設立背景
大陸改革開放後，漢語逐漸成為國際強勢語言，對中國文化感興趣的外國人也越來越多。大陸為了彰顯文化“軟實力”，於2004年在韓國首爾成立了海外第一所孔子學院。短短六年後孔子學院的數量已達282個，遍布全球88個國家和地區。孔子學院除有漢語教學的功能外，還肩負著中華文化的傳播任務。
與大陸的強勢擴張相比，台灣在海外的華文教育陣地卻日漸萎縮，越來越多的外國人轉學簡體字。2008年“大選”前夕，馬英九聲稱“若當選，將廣設‘台灣書院’，以抗衡孔子學院”。台大教授、兩岸統合學會理事長張亞中指出，馬英九此舉是不想讓中華文化的話語權被大陸壟斷，所以才急於成立“台灣書院”。而台灣孔子協會理事長孔維勤則表示，馬英九一向認為中華文化在台灣的繼承較完整，台灣才是中華文化的真正代表，籌建‘台灣學院’應是從復興正統的中華文化角度考慮的。
定位
台灣書院的定位是宣傳具有“台灣特色”的中華文化。在台灣當局領導人馬英九構想中，他希望讓外國人了解到，從傳統到創新，從巷弄到故宮，台灣是國際社會了解中華文化的好地點，“台灣書院就是他們入門的開端”。
2011年10月，台灣書院成立之際，馬英九推出的“文化白皮書”上清楚界定：“台灣是華人文化重鎮，舉凡儒教、佛學、禪宗、文學、建築、工藝、傳統民俗等，均得到較其他華文地區較為完整的保存與發揚。有系統地與歐美國家與地區合作設定‘台灣書院’，開設哲學、文學、藝術等相關課程。”
有人建議台灣書院這個名字不妥，應改為“中華書院”，“孔子”是代表中國文化的傳承，而“台灣”只是代表一個地方的名字，並且具有濃厚的政治色彩，包含政治對立性。台灣學者認為，當初取名“台灣書院”多少有點政治意圖，馬英九不想得罪島內的“本土派”。如果未來將其定位為一個以台灣“本土文化”為內涵的書院，它的生存空間便會很小。
台灣政治人物盛治仁認為，礙於經費、人員、據點的限制，“台灣書院”必須走向“小而美”規模，這是個現實問題。
規劃
台灣書院的運作初期擬定四年建設計畫，經費共36億元新台幣。其中，30億元新台幣是由台灣各“部門”的經費相互勻支。目前，書院的運作是由“文建會”整合“外交部”、“教育部”、“國科會”、“僑委會”等14個機關的現有資源共同推動而成 。
在具體規劃上，台灣書院不光推動中文，還將透過各項文藝特展、數字典藏、漢學研究等活動，“將台灣多元文化介紹給國際友人”。
方式上，書院會運用台灣信息及數字科技，整合華語文教學、台灣研究及漢學研究等。未來，書院將設定台灣獎助學金，整合“外交部”與“教育部”現有不同名目獎學金，經費約6億多元新台幣，只要來台灣的學生、學者都可申請。
美國洛杉磯“僑教中心主任”簡許邦表示，台灣書院與孔子學院完全不同。台灣書院教繁體字，孔子學院教簡體字。孔子學院直接撥款給合作的對象，台灣書院設立獎學金，與合作的學術教育單位簽約設立“聯絡點”，派出經過培訓的義工免費到小區去進行文化導覽。
據介紹，書院落地美國之後，台灣“文建會”將考慮在歐洲與亞太地區繼續設定台灣書院。“文建會”稱，台灣當局將另外增設8個海外文化中心。與台灣書院打造“廣、淺”的平台不同，這些文化中心以“窄、精”為特點，將協助文化交流活動。
籌建過程
2010年初，盛治仁轉任“文建會主委”後，“台灣書院”的籌建正式啟動。按台當局的規劃之前海外的“中華學校”未來都有可能轉型成“台灣書院”。
2010年年底，“文建會”選定在洛杉磯和休斯頓的“駐美代表處僑教中心”掛牌台灣書院，不料，書院成立儀式一拖再拖 。
2011年4月，台灣媒體曝料稱，台灣書院一直無法落實緣於美方沒有同意。“美國在台協會”(AIT)執行理事今年年初曾致函台當局，提出三項說明：強調組織、架構完整的語言教學不被美國視為“文化活動”；華語教學不能直接由“駐美代表處”人員處理；不能使用“駐美代表處”場地設施辦理，更不能收取費用。為了“突圍”，台當局一度以書法、茶藝、花藝等課程取代華語教學計畫 。
2011年10月14日，在醞釀三年後，由台灣當局資助成立的台灣書院在美國紐約、休斯敦、洛杉磯等三大城市揭幕成立 。馬英九夫人周美青、“駐美代表”袁健生、“文建會主委”盛治仁親自為設在紐約的台灣書院揭牌，現場邀來百名嘉賓觀禮。
2012年5月28日，台灣“文化部長”龍應台舉行“駐台使節”代表藝文茶會，她表示，除了已經在美國紐約、洛杉磯、休士頓成立的“台灣書院”之外，會再擴充 ，可作為海外文化據點，她理想中海外駐點是“台灣書院”與“外交部”文化組、原“文建會”文化中心三合一。這個概念和大陸推行的“孔子學院”不同，不是要去比較，要讓台灣文化進入到世界角落，成為當地主流社會想要去的地方。
相關質疑
1、質疑聲之一來自對推廣繁體字的憂心。台灣書院的五大職能中，前三項都是和“漢語教學”有關，後兩項為提供中華文化、教育及經社訊息、開展當代中國研究。由於近年中國崛起的中文熱，簡體字和漢語拼音已成為美國中文教學主流。所以台灣書院獨樹一幟地推動繁體字，實際成效不被外界看好。
2、另一方面的質疑是，台灣書院的組織迭床架屋。相比孔子學院由大陸“國家漢辦”主其事，多與國外大學合作設立，指揮操作相對單純。而台灣書院則標榜由14個機構“整合運作”，調子雖高，但官僚系統的合作表現並不令人樂觀。目前台灣書院的客觀困難是：人錢俱缺。以紐約台灣書院為例，名義上“文建會”、“教育部”、“僑委會”派駐人員“共管”書院，預算“共享”，但台灣書院在美實際運作由“文建會”主導，其還須兼管加拿大的其他機構，人力捉襟見肘，亟待補強。
3、當初馬英九提出“台灣書院”時，一些學者便擔憂地表示，“台灣書院”可能會異化為滋生“文化台獨”的溫床。張亞中表示，未來“台灣書院”應避免向“文化台獨”方向的異化。“台灣書院”不能過於強調“台灣特色”，而忽視了兩岸許多共同的文化傳統。
