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變法至1898年9月21日慈禧太后發動政變，緝拿維新派，前後共103天，歷史上稱其為“百日維新”。政變的導火線是“禮部六堂官事件”。當時禮部有一位官員，名叫王照，他上書建議皇帝與西太后二位“最高領導”到外國考察。一則顯示帝、後團結；二則開闊眼界。禮部六堂官(正副部長)不同意向上轉達，並說王照心懷叵測，發生激烈衝突。光緒知道後，認為禮部六堂官阻撓新政，為了“立威”，光緒決定把這六名堂官全部罷免。其中有一位名叫懷塔布的堂官，他老婆是通天的，就把此事上告西太后。在此之前，任用和罷免高級官吏的大權都掌握在西太后手上，光緒皇帝罷免禮部六堂官未向西太后請示，自然被視為“侵權”。與此同時，懷塔布也到天津去找直隸總督榮祿密謀，共同阻止變法。維新派與守舊派的鬥爭加劇。維新派擔心掌握軍權的榮祿先動手，計畫武力奪權。他們準備利用正在天津訓練新軍的袁世凱，讓他奪取榮祿兵權，然後帶兵進京，包圍頤和園，請湖南的一位好漢畢永年領100名敢死隊員，衝進園中將西太后捕殺，這就是康有為的“圍園殺後”之計。過去史學界不相信此說，1985年我到日本訪問，查閱檔案，看到了畢永年事後追寫的日記，才證實了以上說法。袁世凱出賣維新派，向榮祿告密也確有其事，但卻是在西太后動手之後。西太后是在看了御史楊崇伊的奏摺以後，才決定動手的。楊崇伊的奏摺主要指責維新派改舊法、逐老臣，而且想把日本的前首相伊藤博文請到中國當朝廷顧問。這就促使西太后從頤和園趕回紫禁城，抓捕康有為等維新派。袁世凱的告密，加劇和擴大了西太后的鎮壓行動。這樣，維新變法不可避免地失敗了。
分析
其原因主要有以下幾個方面。
其一，守舊派勢力強大，當時國家的最高領導權不在光緒皇帝手中，而為以西太后為首的王公、大臣所掌握。維新派只有少數幾個人，沒有實權。西太后最初曾指示“今宜專講西學”，但是，當她感到變法觸及到她自己的權力和清廷王公貴族的利益時，就動手遏制、鎮壓。
其二，維新派缺乏正確的理論指導。康有為的《新學偽經考》指責西漢的古文經書全系劉歆偽造，《孔子改制考》將孔子打扮為“改制立法”的祖師爺。兩書都沒有充分的、有說服力的證據，不用說守舊派反對，當時的一些開明人士也不贊成。此外，維新派某些激進的宣傳也增加了社會阻力。
其三，維新派及光緒皇帝在實施變法上的某些冒進措施。變法一開始，光緒皇帝就因不滿自己的老師、軍機重臣翁同龢的持重、頂撞，將其開缺回籍。大量裁減冗官，僅京師一地，涉及閒散衙門十多處，失去職務者近萬人，但是又沒有安排出路。因王照上書被阻而一下子罷免六個部長級大員，也操之過急，並且失之過重。
