戰役背景
•日本大本營的成立及進攻南京的決策
淞滬會戰末期，日軍從杭州灣登入，對上海進行翼側包圍。中國第三戰區為避免上海作戰部隊兩面受敵和為鞏固首都，下令該地中國軍隊向南京外圍既設陣地轉移。日軍於1937年11月12日占領上海，即乘勝西進，企圖一舉攻占南京，以迫使中國政府屈服。
“七七”事變中日戰爭開始以來，英、美等國雖然並未對中國的抗戰進行實際的支援，但相互的貿易仍在進行，特別是德國仍與中國進行軍火貿易，蘇聯在簽訂《中蘇互不侵犯條約》後更積極支援中國武器裝備等。1937年11月初，日本在內閣中成立了一個第四委員會，專門研究是否宣戰的問題。最後結論是“宣戰對日本方面不利”，決定仍維持不宣而戰的局面。
由於戰局的不斷擴大並有向長期化發展的可能，11月16日內閣會議決定：廢除只適用於戰時的《戰時大本營令》，重新制訂一個既適用於戰時，也適用於“事變之際，按期需要可得設定大本營”的《大本營令》，規定“陸、海軍大臣既作為國務大臣參加內閣，又作為統帥部之一員置身大本營，負責兩者之間的緊密聯繫”。1937年11月18日，以軍令第1號命令公布了《大本營令》。大本營於20日設定完畢。11月24日召開了第一次大本營御前會議，通過了對中國的作戰計畫預案。
日軍攻占上海後，由於第10軍並未遭到中國軍隊的堅強抗擊，部隊傷亡甚少，於是乘勝西進，不願遵守參謀本部所規定的作戰地域限制線，於11月15日夜決定“以軍主力獨立果斷地向南京追擊”。當參謀本部致電令其停止前進時，“華中方面軍”向大本營提出意見，強烈要求“攻占南京”。
對侵華日軍當局與大本營存在的這一矛盾，大本營終於屈服於侵華日軍當局的意圖，11月24日以“大陸第5號”命令“廢除以‘臨命’第600號指示的華中方面軍作戰地境”界限，並預告“華中方面軍”參謀長：“本部有堅強決心攻占南京。”“華中方面”軍當日即制定了《第二期作戰計畫大綱》，進行攻占南京的準備。12月1日，大本營正式下達“大陸第8號”命令，命“華中方面軍司令官與海軍協同，攻占敵國首都南京”，同時下達了“華中方面軍”戰鬥序列令。2日，免去松井石根大將在“上海派遣軍”的兼職，任命朝香宮鳩彥王中將繼任“上海派遣軍”司令官。
•中國政府對南京地區的抗戰準備
中國軍隊（中央軍校教導總隊）1932年1月28日發生的上海事變促使國民政府在開始擬 制國防計畫的同時考慮首都的防守問題。參謀本部判斷，一旦中日戰爭再度在滬爆發，日軍必將在其航空兵掩護下，以陸軍沿京滬鐵路、海軍溯長江向南京進攻。1932年12月，在參謀本部內成立了城塞組，由參謀次長賀耀祖兼任主任，在德國顧問指導下，開始整修長江沿岸的江陰、鎮江、江寧等各要塞，並準備在南京以東構築國防工事。但由於當時國民政府主要致力於“安內”，所以隨著《淞滬停戰協定》的生效，擬訂的防禦計畫未能貫徹執行，擬築的國防工事未能完成。
國軍防守圖1935年夏，華北事變發生，接著又出現一場使華北脫離中央 的所謂“華北自治運動”，使國民政府對日本的蠶食侵略政策有了深一步的認識，開始積極地進行抗戰的準備工作。1936年2月令張治中負責在京滬間主要防禦方向上構築了吳福線和錫澄線兩道國防工事線，組成南京外衛線防禦陣地。在南京地區，則構築了外圍和復廓兩道陣地：沿大勝關、牛首山、方山、淳化鎮、青龍山、棲霞山至烏龍山要塞之線為內衛線的外圍陣地；以南京城垣為內廓，環城以雨花台、孝陵衛、紫金山至幕府山要塞炮台之線為外廓。以上構成復廓陣地。在城內北極閣、清涼山等高地則築成堅固的核心據點。
當淞滬戰場日軍大批增援部隊由張華浜、川沙強行登入後，面對日軍由守勢作戰轉為強大攻勢作戰的情況，中國大本營不得不認真考慮首都的防禦問題。9月2日，一方面責成軍事委員會執行部與南京警備司令部迅速修整南京地區工事及制訂防禦計畫；一方面責成第三戰區派軍修整、加強吳福線、錫澄線工事，以備淞滬作戰部隊在“萬不得已時，則退守後方既設陣地，作韌強之抵抗”，以“鞏固首都”。
