現代，關於南少林的研究，在南少林的發源地福州，被一批有識之士重新提到桌面。古城泉州早在80年代初，藉助武術熱的興起，搞起了泉州南少林研究，並在東禪寺掛匾確認。1988年，歷史上被尊為南少林祖地的莆田，開始著手南少林的查證工作，並成立南少林研究會。1991年，莆田對外宣布林泉院南少林遺址，一時間倍受到武林界關注。 十年過去，由林泉院遺址引發的南少林熱至今仍眾說紛紜。而隨後93年出現的福清少林說，更使人有目不暇接的感受。
三種說法 1.泉州說 海上絲綢之路的起點古城泉州，歷史悠久。泉州武術淵源流長。明史中就有：“溫陵棍棒手撲妙絕天下”的記載。 泉州南少林最早見於《萬年青》“白眉道人奉旨大破少林寺”。清末成書《少林拳術秘訣》稱：“斯時國內有兩少林，一在中州，一在閩中”。唐豪考證認為：此“閩中”少林即泉州少林，從而奠定了泉州南少林的地位。然而，泉州南少林的具體地點在何處呢？早期看法認為：泉州東禪院即南少林。理由是：清鹹豐丙辰(1856)年間，東禪寺主持幻空曾手書“少林古蹟”山門匾額，稍後又出現過“欽賜東禪少林寺”供案。泉州歷史學會陳泗東據此認為：“東禪寺有兩個名稱，一是正式的，名為鎮國東禪寺，......另一個是俗稱，叫少林寺。”(見陳泗東《泉州少林史跡考》)東禪寺即南少林的說法在武術界產生了很大影響。
2.莆田說 最早見於蕭一山《近代秘密社會史料》，稱“少林寺在福州府福田縣九連山”。日本人平山周的《中國秘密社會史》則稱“少林寺在福州府浦田縣九連山”。後人認為“福田”“浦田”均為莆田的誤傳。而《洪門歷史》、《清稗類抄》則直指南少林在莆田縣九連山，從而形成“莆田南少林”之說。現代一些史學著作如范文瀾《中國通史》、李方晨《中國近代史》均沿用此說。 上述史料將南少林指向莆田“九連山”，唐豪從這點下手，確認莆田並無九連山地名，進而否定“莆田南少林”之說。1987年，莆田縣體委在武術挖掘和文物普查中，在西天尾鎮林山村發現一批與南少林有關的文物古蹟，隨即組成南少林遺址調查組，經過兩年的工作，在省考古隊及有關專家的配合下，確認莆田市西天尾鎮林山村“林泉院”遺址為南少林寺。1989年，在福建省武協年會上正式披露，引起強烈反響。1991年9月14―16日，來自歷史、考古、宗教、武術各領域的專家學者五十餘人云集莆田，召開歷時三天的“南少林遺址論證會”，會上聽取了省考古隊長林公務《莆田林泉院遺址的考古挖掘及其初步認識》和省武協顧問方金輝《論莆田林泉院即南少林遺址》的主題報告，專家經過聽取報告、實地勘察、調查訪問，本著求同存異的精神，形成了對莆田南少林的初步共識，即基本判定林泉院即武術界通稱的閩中少林，也就是南少林。１９９２年４月５日在北京人民大會堂舉行新聞發布會，海內外報刊電訊紛紛報導，新加坡、菲律賓、馬來西亞、日本以及台灣、香港等５０多個海外代表團前往尋根拜祖。１９９７年春，全國佛教協會會長趙初先生親自為莆田“南少林寺”題字。 構成莆田南少林的主要成果主要成果是考古發現。林泉院建於唐貞觀年間，總面積2萬平方米以上。遺址中發現的兩個石槽，一口在槽沿上刻有“當院僧兵永其佳其共造石槽一口”字樣。另一口上有“諸羅漢浴煎茶散”字樣。“僧兵”一詞在歷史上為少林寺專有，而“諸羅漢浴煎茶散”是療傷用藥。這些均表明昔日寺院武風極盛。
3.福清說 1993年7月13日，《福建僑報》率先發表《福清也有少林寺》一文，由此引出福建省境內的第三座少林寺―福清少林寺。 福清少林寺坐落在福清市東張鎮新寧里肖林村。肖林村原名少林，《八閩通志》、《三山志》、《福州府志》等均有福清少林寺的記載。流傳於福清民間的《請神薄》上有“少林寺伽藍”之名。少林寺遺址位於新寧里彌勒山南坡，寺院依山而建，有八座層次分明的平坦地台，第二殿右側有馬廄、練功場、少林僧人墓葬等遺蹟。寺前約400米的石板橋有刻著“少林院沙門謹募眾緣，共發心德，舍造下洋石橋一間”條石一塊，可作為福清少林寺的佐證。1993年，福建省武協派人對福清少林進行考察，並結合文獻記載，認定福清少林寺確實存在，其依據有五： 1.福清少林寺於清乾隆以後消失，與傳說中康熙年間毀少林之事吻合。 2.福州府無福田縣，仰為福清縣之謬。 3.福清地屬福州府，地理位置恰為閩中，與《少林拳術秘訣》中南少林在“閩中”相符。 4.福清古代亦有武僧，《後村大會集》中“得法於鐵鞭韶”的德誠和尚，便是福清高僧。 5.莆田無九連山，福清少林遺址坐落在與永泰、莆田交界處的九連山脈，極有可能是“真正”的“南少林”。 近年來，福清市組織文史工作者通過大量艱苦細緻的調查考證，撰寫出詳盡的《福清也發現少林寺遺址》的調查報告，引起國內外武術界、學術界的極大興趣。 一個福建省，三座少林寺，使得國內外眾多關注南少林研究的人士無所適從。南少林究竟有幾個？是一個還是多個？這個嚴肅的學術問題，還需要進一步通過文物、史料作進一步的挖掘考證，通過努力，相信人們最終將揭開“南少林”的神秘面紗，恢復其歷史的本來面目。
後記： 1.福建省莆田縣西天尾鎮林山村“南少林遺址開發”，2000年被列為蒲田重點對外招商引資項目。建設規模與內容：重建南少林寺中的殿堂樓閣、亭等遺蹟36處，新建武術館一座4500平方米；開發觀光農業果園2000畝；興建避暑山莊60幢。其一期工程由省古建築設計院設計，總投資近億元。為此修建了從福廈國道至南少林長3公里，寬30米的水泥主幹道和長11公里，寬7米的盤山水泥公路。其南林大牌樓、寺區小牌樓、大雄寶殿、天王殿、鐘鼓樓、長廊、休舍、放生池、山門、護寺河、護寺橋、停車場、管理房等近二十個主要項目於1998年12月8日竣工並正式對外開放。據悉二期建設目前正全面鋪開，擬議規劃建設擴大至13個景區25個景點，計畫總投入資金達3.6億元,預計2-3年建成。 2.1999年7月28日，福建省福清市《南少林風景區規劃》建設方案通過評審。建成後的風景區將由寺廟景觀區、靜心湖景觀區等五部分組成，其中寺廟景觀區包括少林寺舊址、寺廟及少林史館。少林寺舊址按原樣保留，寺廟建築主要有天王殿、大雄寶殿、藏金閣和達摩殿等，史館內主要陳列少林寺的遺蹟。據預測，建成後的南少林風景區日旅遊規模可達兩三千人。
