下設機構
南京農業大學農業資源與生態環境研究所目前設有土壤生物地球化學實驗室、土氣交換與溫室氣體實驗室、土壤生物與生態實驗室、灘涂與海洋農業工程中心、土壤資源遙感與GIS套用實驗室、農業環境保護與環境質量實驗室等專業研究實驗室。
主要任務
該研究所的創始人是我國著名土壤和生態學家黃瑞采教授、土壤和農業資源學家朱克貴教授、徐盛榮教授。該所依託於南京農業大學以生命科學為主體的農業科學基礎與優勢，立足我國南方，面向農業資源利用與生態建設和環境保護的需求，研究我國農業發展中農業資源利用、保護、生態建設等基本問題，探索農業資源可持續利用、生態協調發展和環境保護的途徑和技術，著力構建以地球科學與生命交叉、以資源永續利用和生態環境效應研究為特色的學科團隊，努力提高科研創新能力與人才培養質量，並成為我國尤其是南方及沿海發達地區農業業資源利用與生態環境管理的知識創新基地和高層次人才培養基地。
科研領域
近年來，該所的主要科學研究領域是
（1）農業環境污染與農產品食物安全；
（2）農田土壤物質循環與環境效應；
（3）農業資源利用與生態建設等主要方面。
近5年來，以地球系統科學為指導，引入地球生物學的新思路，主攻碳氮循環與全球變化，農田重金屬污染與食物安全風險、灘涂資源利用與海洋農業等新興和前沿領域的研究，著重研究農業系統中生命元素生物地球化學循環、土壤質量與生態環境功能演變、水分的植物高效利用與新型農業調節，水稻重金屬吸收積累特點及其基因型差異等熱點問題。
目前正在深入進行：
（1）農田土壤C、N循環過程與機理；
（2）農田溫室氣體排放及其生態系統模型構建；
（3）灘涂土水資源與特色海洋生物生產；
（4）水稻Cd吸收的土壤-基因相互作用及其子粒食用安全風除等農業與環境問題的前沿研究，特別是結合現代分子生物學、分子生態等領域的發展，向碳循環與全球變化的生態系統模擬，土壤質量與功能的分子機理與生態印跡，水稻重金屬吸收與分配的基因控制與環境控制、耐鹽與逆境分子機理、農田養分非平衡下的微生物生態及微生境變異與生態功能變化等前沿方向發展。其中，在農田土壤C-N循環、農田溫室氣體排放與全球變化的研究領域的研究受到國際科學界的關注，甲烷排放模型及估計參數被IPCC引用，水稻土固定研究被邀在第18屆世界土壤學大會的碳固定與保護專場作特邀報告，參編和審核IPCC第四次全球氣候變化緩解潛力的評估報告。並於2002年和2003年先後主辦農業非點源污染、農田土壤碳動態等國際會議2次，主持香山會議1次。
科研力量
該所具有農業資源利用一級學科和生態學、農業水土工程二級學科的博士後、博士和碩士的培養和學位授予權，同時在環境科學、遙感和GIS、海洋生物學等學科培養碩士研究生。優秀研究生的待遇優厚，並有各類獎學金、優秀論文獎和成果獎勵，工作條件居國內先進水平。