日軍在杭州灣登入後，統帥部感到事態嚴重，開始重視南京的防守問題。11月中旬，蔣介石在南京連續召開了三次高級幕僚會議。次日晚的第三次會議上蔣介石明確表示同意唐生智的建議，決定“短期固守”，預期守1至2個月。固守南京的方針確定之後，統帥部採取了一系列的戰略、戰役措施。11月20日，唐生智發布戒嚴令，南京地區進入戰時狀態。
參戰部隊
中國方面
南京衛戍司令長官：唐生智中國軍隊參加南京保衛戰的總兵力約15萬左右，剛從上海前線撤退下來的第36師、第87師和第88師，加上從他處抽調來的10個師，總共13個師，再加上由軍事學院學生組成的教導總隊（總計1萬2千餘人）、憲兵部隊、江寧要塞部隊，滿編將有18萬人左右，然而除去第10軍的第41師及第48師是漢口開來的增援部隊，其餘均是由上海戰場撤出，受創整補中的殘部。因此實際上沒有滿編，按唐生智統計約有8萬人，其中新兵就占3萬人。
具體參戰部隊及主要將領如下（11月16日發布）：
南京衛戍司令長官：唐生智；副司令：羅卓英、劉興
第2軍團軍團長（第41、第48師）：徐源泉
第66軍軍長（第159、第160師）：葉肇
第71軍軍長（第87師）：王敬久
第72軍軍長（第88師）：孫元良
第74軍軍長（第51、第58師）：俞濟時
第78軍軍長（第36師）：宋希濂
教導總隊總隊長（3個旅）：桂永清
第103師師長：何知重
第112師師長：霍守義
憲兵部隊憲兵司令（4個團）：蕭山令
此外，還有江寧要塞部隊、炮兵部隊、特務隊等。
日本方面
12月1日，日本大本營下達新的戰鬥序列。日本軍 隊由華中方面軍任主力，主要由上海派遣軍和第十軍構成。此外，還有通信部隊、鐵道部隊、航空部隊、工兵部隊、兵站部隊等。
華中方面軍司令官：陸軍大將松井石根
上海派遣軍司令官：陸軍中將朝香宮鳩彥王
第三師團先遣隊聯隊長：陸軍大佐鷹森孝
第九師團師團長：陸軍中將吉住良輔
第十六師團師團長：陸軍中將中島今朝吾
山田支隊（第十三師團一部）歩兵第百三旅團長：陸軍少將山田栴二
第十軍司令官：陸軍中將柳川平助
日軍攻占南京指揮系統表，1937年11月—12月第六師團師團長：陸 軍中將谷壽夫
第十八師團師團長：陸軍中將牛島貞雄
第一百一十四師團師團長：陸軍中將末松茂治
國崎支隊（第五師團歩兵第九旅團）支隊長：陸軍少將國崎登
戰役過程
•日軍開始進攻
參戰的中國軍隊序列民國二十六年（1937年）12月1日，日軍攻占江陰要塞；是日，日本參謀本部據松井石根的要求，下達大陸令第八號：“華中方面軍司令官須與海軍協同，攻占敵國首都南京”。
日軍第10軍遵照方面軍的命令，部署第114師團沿溧陽、溧水公路向南京南部方向攻擊前進；第6師團沿廣德、洪蘭埠公路，在第114師團後，也向南京南部方向攻擊前進；國崎支隊沿廣德、郎溪公路進占太平（當塗），爾後渡江迂迴至浦口附近，切斷南京守軍北退之路；第18師團經宣城向蕪湖進攻，切斷南京守軍西退之路。
南京保衛戰作戰經過要圖，1937年12月1日—13日從12月3日至6日，經過4天的戰鬥，日軍正面的第18師團、第9師團突破守軍第83軍及第66軍的警戒、前進陣地，占領了句容，進至句容以西的黃梅、土橋及湖熟鎮一帶，並有一部兵力由右翼深入到孟塘、大胡山附近；第114師團突破了守軍第72軍及第7 4軍的警戒、前進陣地，占領了溧水，進至溧水以北之秣陵關、陸朗鎮及江寧鎮一帶。這時，日軍右翼的天谷支隊和第13師團正向鎮江、靖江進攻中，左翼的第6師團正向秣陵關前進中，國崎支隊和第18師團正向當塗、宣城進攻中。
