歷史發展
中國清朝政府和日本於1895年4月17日（光緒二十一年三月二十三日）簽署的條約，原名“馬關新約”，日本亦稱為下關條約或日清講和條約（清日講和條約），中國割讓台灣島及所有附屬各島嶼、澎湖列島和遼東半島[1]給日本；此時開始至1945年以前，由於台灣受日本殖民統治，台灣人進入大陸地區，是以“日本人”的身份進入，亦有少部分歸化持有中華民國護照。
1945年之後兩岸同屬中華民國政府統治，往來之間不需持有證件。1949年之後，兩岸由於國共內戰等因素分隔，之後中斷交流近40年。
1987年台灣解除戒嚴，重新開放大陸探親，仍視兩岸為一個中國，不接受台灣人民持“中華民國護照”進入大陸。故由大陸地區公安部發行台灣地區居民來往大陸通行證，供台灣人士進出大陸地區。
使用說明
台灣居民來往大陸需要持有的兩種證件由於政治的原因，台灣當局方面仍視大陸地區為境外地區，因此台灣居民前往大陸時，仍需持“中華民國”護照出關，至大陸邊檢時，再以《台胞證》入境。造成前往大陸的台灣居民，在護照會有台灣方面的出境紀錄，卻無目的地的入境紀錄的奇特現象。而台胞證則只有台灣居民進出大陸邊檢的紀錄，並無台灣居民來自目的地的出境紀錄。
國務院2015年6月18日公布修改後的《中國公民往來台灣地區管理辦法》，規定台胞來往大陸免予簽注，新辦法自2015年7月1日起施行。
相關功能
早期台胞證的功用僅供為台灣居民入境大陸用的旅行證件，然而隨著2008年來兩岸交流密切，越來越多的台灣人前往大陸投資發展，進而長期定居生活。做為旅行證件的台胞證成為台灣居民在大陸上唯一的合法身份證及法律證件（除非該台灣人持有外國護照），台胞證已經不再只限於旅行證件，形成類似台灣居民在大陸的身份證，在大陸的台灣居民可憑持台胞證就業、就醫、置產、開戶、融資等，功能已經遠超過旅行證件。
版本樣式
新舊版台胞證圖樣舊版本式台胞證的顏色為土黃綠色的封皮，印有台灣居民來往大陸通行證燙金字樣以 及燙金的徽章圖樣。內頁蓋上附有“中華人民共和國公安部出入境管理局”字樣及中華人民共和國國徽圖樣的紅色印章。
2015年7月1日，公安部公告自當月6日起在福建省試點發行卡式2015版台灣居民來往大陸通行證。
2015年9月15日，公安部宣布決定啟用2015版台灣居民來往大陸通行證(簡稱電子台胞證、台胞卡)，縣級以上公安機關出入境管理部門自9月21日起開始受理電子台胞證的申請，同時停止簽發現行本式台胞證。
計算時間
簽證又分單簽和多簽。單簽即為一次簽證有效，多簽是指在有效期內多次簽證有效。台胞證的有效期均從證件簽發之日起計算，而且證件上面也明確註明了有效期的起止時間。而不是有些台胞所理解的，從他們進入大陸之日起計算台胞證的有效期。
辦理程式
辦理《台灣居民來往大陸通行證》
辦理依據
《中國公民往來台灣地區管理辦法》（1991年12月17日國務院令第93號發布，於1992年5月1日實施） 及相關規定
申請條件
居住在台灣的台灣居民
申請材料
①提交填寫完整並貼有本人正面免冠彩色近照（規格：33mm×48mm）的《台灣居民來往大陸通行證、簽注申請表》；
②提交申請人1張正面免冠彩色近照（規格：33mm×48mm）;
③交驗申請人台灣的身份證件和出入境證件，並提交複印件；
④因緊急事務申請辦理急件的，須由本人提交書面說明；
⑤受理機構認為需要提交的其他證明材料。
台灣居民申請台胞證應當接受受理機構有關詢問並填寫《台灣居民來往大陸通行證申請表》；提交符合《出入境證件相片照相指引》的照片；交驗本人有效的台灣地區身份證和台灣地區出入境證件。沒有身份證的，交驗戶籍謄本或戶口名簿。有關證件交驗原件，留存身份證或戶籍謄本（戶口名簿）的複印件或者電子掃描件。
父母雙方為台灣居民，本人在大陸出生，已取得台灣地區入台許可的，應當交驗申請人父母台灣居民來往大陸通行證、本人出生證明。
辦理程式
1、台灣居民從香港、澳門地區來大陸的，可以向外交部駐香港、澳門特派員公署領事部，香港、澳門中國旅行社申請。
2、台灣居民事先未在境外辦妥有效證件及簽注而來大陸的，可以向經授權的口岸公安機關出入境管理機構申請。
3、台灣居民從澳門地區參加短期團體旅遊珠江三角洲的，可以向授權的廣東省公安廳珠海簽證辦事處申請。
收費標準
一次有效，每證50元；5年有效，每證250元；
