職責調整
（一）將原市交通局的職責，原市港口管理局的職責，原市市政公用局城市客運管理的職責，原市經濟委員會全市春節運輸組織協調職責，原市口岸委員會長江岸線資源管理協調等職責，以及軌道交通運營管理、航空運輸、鐵路運輸產業管理職責，整合劃入市交通運輸局。轉變職能，積極培育發揮市場和社會中介組織作用，不斷推進事務性工作向企業和社會中介組織的轉移。
（二）取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
（三）取消公路養路費、航道養護費、公路運輸管理費、公路客貨運附加費、水路運輸管理費、水路客貨運附加費等六項交通規費的管理職責。
（四）加強綜合交通運輸體系的規劃協調職責，最佳化交通運輸布局，推進交通影響評估，促進各種交通運輸方式相互銜接，加快形成便捷、通暢、高效、安全的綜合運輸體系。
（五）加強統籌區域和城鄉交通運輸協調發展職責，優先發展公共運輸，大力發展農村交通，加快推進區域和城鄉交通運輸一體化。
（六）加強交通安全生產監管和指導應急處置職責。
（七）加強全市公路、港口、航道、地方鐵路、民用機場等交通工程建設監督管理職責。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關交通運輸的方針政策、法律法規，組織起草全市交通運輸法規、規章草案，擬定全市交通運輸行業發展戰略、規劃並組織實施；指導全市交通運輸行業體制改革工作。
（二）組織編制全市綜合運輸體系規劃，組織擬訂並監督實施公路、港口、航道、地方鐵路、民用航空和交通運輸領域物流發展等行業規劃。制訂全市客運發展規劃，參與全市客運有關設施的規劃，參與指導交通運輸樞紐規劃。會同有關部門編制交通運輸固定資產投資計畫。負責交通運輸行業統計和信息發布工作。
（三）組織、協調和管理國家、省、市重點和大中型交通工程建設。負責全市公路、水路交通運輸基礎設施建設和維護的行業管理。負責全市岸線、陸域、水域的統一管理工作。
（四）承擔全市道路、水路運輸市場監管責任。負責全市客運管理及出租汽車行業管理工作。指導交通運輸樞紐管理工作。擬定有關交通運輸領域物流發展政策和標準並監督實施。
（五）指導全市路政、運政、航政、港政等行政執法工作。負責本市除長江以外通航水域的水上安全監督、內河救助打撈工作。負責船舶修造、船舶檢驗和船舶防污監督管理工作。
（六）擬定全市交通運輸行業投融資政策和規費政策並監督實施，提出有關財政、土地、價格等政策建議。參與協調交通運輸建設資金籌集，提出交通運輸專項資金安排建議，負責交通運輸預算資金的申請、撥付和監管。負責交通運輸投資等方面內部審計的指導和組織實施工作。
（七）擬定全市交通運輸行業科技與信息化政策、規劃和規範並組織實施，組織重大交通運輸科技項目攻關。指導協調交通運輸行業信息化項目的建設與管理並組織實施。指導並監督交通運輸行業質量、技術、環保和節能、減排工作。
（八）負責全市車輛維修市場、機動車駕駛學校及駕駛員培訓、車輛綜合性能檢測站及車站、經營性停車場的行業管理。
（九）負責全市交通運輸行業安全生產的監督管理。承擔並指導交通運輸行業應急處置工作。組織實施重點物資運輸和緊急運輸。
（十）參與全市地方鐵路協調管理工作。組織引導全市航空產業發展，依法對民用機場、航空企事業單位實施監督管理。承辦市國防動員委員會交通戰備辦公室工作。
（十一）指導全市交通運輸行業隊伍建設和精神文明建設。指導交通運輸行業利用外資和國際交流合作工作。
（十二）承辦市委、市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市交通運輸局設9個內設機構。
（一）辦公室
承擔局機關日常工作協調；承擔系統黨的路線方針政策的宣傳學習、理論研討和思想政治工作；承擔機關文電、會務、機要、檔案、接待及督辦工作；承擔綜合性文稿的起草、安全保密、信訪、維穩和人大建議、政協提案的辦理工作；承擔系統新聞宣傳、輿情信息工作；承擔系統文明創建工作；承擔系統幹部職工的學習培訓和職業道德教育工作；承擔系統職業技能和職業資格的管理工作；承擔交通政工教育研究會工作；承擔聯繫局屬學校有關工作。負責系統對外交流合作等外事工作。