12月6日下午，南京衛戍司令長官部發現日軍迫近第一線陣地，其第16師團一部已滲入至湯山鎮左側後的胡塘、大胡山附近，急令第36師速派1個步兵團進占麒麟門附近陣地，以掩護第66軍側背，並阻止該敵繼續滲入；令在鎮江的第71軍、在鎮江及東昌街一帶的第83軍迅速向南京轉移，以增強南京的防守力量；規定第71軍轉移後，鎮江要塞由第103師代師長戴之奇指揮；同時令第2軍團（第10軍）剛剛抵達南京棲霞山附近的第41師推進至龍潭、烏鴉山地區，以掩護第71軍及第83軍轉進，並保持與鎮江的聯繫。由於南京已成圍城，即將變為戰場，蔣介石於當晚召集少將以上軍官開會，於7日晨5時45分乘飛機離開南京，飛赴江西，轉武漢統帥部。
12月7日，日“華中方面軍”下令，於當日開始向南京外圍第一線防禦陣地進攻；突破該陣地後，繼續向南京城復廓陣地攻擊；集中到達戰場的全部炮兵火力，用以摧毀並奪取城垣，松井石根司令官從空中投函唐生智勸降。唐生智不予理睬，繼續命令各部隊“應以與陣地共存亡之決心盡力固守，決不許輕棄寸土。”。規定“上海派遣軍”負責攻擊東北面的中山門、太平門、和平門 ，第10軍負責攻擊西南面的共和門 、中華門、水西門。城內兩軍作戰地境分界線為共和門—公園路—中正街—漢中路。
12月7日，日軍在炮兵及航空兵強大火力支援下開始向第一線主陣地帶發起全面猛攻。南京衛戍司令長官部將從鎮江剛剛撤回的第71軍控置於第74軍和第66軍結合部後方的高橋門一帶，同時令第66軍以一部兵力從湯山鎮由南向北、第41師以一部兵力從射烏龍山由北向南、第36師預備2團配屬戰車連（欠1排）從麒麟門由西向東，對突入胡塘、大胡山附近之敵實施合擊。但由於日軍後續部隊已從突破口投入戰鬥，第66軍湯山鎮陣地和第41師棲霞山陣地均遭日軍猛烈攻擊，因而三面合擊的企圖無法實現，轉以第36師的預備2團在東流以西、以南一帶抗擊已占領復興橋日軍的進攻。
12月8日，原在湖州地區的日軍第6師團亦以強行軍趕至秣陵鎮以西地區，在第114師團左翼展開，參加了進攻南京外圍陣地的作戰。南京外圍第一線陣地經過兩日一夜的激烈戰鬥，各主要防禦地段上的工事多已被日軍炮兵及航空兵火力摧毀，守軍傷亡慘重，如第51師防守淳化鎮的第301團的代團長紀鴻儒身負重傷，連長傷亡9名，排以下傷亡1400餘人，已完全喪失了戰鬥力。當日下午，日軍在坦克引導下先後攻占了湯山鎮、淳化鎮等重要據點。與此同時，日軍右翼第13師團的第26旅團沼田支隊已擊退第57軍的第111師，占領靖江，天谷支隊已攻入鎮江，日軍左翼國崎支隊已進至當塗附近，第18師團攻占宣城後正向蕪湖前進中。
南京衛戍司令長官部鑒於上述情況，為集中兵力固守南京，一方面下令命第一線陣地守軍退守復廓陣地；一方面命鎮江的第103師、第112師及其附近的第82軍迅速撤至南京。8日下午，第2軍團的第48師已運抵南京，第83軍的第156師也撤至南京，其第154師仍在撤退途中。16時，南京衛戍司令長官部下達了“衛參作字第28號”命令，對復廓陣地的防守進行部署。同時還令憲兵教導2團防守水西門至漢中門城垣陣地及城外上新河河堤陣地，令憲兵第2團防守城內清涼山，令憲兵第10團防守城內明故宮飛機場。
•守衛復廓陣地及城垣的戰鬥
南京外圍第一線陣地被突破後，守軍撤退倉促，缺乏有效的掩護措施，日軍乘勢尾隨，跟蹤追擊，以致有些復廓陣地尚未占領穩固，即為日軍突破。至9日拂曉，日“上海派遣軍”第16師團進至麒麟門、蒼波門一帶；第9師團進至光華門外，占領了大校場及通光營房；第10軍的第114師團進至雨花台南；第6師團進至雨花台西，其左翼一部占領大勝關。中國軍隊第60軍退至大水關、燕子磯一帶整頓；第74軍退至水西門內外，改任城垣守備。
日軍一方面進行攻城準備，如部署炮兵進入陣地，坦克集中於待機地域以及選定入城路線等；一方面用飛機向城中投撒日“華中方面軍”司令官松井石根致中國守軍的最後通牒，進行勸降。唐生智對松井的最後通牒置之不理，並於當日下達了“衛參作字第36號”命令作為回答。企圖以“破釜沉舟”的精神背水死戰。
