戰中戰死。清良的祖母，當時有名的烈女妙榮將當時只有15歲的清良召到身邊，對他說：“土居家到了現在這個地步，實在令人傷心，你快點去土佐的一條家吧，你是我們土居家再興的唯一希望。”
清良牢牢地記住了祖母的話，冒著落入敵手的危險逃到了土佐中村城的一條家，依靠了自己的同族，土佐一條家的譜代家老土居家忠，開始了寄人籬下的生涯，兩年的時間就這樣過去了。
永祿5年（1562）7月，懷著再興土居家希望的清良，越過了幡田高原，重新回到了故鄉三間大森城。但是，在弱肉強食的戰國時代，弱小的家族，很容易被鄰近的比較強大的家族所討滅。處於戰國戰亂之中的土居家，在群雄的包圍之中，一刻也得不到安寧。和平地治理好自己的家園三間大森城，抵禦外族的侵略，保護自己的族人，是清良一生中費了最大的苦心想要完成的事，也是清良畢生的心愿。“為了在保護族人的作戰中獲得勝利，必須要引進鐵炮來裝備部隊”懷著這個目的，能夠接受新事物的清良買來了近江甲賀的鐵炮，並對其性能、原理等加以深入的研究，最後製造出了在當時性能很高的新型的鐵炮。
但是，作為一切的基礎，大力提倡農業是富國的主要途徑，土居清良對此也十分地重視，還特別請來了先代的重臣，對農業的開發深有研究的松浦宗案，專門負責發展領內的農業。
松浦宗案是日本最初的農業書著作者，農學方面的專家。他向清良提出了新的農法，而清良也非常相信宗案豐富的知識和經驗，同意了宗案的請求。當年到了秋天收穫的時候，土佐的一條軍來到了三間之里，想要奪取當地的糧食。
當時，一條軍經常趁豐收的季節派遣軍隊奪取田地中沒有收穫的糧食，每到秋天就常有這樣的事情發生。但是這一年當一條軍來到三間之里的時候，卻驚異地發現當地的糧食早已收割完畢，等待他們的是精銳的土居軍，於是，毫無準備的一條軍就這樣被擊退了。
原來，這是宗案的研究結果，使領民可以很早地種植稻苗，還可以大幅提前收穫的時期。嘗到了農業改革甜頭的清良更是非常高興，更加大力地推廣領內農業的發展。當時的百姓與武士階級一樣，為了保衛自己的家園，每天早晚參加武術的訓練，白天則做農活；而武士階級也和農民一起在宗案的指導下進行農耕。之後的很長一段時間裡，三間之里一直保持著豐收的勢頭。
有一年的秋天，由於突然發生連綿的風雨，宗案沒有注意防範，三間川的水泛濫，再加上海水的倒灌，導致領地里的田地遭到毀滅性打擊，糧食顆粒無收。清良對家臣下命令道：“將米倉的米全部取出來分給領民”，家臣們極力地反對，因為這些米都是平時儲備的兵糧米，是準備在打仗的時候使用的。但是清良卻堅持自己的立場，他認為如果失去了領民的心，儲備再多的軍糧也是沒有用的。堅持命令宗案將米發給領民。
翌年大豐收，領民紛紛自願地將糧食運往清良的米倉。
清良在每年秋天收穫結束後，都將一些領民召進城內賜予酒食慰勞。那時，君主與領民沒有差別，武士與百姓沒有差別，城內的晚上到處都是歡樂的聲音。
就這樣，領民在清良的領導下，三間之里開始繁榮，歲月很快地流逝了。
之後，目標四國全土平定的土佐的長宗我部元親的強力武將率領的大軍開始進攻三間之里。元親軍的第一個目標是岡本城。岡本城是大森城的前哨，建築於小高山上，戰國時代依次建築了本丸、二之丸、三之丸。
元親使用謀略，將本陣放在城的東側，吸引城兵的主力向城的東側集結。等到夜間，潛伏的忍者出擊，元親從本陣派遣數十人的奇襲隊，越過三間川的下游繞道城後，在黑夜的掩護下登上岩石爬入岡本城中，一口氣突入岡本城。出其不意遭到進攻的本丸城兵，立刻潰敗，緊接著，二之丸、三之丸陷落。
得知岡本城落城的訊息，當時是初夏的夜間，清良召集了城內的武將，立刻向岡本城出發，不久就可以看到岡本城的燈火。“那裡就是元親的本隊”逃回來的兵報告。清良命令部隊，全軍出陣立刻奪回岡本城，鐵炮隊向川原進發，在那裡埋伏。熟悉地形的土居軍，立刻向岡本城迫近。
當時獲得勝利的元親軍正在慶祝，互相祝酒的元親的士兵毫無防備，根本沒有想過土居軍會連夜奪城。
戰鬥持續到早晨，土居軍重新奪回了岡本城本丸。沒有戰意的元親的本隊沿著三間川敗走，不久到達川原。數百挺鐵炮的聲音劃破了早晨的寂靜，經過優秀的2段、3段訓練的鐵炮隊給予元親軍慘重的打擊，人馬重疊倒了一地，遭到大敗北，損失了許多將兵的元親逃回了土佐，岡本城上，依舊飄揚著土居家的楓御紋旗。
之後的在岡本城大敗的元親，對清良的能力感到恐懼，先後向三間之里發動了數十次的攻擊，與土居軍作戰30餘回，沒有一次獲得過勝利，反而有許多將兵討死。
以智略聞名的清良廣為世人所知，後來奉西園寺（土居家的主君）的命令，甚至向很遠的中國地方出陣。當時，小早川隆景對清良的智勇感嘆道：“如果讓清良作我五國的總大將，一定可以統一天下。”
長久的戰火一直延續到信長時代、秀吉平定四國，西園寺家滅亡。當時清良被允許留在城裡，之後在土居垣內隱居，當時是天正15年（1587），清良42歲。之後，宇和島藩主（當時是藤堂高虎）多次邀請清良擔任家臣，但均被清良拒絕。
在戰亂之世，與領民一起防禦外敵，守衛鄉土的和平的清良，後來一直受到百姓的擁戴，於寬永6年（1629）84的高齡去世，遺體被葬在龍泉寺的墓地里。村人在三間町的土居中建立的清良神社來紀念這位沒有絲毫野心，一生為守衛自己的家園而奮鬥的老人……