台灣居民來往大陸通行證，240元/本；
一次有效簽注，100元/枚；
加注，50元/項次；
證件加急，120元/本（加收）；
簽注加急，50元/枚（加收）。
辦理期限
一般為7個工作日，有正當緊急事由的可在3個工作日內辦結。口岸辦理一次有效證件不應超過30分鐘。 對同時申請辦理台灣居民來往大陸通行證及簽注的，應在7個工作日內辦結，急件3個工作日內辦結。申請辦理簽注的，應在2個工作日內辦結，急件1個工作日內辦結。
辦理單位
1、外交部駐香港、澳門特派員公署領事部，香港、澳門中國旅行社；
2、當地縣市級公安機關出入境管理部門。
3、海口、三亞、廈門、福州、上海、瀋陽、大連、成都、青島、武漢、廣州、北京、南京、杭州、深圳、桂林、重慶、長沙、昆明、西安、天津、寧波、濟南、哈爾濱、煙臺、徐州、鄭州、無錫、南寧、長春、鹽城、溫州、貴陽33個口岸公安機關出入境管理機構。
溫馨提示
（一）台灣居民短期來大陸，應當按照戶口管理規定，辦理住宿登記。
（二）公安機關出入境管理部門審核、簽發台灣居民來往大陸簽注、居留簽注，簽注有效期不超過台灣居民來往大陸通行證有效期限。
補發程式
補換髮五年有效台胞證
辦理依據
中國公民往來台灣地區管理辦法及相關規定
申請條件
1、台胞證有效期不足半年的；
2、簽注頁即將用完的；
3、遺失、被盜或者損毀的；
4、需要補發或者換髮的其他情形。
申請材料
提交填寫完整並貼有本人正面免冠彩色近照（規格33×48mm）的《台灣居民來往大陸通行證、簽注申請表》；
提交申請人1張二寸正面免冠彩色近照（規格：33 mm×48mm）；
提交有效的《台灣居民來往大陸通行證》原件及複印件；
因遺失、被盜原因申請補發台胞證的，應提交持證人聲明；
因證件損毀等申請換髮的，須提交台灣居民來往大陸通行證原件；
因證件遺失申請補辦的，須提交提交證件報失地公安機關出具的證明；
公安機關出入境管理部門認為需要提交的其他證明材料。
辦理程式
1、台灣居民從香港、澳門地區來大陸的，可以向外交部駐香港、澳門特派員公署領事部，香港、澳門中國旅行社申請；
2、台灣居民在大陸的，可以向授權的福建、上海、江蘇、北京、天津、重慶、浙江、廣東、四川、遼寧、山東、安徽、河南、湖北、湖南、廣西、海南、貴州、雲南、陝西20個省（市、區）公安機關出入境管理機構申請補換髮五年有效《台灣居民來往大陸通行證》。
收費標準
收費標準（單位：港幣）
①台灣居民來往大陸通行證，240元/本；
②一次有效簽注，100元/枚；
③加注，50元/項次；
④證件加急，120元/本（加收）；
⑤簽注加急，50元/枚（加收）；
⑥遺失補辦證件，480元/本；
⑦損毀換髮證件，480元/本。
收費標準（單位：人民幣）
1、一次有效台灣居民來往大陸通行證，50元/本；
2、換髮5年有效台灣居民來往大陸通行證，250元/本；
3、補辦5年有效台灣居民來往大陸通行證，500元/本。
收費依據
1、國家物價局、財政部《關於調整出入境證件收費標準的復函》（〔1993〕價費字164號）
2、公安部、財政部《關於公安出入境證照收費有關問題的通知》（公通字〔2000〕99號）
3、國家發展和改革委員會、財政部《關於內地公安機關辦理台灣居民來往大陸通行證收費標準及有關問題的通知》（發改價格〔2004〕334號）
辦理期限
對同時申請辦理台灣居民來往大陸通行證和簽注的，公安機關出入境管理部門自受理申請之日起，7個工作日內辦結，緊急申請3個工作日內辦結。簽注申請自受理之日起5個工作日內辦結，緊急的申請，1個工作日內辦結。
辦理單位
1、外交部駐香港、澳門特派員公署領事部，香港、澳門中國旅行社；
2、福建、上海、江蘇、北京、天津、重慶、浙江、廣東、四川、遼寧、山東、安徽、河南、湖北、湖南、廣西、海南、貴州、雲南、陝西20個省（市、區）公安機關出入境管理機構。
台灣居民在大陸的，目前可以向授權的北京、上海、天津、重慶、福建、浙江、江蘇省、直轄市公安機關出入境管理部門申請補發、換髮5年有效台灣居民來往大陸通行證和簽注；在其他省（區、市）的，可向當地公安機關出入境管理部門申請辦理一次有效台灣居民來往大陸通行證、簽注。
福建省福州、廈門市公安機關可通過代辦旅行社受理台灣金門、馬祖、澎湖地區居民5年有效台灣居民來往大陸通行證和簽注申請。