9日當天，突入至光華門外的日軍第9師團部隊，在高橋門陣地炮兵火力直接支援下猛攻光華門外工兵學校第87師第260旅防守陣地及教導總隊防守陣地，10時左右攻占了工兵學校。下午，坦克及炮兵火力曾3次攻擊城門，並有少數日軍突入城內。衛戍司令部急調控置於清涼山的憲兵教導2團預備隊一部增援光華門，同時令第87師進行反擊。第87師副師長陳頤鼎指揮第261旅一部和第259旅一部分由通濟門和天堂村向敵軍側背實施合擊，激戰約數小時，經多次反覆肉搏，終將迫近光華門的日軍擊退，恢復了工兵學校的陣地，暫時穩定了局勢。但已突入城中的少數日軍仍潛伏於光華門城門洞中。日第10軍的國崎支隊當晚占領了當塗。
12月10日，日軍見中國軍隊拒絕投降，遂向雨花台、通濟門、光華門、紫金山第3峰等陣地發起全面進攻，戰況較9日更為激烈。特別是城東南方面，因復廓陣地已基本喪失，日軍直接進攻城垣，所以形勢尤為嚴峻。衛戍司令部急令第83軍的第156師增援光華門、通濟門城垣的守備，並於城內各要點趕築準備巷戰的預備工事，同時將第66軍由大水關、燕子磯調入城內，部署於中山門及玄武門內構築工事，準備巷戰；另以剛剛由鎮江撤入南京城內的第103師及第112師由教導總隊總隊長桂永清指揮，負責中山門附近城垣及紫金山陣地的守備。當夜，第156師選派小分隊墜城而下，將潛伏城門洞中的少數日軍全部殲滅。雨花台方面，日軍2個師團主力和步、炮、坦克及航空兵協同攻擊，將第88師右翼第一線陣地全部摧毀。殘部退守第二線陣地。當晚，日軍第18師團占領了蕪湖。
12月11日，日軍第16師團猛攻紫金山南北的中國軍隊陣地。紫金山及其以南地區，教導總隊堅決抗擊。激戰終日，日軍毫無進展，惟其右翼部隊攻占了第2軍團防守的楊坊山、銀孔山陣地，進至堯化門附近。日“上海派遣軍”為使其第16師團進攻容易及適時切斷守軍的東退道路，又從正在鎮江等船渡江的第13師團中調山田支隊 ，從第16師團右翼加入戰鬥，向烏龍山、幕府山炮台進攻。日軍第10軍的第114師團及第6師團主力繼續攻擊雨花台。第88師的第二線陣地又被摧毀，守軍被迫據守核心陣地。日軍第114師團右翼部隊開始攻擊中華門，城門被炮火擊毀。少數日軍一度突入城內，但被第88師據守城垣的部隊殲滅。日軍第6師團左翼部隊之一部沿長江東岸北進，在上新河擊退憲兵教導2團的1個營，占領了水西門外的棉花堤陣地。日軍國崎支隊在當塗北慈湖附近渡過長江，沿西岸北進，向浦口運動。占領蕪湖的日軍第18師團因轉用於杭州方面，不再參加進攻南京的作戰。
武漢大本營對南京的戰況極為關注，每日均有詢問及指示的電報，當發現撤至南京部隊的戰鬥力及士氣已遠不如淞滬作戰，南京外圍主陣地帶僅防守兩三天即告失守，而復廓陣地立足未穩即在主要方向上又被敵突破、迫逼城垣時深感形勢嚴峻；當得知當塗附近已有日軍渡江時，更感局勢危急。為避免南京守軍被敵圍殲，蔣介石於11日中午考慮令南京守軍撤退，遂令時在江北的顧祝同以電話轉告唐生智。顧要唐當晚渡江北上，令守軍相機突圍。唐生智由於自己曾力主固守，現在若突然先行撤走，怕今後責任難負，因而要求必須先向守軍將領傳達清楚最高統帥的意圖後方能撤離。當晚，蔣介石致電唐生智：“如情勢不能久持時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。” 唐生智於當夜與羅卓英、劉興兩副司令長官及周參謀長研究後，決定於14日夜開始撤退。遂於12日凌晨2時許召集參謀人員制訂撤退計畫及命令。