（二）組織人事處
承擔系統黨的組織建設和黨員管理工作；承擔機關幹部隊伍和直屬單位局管幹部隊伍建設工作；指導並監督直屬單位的幹部人事工作；承擔機關和直屬單位的機構編制、人事管理工作；承擔系統各類專業技術職稱評審和專業技術職務聘任工作；承擔機關和直屬單位人才隊伍建設工作；承擔系統統戰、對台、僑務工作；承擔機關和直屬單位人員出國（境）的政審和報批工作；負責局團委工作。
（三）政策法規處
承擔交通運輸行業地方性法規、規章的規劃和起草工作；承擔交通運輸行業重要文書審核、政策研究與備案工作；承擔交通運輸行業行政執法、行政複議、執法監督和執法檢查工作；承擔交通運輸各類行政執法的協調管理工作；承擔法制宣傳教育工作；承擔局行政訴訟案件、行政賠償事務等涉法工作；承擔聯繫行業協會、社團工作。
（四）綜合規劃處
承擔全市綜合運輸體系規劃編制的組織協調工作；承擔全市交通運輸行業發展戰略和有關計畫的組織編制工作；承擔交通建設綜合工作，維護交通建設市場平等競爭秩序；承擔組織協調和實施國家、省、市重點和大中型交通工程建設項目；承擔重大交通基礎設施建設項目的前期工作、設計審查和後期評價、竣工驗收工作；承擔全市岸線資源開發利用的總體規劃工作；承擔研究城市交通影響評估工作；承擔交通運輸行業統計、預測、信息引導工作；承擔交通運輸行業環境保護、扶貧開發等工作。
（五）財務處
承擔交通運輸行業有關財務會計規章制度的指導和組織實施工作；承擔交通建設有關資金的融通、統籌、調度等組織協調和推進落實工作；承擔有關交通資金的撥付和使用監督工作；承擔交通經費、預決算、外匯、信貸以及利用外資等有關財務的管理工作；負責交通運輸行業規費徵收管理工作；承擔機關和直屬單位財務及資產管理工作。
（六）安全科技處（交通應急辦公室）
承擔組織擬定並監督實施公路、水路安全生產政策和應急預案；負責公路、水路運輸安全生產綜合監督；指導監督系統應急處置和安全監管工作；承擔組織或參與有關事故調查處理工作；承擔組織擬訂全市交通運輸行業科技發展規劃和計畫工作；承擔組織實施重大科技項目攻關、技術引進、創新開發和重大科技成果的鑑定、推廣、套用和管理工作；承擔研究推進智慧型交通建設和管理工作；承擔指導並監督交通運輸行業質量、技術、節能、減排、通信信息和抗震防災工作；承擔組織協調交通運輸基礎設施險情搶修和緊急客貨運輸工作。
（七）貨運發展處（鐵路航空產業辦公室）
承擔擬訂全市貨物運輸和交通運輸領域物流業發展的規劃和政策；承擔交通運輸領域物流市場培育、監督管理和服務工作；承擔最佳化調整交通運輸物流經濟結構和經濟布局工作；承擔交通運輸行業外向型經濟、地區橫向經濟協作和對外交流合作等工作；參與全市現代物流業發展的組織協調工作；承擔全市地方鐵路運輸、地方航空運輸的產業協調發展和有關監督管理工作。
（八）港航發展處
承擔全市水運發展的業務指導工作；承擔組織編制全市水運業和南京港口發展戰略、規劃、計畫工作；承擔全市岸線資源的開發、利用和保護等有關管理協調工作；承擔擬定港航運輸發展相關政策和有關管理規定並監督實施；負責港口水運建設市場綜合管理及港口公用基礎設施的建設，負責港口建設與經營行政許可審批工作；承擔港航信息的匯總、統計和管理工作。
（九）公共運輸處
承擔組織編制全市客運交通發展規劃、研究全市客運交通發展戰略工作；承擔指導監督全市客運交通事業年度經營計畫的制訂和實施工作；承擔全市客運交通行業生產、安全供應、經營服務單位的資質審查、發證和業務指導工作；承擔全市客運交通的行業管理工作；承擔全市軌道交通的運營管理工作；承擔各種交通運輸方式有效銜接的協調管理工作。
市國防動員委員會交通戰備辦公室負責國防交通戰備動員工作。
機關黨委負責機關黨群工作；負責交通運輸行業作風建設工作。
離退休幹部處負責機關離退休幹部工作，指導系統離退休幹部工作。
交通運輸工會依照工會法開展工作。
另按有關規定設定紀檢監察機構（審計處與其合署）。
人員編制
市交通運輸局機關行政編制為96名（含離退休幹部服務人員編制5名）。後勤服務人員編制另行核定。
