球隊的成立
1995年，在當時的福建省委書記賈慶林的倡議下，廈門開始籌備成立足球俱樂部，以期結束廈門甚至福建沒有職業足球隊的歷史。這一工作由當時的廈門市委書記石兆彬親自過問。 1996年2月23日，廈門足球俱樂部正式成立。這是一個股份制的俱樂部，由51家股東組成，註冊資金3000萬元人民幣。董事會由13名股東組成，廈門航空公司的副總經理宋成仁出任第一任董事長，體育碩士陳理通過公開競聘成為廈足俱樂部第一任總經理。
球隊的發展
1996年2月23日，廈門足球俱樂部成立，但是在當年中國足球乙級聯賽的升級賽中負於廣州松日而未能晉級。 1997年末俱樂部收購了廣東佛山佛斯第俱樂部而獲得甲B的參賽資格。 1999年在遲尚斌的帶領下衝上甲A。 2000年甲A保級失敗降回甲B。 2004年高洪波執教後獲得甲B季軍。 2005年高洪波率隊奪中甲聯賽冠軍成功沖超！ 2006年獲得中超第8名，並在聯賽後半程有過擊敗申花，大連，北京等強隊的戰績。 2007年高洪波出走長春，高達明任教練組組長，球隊名列中超倒數第一，球隊降級。 2008年球隊在沒有企業接手的情況下正式解散。
解散的命運
2007年因市領導調動，高洪波出走長春，高達明任教練組組長，球隊名列中超倒數第一，降級。球迷紛紛要求其下課，可其卻推責任：是政府的錯。上賽季從中超降級後，廈門足球徹底走到了盡頭，因為贊助等資金問題，他們連中甲也不打了。近日，中國足協與原廈足官員都向記者證實：廈足沒有參加中甲的註冊，也就是說，成立12年的廈足將繼八一、國力等隊後正式消亡。 降級後，廈門一直無人站出來接手球隊，球員們紛紛尋求轉會，安琦、鄒侑根、李鯤分別加盟長春、成都與武漢，俱樂部也人去樓空。在是否打中甲的問題上，球隊一直沒給中國足協一個明確答覆，所以足協也預備了幾套賽程。廈足仍未完成註冊。中國足協無法再等了，註冊辦主任馬成全說：“中甲賽程已正式確定，4月5日開打。我們已將賽程傳真給13個俱樂部，當然，其中沒有廈門隊。”這也標誌著廈足的消亡。 除了少數球員成功轉會外，大多數較年輕的球員根本沒有出路，祁閩、吳昆盛、郭聰奕等準備參加五人制足球，許多人只能選擇退役。前任總經理盧光瑞意味深長地說，“早在我下課那天，就已注定了結局。主要是政府不想搞了，只要政府想搞就一定會有企業接手。”