12月12日自拂曉起，日軍即集中炮兵及航空兵火力對復廓陣地及城垣發動猛攻。城南方面，戰鬥至10時前後，雨花台陣地被日軍攻占。防守該地的第88師第264旅殘部因中華門城門已經堵死，無法退入城中，遂在敵火力下作橫向移動，沿護城河繞城北進，傷亡甚大。日軍占領雨花台後，居高臨下，加強了對中華門的火力襲擊。第88師第262旅部分官兵堅守城垣陣地，奮力阻擊；第88師師長孫元良率師直屬隊及第262旅一部兵力擅自向下關退卻，企圖渡江北撤，在挹江門內被第36師師長宋希濂勸阻，仍返回中華門作戰。城東方面，日軍第16師團仍在孝陵衛西山及紫金山一帶激戰。“上海派遣軍”因第9師團在光華門一帶遭守軍反擊後頓兵城外，毫無進展，於11日命控制於蘇州附近的機動部隊第3師團迅速前進；於12日晨令第9師團停止進攻，進行整頓，令第3師團由第9師團左翼加入戰鬥，向城垣進攻。
中午前後，在日軍猛烈炮火轟擊下，中華門及其以西城垣數處倒塌，一部日軍在炮火掩護下由缺口突入城內。第88師遂即撤走。當時中華門內大批居民為逃避炮擊和日軍，紛紛向城北部難民區逃跑，與潰退的散兵擁擠在街道上，城中秩序開始陷於混亂。
衛戍司令部為了有計畫、有組織地實施撤退，於14時指示第36師負責維持城中及下關的秩序。但此時日軍第6師團一部已突入至中華門內，第16師團及第3師團已逼近中山門及光華門，第6師團左翼旅已逼近水西門。守軍第2軍團退至烏龍山，教導總隊退至紫金山，第74軍派人去三汊河架設浮橋，企圖渡江撤退至浦口，被第36師制止，南京守軍已開始呈動搖態勢。唐生智等決定改在當夜撤退。蔣介石雖然致電唐生智，令其在不能持久時相機撤退，但總從政治方面考慮較多，希望能多守一段時間，因而在12日又以致函形式致電唐生智、羅卓英及劉興，提出他自己的企望。
•撤離南京
12月12日17時，衛戍司令部召集師以上將領開會，布置撤退行動。唐生智首先簡要地說明當前戰況，詢問大家是否還能繼續堅守。與會將領無一人發言。唐生智遂出示蔣介石命守軍相機撤退的電令，即由參謀長周斕分發了參謀處已油印好的撤退命令及突圍計畫。
衛戍司令部突圍計畫的基本精神是大部由正面突圍，一部隨司令部由下關渡江。但在書面命令分發後，唐生智又下達了口頭指示，規定第87師、第88師、第74軍及教導總隊“如不能全部突圍，有輪渡時可過江，向滁州集結”。這就大大降低了命令的嚴肅性，也為不執行命令製造了藉口，以致計畫中規定的由正面突圍的部隊，除廣東部隊第66軍及第83軍之大部按命令實施突圍外，其餘各軍、師均未按命令執行。有口頭指示為依據的部隊，必然一起擁向敵人尚未到達的下關，以便迅速、安全地渡江北撤；許多未接到撤退命令的部隊因發現友軍撤退而撤退。雖接到命令而並不知道撤退計畫詳情的旅、團長們也都認為上級既然要軍隊撤退，在下關必然已準備好大量渡江工具，因而亦皆擁向下關。
參戰的日本軍隊序列自行決定由下關渡江的軍、師長大多未按命令規定的時間開始撤退，而是在散會後立即部署部隊撤退。有的單位在接到命令前即已撤走。如衛戍司令部第2軍團負責固守烏龍 山要塞以掩護其他部隊撤退和突圍，應最後撤退，但徐源泉於12日下午即率其第41師和第48師從周家沙和黃泥盪碼頭乘坐其預先控制於該處的民船最早渡至江北，經安徽去江西整頓。烏龍山要塞部隊在徐源泉部撤走後，也於當晚毀炮撤去江北。有的將領只向所屬部隊打撤退電話，或回去安排一下撤退事宜就脫離部隊，先行到達下關，隨同衛戍司令部及第36師乘渡船先到江北。如第71軍軍長王敬久、該軍第87師師長沈發藻等根本未回指揮所；教導總隊隊長桂永清回到富貴山地下室指揮所後告知幕僚撤退任務，即留參謀長邱清泉處理檔案等，自己單獨先去下關；其第2旅旅長鬍啟儒得知撤退訊息較早，不等會議結束，即以奉命去下關與第36師聯繫為由，電話通知其第3團團長代行旅長職責，獨自先去下關。
長谷川部隊在南京中華門外準備總攻擊由於城中各部隊多沿中山路向下關撤退，而挹江門左右兩門洞已 經堵塞，僅中間一門可以通行，各部爭先掄過，互不相讓，不少人因擠倒而被踩死。如教導總隊第1旅第2團團長謝承瑞，在光華門陣地上曾英勇地抗擊日軍多次衝擊，卻在挹江門門洞內被擁擠的人群踩死。有的將領，如第83軍第156師師長李江見城門無法擠過，就從門東側用綁腿布懸吊下城出走。