領導職數：局長1名，書記1名，副局長、副書記4名、總工程師1名。正副處長（主任）29名，其中：正處長（主任）13名（含機關黨委專職副書記1名，交通戰備辦公室副主任1名），副處長（副主任）16名。
領導班子
王磊 局長
陳雷書記，女：主持局黨委、行政全面工作
李顏平 副局長， 分管：綜合規劃處，市公路管理處(市公路路政支隊)、市公路建設處、市交通工程質量監督站
羅虹 副書記、紀委書記，女：協助負責交通運輸系統黨建、精神文明建設；負責交通運輸系統黨風、政風、行風、作風、廉政建設和宣傳教育工作，負責機關黨建、離退休幹部管理和群團工作，負責交通行業與產業招投標活動管理。
分管：紀委(監察室、審計處)、組織人事處(團委)、機關黨委、離退休幹部處、交通運輸工會，市交通招標投標辦公室。
喬海濱 副局長，男：根據市委安排，兼任市捷運指揮部領導職務。負責局部分重點路橋項目和由市交通運輸局代建的軌道交通項目建設，負責交通運輸法制等工作。
分管：政策法規處，南京交通主樞紐南站工程建設指揮部、市交通運輸局代建捷運項目指揮部。
張小琴
副局長，女：負責全市水運業和南京港口發展戰略、規劃、計畫的組織編制，負責全市岸線資源的開發、利用和保護的管理協調，負責港口水運建設市場綜合管理和港口公用基礎設施建設，負責全市內河交通安全監督、救助打撈、船舶修造、檢驗和防污染工作，負責交通財務等工作。
分管：財務處、港航發展處，市地方海事局(市船舶檢驗局)、市航運管理處(市港政管理處)，市交通規費徵收處。
吳紅兵
副局長，男：負責全市公共運輸、道路運輸行業管理，負責軌道交通的運營管理和各種運輸方式銜接的協調管理，負責汽車維修和駕駛員培訓管理等工作。
分管：公共運輸處，市公路運輸管理處(市交通運輸局運政稽查支隊)、市客運交通管理處、市汽車維修行業管理處(市汽車駕駛員培訓管理處)。
鄭春發
副局長，男：負責全市交通運輸領域物流業市場監督管理，負責全市地方鐵路、地方航空運輸的產業協調發展和監督管理，負責交通運輸科技、信息化和職業教育等工作。
分管：貨運發展處、安全科技處(科技部分)，市交通高級技工學校、市交通信息中心。
鄭永亮
巡視員，男：負責全市公路、水路運輸安全生產監督管理和安全應急保障，負責交通運輸系統抗震防災工作；負責全市國防交通戰備動員、戰備運輸保障和雙擁等工作。
分管：安全科技處(交通應急辦公室)、交通戰備辦公室。
遲陸軍
副巡視員，男：負責全市交通航道建設、養護和管理，負責對口支援和鄉鎮幫促，負責交通協會、學會、中心城市改革與發展研討會等工作。
分管：市航道管理處，聯繫交通運輸各行業協會、學會。
徐衛國
副巡視員，男：負責交通運輸系統對外宣傳工作；負責信訪、維穩和社會治安綜合治理、交通運輸行業愛國衛生，負責板橋汽渡運營和安全管理和南京交通大廈管理等工作，負責交通改制企業相關工作。
分管：局辦公室，交通大廈物業管理中心，市板橋汽渡管理處；聯繫改制企業。
其他事項
（一）根據法律法規和規章授權或委託市交通運輸局所屬部分事業單位承擔部分行政管理職能。
（二）綜合運輸體系規劃方面的職責分工。由市交通運輸局牽頭，會同市發展和改革委員會等部門建立綜合運輸體系協調配合機制。市交通運輸局會同有關部門組織編制綜合運輸體系規劃。市發展和改革委員會負責綜合運輸體系規劃與我市經濟和社會發展規劃的銜接平衡。
（三）城市軌道交通方面的職責分工。市交通運輸局負責城市軌道交通的運營管理；市住房和城鄉建設委員會指導城市軌道交通的建設。
（四）河道采砂管理的職責分工。長江河道采砂管理按《長江河道采砂管理條例》的規定執行。其他河道采砂管理的職責分工：市交通運輸局對河道采砂影響通航安全暢通負責；市水利局對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定、堤防安全負責；市國土資源局對保障河道內砂石資源合理開發利用負責。由市水利局牽頭，會同市國土資源局、市交通運輸局等部門，負責河道采砂監督管理工作，統一編制河道采砂規劃和計畫。河道采砂的水上執法監管，要充分發揮交通運輸部門執法機構的作用。
（五）市交通運輸局所屬其他事業單位機構編制事項另行規定。