下關情況更為混亂，各部隊均已失去掌握，各自爭先搶渡。由於船少人多，有的船因超載而沉沒。大部官兵無船可乘，紛紛拆取門板等物製造木筏渡江，其中有些人因水勢洶湧、不善駕馭而喪生。
因烏龍山要塞守軍撤走，原停泊於草鞋峽、三台洞（燕子磯南）的“文天祥”魚雷快艇中隊也於12日夜馳去大通，12月13日拂曉，日軍山田支隊未經戰鬥即占領了烏龍山；日海軍艦艇通過封鎖線到達下關江面，日軍第16師團一部亦乘舟艇進至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中國軍隊官兵被日海軍及第16師團的火力和艦艇的衝撞所殺傷。憲兵副司令蕭山令即死於半渡之中。與此同時，日軍各師已分由中山門、光華門、中華門、水西門等處進入南京城內；原在鎮江的天谷支隊已渡過長江，正向揚州前進中；國崎支隊已至江浦，正向浦口前進中。已渡至江北的中國軍隊沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根據中國大本營的指示，唐生智在臨淮關宣布南京衛戍司令長官部撤銷，撤至江北的衛戍軍部隊改隸第三戰區。南京保衛戰基本結束。
從12月12日下午開始，南京衛戍軍各部隊撤退及突圍的情況大致如下（南京大屠殺60年祭專輯給出的國軍突圍撤退的數字是32144人）：
衛戍司令長官唐生智、副司令長官羅卓英、劉興及長官部官兵，12日晚從下關煤炭港乘預備的小火輪渡江至浦口，得到日軍已至江浦附近、正向浦口包圍的情報，遂徒步向揚州顧祝同第三戰區司令長官部靠攏；13日7時到達揚州時，顧祝同及第三戰區司令長官部已移駐臨淮關，臨行時留下6輛卡車。唐生智等主要官員及衛隊乘汽車至滁州轉火車，於當晚到達臨淮關。
在司令部渡江後，第78軍、第36師亦於煤炭港分批乘船渡江，至烏衣集結，爾後乘車去蚌埠，又轉信陽去江西萍鄉整頓。在葉肇及鄧龍光兩軍長參加會議後，第66軍及第83軍（均為廣東部隊）共同研究決定：不遵守唐生智令第83軍掩護其他部隊突圍後再於次日晨6時突圍的命令，兩軍由葉肇統一指揮，按計畫由正面突圍，向指定地點轉進 ，當即下令各師“按160、159、156、154師之順序，由太平門突圍，經湯山、句容向安徽寧國集中”。12日20時前後，除156師因未接到命令外，其他3個師先後通過太平門。途經岔路口、仙鶴門、東流等地時，均遭日軍阻擊，第159師代師長羅策群率隊衝擊時陣亡。拂曉前到達湯山附近時，又遭日軍第16師團主力的猛烈攻擊。部隊逐漸失去掌握，各自為戰，數百人或數十人一隊，分頭向指定地點轉進。葉肇、鄧龍光與各自的部隊失散，均換著便衣突過日軍包圍圈。20日前後，各師大部分別到達南陵、歙縣。第66軍參謀處處長郭永鑣在九華山一帶收容失散的官兵約1300餘人，臨時編為3個營。1938年1月上旬，他們到達寧國附近歸隊。未接到命令的第156師師長李江率隊與教導總隊等一同撤至下關，部分官兵渡過長江，輾轉歸隊。
南京衛戍軍的其他各部均於12日下午和夜間擁至下關。第74軍組織較好，又掌握有一艘小火輪，約有5000人渡過江北。其餘部隊僅有一部得以渡江，大多留在江南，遭日軍殺害。
•日軍在南京的大屠殺
12月14日，日軍山田支隊占領了南京最後一個支撐點——幕府山；天谷支隊占領了揚州，切斷了大運河；第6師團一部進至下關；國崎支隊占領了浦口，切斷了南京守軍的一切退路。麇集於燕子磯、下關沿江一帶及八卦洲、江心洲中未撤至江北的大量中國官兵都成為日軍的俘虜。日“上海派遣軍”司令官朝香宮鳩彥曾簽署了一道囑“閱後銷毀”的機密命令，要所屬部隊“殺掉全部俘虜”。在占領南京城的前6個星期內，日軍野蠻地屠殺了放下武器的俘虜數萬人、平民20餘萬人，總數達30萬人以上。
戰役結果
•中國方面
蕭山令(中將)中國方面軍人約五萬 餘人，包括平民估計超過30萬人喪生。
南京保衛戰中犧牲的國軍高級將領：
蕭山令：南京衛戍司令，1937年12月13日犧牲於南京下關。追贈陸軍中將，南京保衛戰犧牲的最高軍官。
羅策群：第159師代師長，少將，1937年12月12日犧牲於南京保衛戰。追授陸軍中將。
高致嵩：第88師264旅旅長，1937年12月12日犧牲於南京中華門。追贈陸軍中將。
朱赤：第88師262旅旅長，少將，1937年12月12日犧牲於南京中華門。
易安華：第87師259旅旅長，少將，1937年12月12日犧牲南京莫愁湖。
李蘭池：第57軍副旅長，少將，1937年12月12日犧牲於南京太平門。
司徒非：第160師參謀長，少將，1937年12月12日犧牲於南京保衛戰。
姚中英：第157師參謀長，少將，1937年12月12日犧牲於南京保衛戰。
劉國用，國民革命軍第七十四軍58師147旅副旅長，少將，1937年12月12日犧牲於南京保衛戰。
黃紀福，國民革命軍第66軍159師477旅副旅長，追贈陸軍少將，1937年12月12日犧牲於南京保衛戰。
陳節，第66軍159師參謀處長，追贈陸軍少將，1937年12月12日犧牲於南京保衛戰。
謝承瑞：教導總隊第一旅二團上校團長12月13日凌晨始受命撤往下關，在挹江門因身體虛弱被擁擠失控的人群踩倒身亡。後追贈憲兵少將。
（以上將領屍骸無一從南京城中運出）
南京保衛戰殉難的中高級軍官人數為47人。
•日本方面
南京保衛戰打死日軍三千餘人，打傷九千餘人，合計斃傷日軍一萬二千餘人。
戰役影響
蔣介石頒布戰鬥序列電南京保衛戰與南京大屠殺在時間上前後承接，它的失敗造成南京陷落，隨後發生了慘絕人寰的南京大屠殺。國民政府對南京市民疏散不力，留下嚴重的平民安全隱患，對於南京的防守部署不力，造成軍事撤退混亂，大批中國軍人滯留城內。這些因素擴大了南京大屠殺中遇難者的規模。
其實，自1937年8月淞滬戰爭開始後，南京就成為日軍空襲的重要目標，國民政府開展防空和抗戰的宣傳教育，各社會團體還開展了多種形式的抗日宣傳和捐款活動。到12月13日南京淪陷前夕，城市基本還在有序運轉。但實際上，國民政府應對戰爭的準備是有限的，特別是對南京城陷之後如何安置和保護市民並沒有詳細的計畫。滯留在南京的市民也缺乏基本的自我保護和救助意識。造成這種狀況與國民政府的宣傳誤導有很大關係。全面抗戰爆發以後，蔣介石及國民政府表現出堅決抗戰的高調姿態，並配合相關的舉措和宣傳，給民眾留下了國民政府堅守南京的印象。例如，在上海失守的當日，《中央日報》發表社論《告京市民眾》中稱：對於南京地方，政府“已設立了南京衛戍司令長官，統帥文武機關及全市民眾作守土自衛的打算。”此後，官方相繼報導了蔣介石、唐生智等表示堅守南京抗戰到底的言論。在堅守的表象之下，面對日軍的步步緊逼，對於如何安置和保護在寧市民，國民政府卻沒有詳細的計畫。
在南京失陷前後，國民政府各機關大多忙於政府機關的遷移工作，對於南京城陷後的善後工作以及民眾的安全問題並不關注。蔣介石固守南京的高調錶態更使得南京市民不可能對戰爭狀態有正確的估計，他們也不可能有相應的戰敗後物質與心理準備。南京失陷前後，大批難民擁入城中的國際安全區，而在此前國民政府對於國際安全區的支持不夠，且安全區未得到日本的承認。因此，它們對於難民的安全保障和生活救助非常有限。
在侵華日軍南京大屠殺中，數十萬軍民被日軍屠殺，其中中國軍人大概在7-9萬人。而如此大規模的軍隊被俘虜、被屠殺，與南京保衛戰的戰略決策和指揮失誤密切相關。一方面，國民政府集合重兵固守南京的決策失誤是造成大批中國軍人滯留南京的根本原因。南京居長江之南，日軍對南京取分兵合圍之勢，國民政府在沒有足夠力量保證南京守軍可以安全有序撤離的情況下，集合十餘萬的軍隊固守南京，這顯然是軍事策略上的重大失誤。蔣介石明知南京不可守，卻高調錶態要死守南京，實際上是對參戰部隊做“遺棄性處置”。另一方面，作為南京衛戍司令的唐生智，對萬一城陷之後如何有序地組織撤退等善後事宜，也考慮不周。他為了迎合蔣介石而提出了“誓與城市共存亡”的口號，在挹江門阻止軍隊退往長江邊，並收繳渡江船隻。按照唐生智的說法，此為：置之死地而後生。其結果：“死地”形成了，而“後生”則為泡影。加上軍事決策與指揮體制的缺陷，於是導致了南京淪陷後，中國守軍不能形成有效抵抗和有序撤退，直接造成了滯留城內的官兵陷入組織崩潰的境地，被俘官兵數以萬計，並成為日軍殘忍屠殺的對象。
問題爭議
•分歧中堅守
電影《南京！南京！》中的一幕在1937年11月中旬召開的關於南京戰守的決策會議上，國民政府軍事委員會內部出現分歧。一種意見主張只進行象徵性的抵抗以後即主動撤退。另一種意見主張至少在一定時期進行絕對固守的作戰，這是蔣介石的主張。唐生智支持蔣介石的主張。然而，這種意見在軍事委員會高層會議上未能獲得廣泛支持。在11月18日的軍事委員會高層會議上，蔣介石決定在南京進行短期固守作戰。蔣介石提出由誰來負責固守南京的問題後，一時無人應答。最後，唐生智表示願意擔負這一職責。蔣介石接受了唐生智的請求。
蔣介石在11月24日正式發布唐生智為南京衛戍司令長官。蔣介石自己在此後也留在南京，實際指揮南京保衛戰，直至12月7日早晨離開南京。
•下達撤退令
蔣介石在南京時還能夠統一指揮為固守南京被緊急增派的各個部隊。然而在日軍已經完成對南京的合圍的時候，蔣介石才把保衛南京的最高指揮權移交給唐生智。而唐生智對於各部隊狀況了解也非常有限，且在各部隊高級指揮官中也沒有權威。由於唐生智沒有承擔統一指揮南京衛戍部隊的權力和能力，所以南京保衛戰的失敗主要責任不應該由其擔負。唐生智在指揮南京保衛戰時期，拒絕日軍的誘降，堅決表示固守，其抗敵表現，無可爭辯。但是，他在南京衛戍部隊撤退的問題上，卻負有不可推卸的責任。
為避免南京守軍被敵圍殲，蔣介石於12月11日中午考慮令南京守軍撤退，遂令顧祝同以電話轉告唐生智。顧祝同要求唐生智當晚渡江北上，令守軍相機突圍。唐生智考慮到由於自己曾力主固守，若突然先行撤走，怕其後責任難負，因而他要求必須先向守軍將領傳達清楚最高統帥的意圖後方能撤離。當晚，蔣介石致電唐生智，令其可相機撤退。唐生智於當夜在衛戍司令部開會研究後，才決定於12日撤退。
12月12日中午前後，日軍已攻破中華門，城中秩序開始陷於混亂。唐生智等決定改在當夜撤退。12月12日17時，衛戍司令部召集南京守軍中師以上將領開會，布置撤退行動。由於時間緊迫、渡江交通工具有限，原定突圍計畫是36師、憲兵部隊及直屬諸隊依次渡江，其餘各部應設法從正面突圍。但在書面命令下發後，唐生智又下達了口頭指示，規定第87師、第88師、第74軍及教導總隊“如不能全部突圍，有輪渡時可過江，向滁州集結”。這就大大降低了命令的嚴肅性，也為不執行命令製造了藉口，以致計畫中規定的由正面突圍的部隊，除第66軍及第83軍之大部按命令實施突圍外，其餘各軍、師均未按命令執行。
由此可見，由於唐生智對於戰局判斷失誤，城破前一天才開始下令撤退（而此時最佳撤退時機已過，各部隊聯絡不暢，指揮系統已經瓦解），從而造成了大批中國軍隊未能成功撤退而滯留南京，最後大部分被日軍屠殺的嚴重後果。
•混亂中撤退
沒有高級將領組織指揮撤退。12日5時開完撤退會後各部隊即自行突圍，以至於12日城外的守軍發現葉肇的66軍在出中華門還蒙在鼓裡。最可恨的是部分高級軍官開完會後獨自悄悄逃過江，根本沒有通知部隊的士兵。教導總隊的部分將領們逃走時，底下的團長還在指揮戰鬥，一直到12日晚8∶30，總隊的四個團長還在紫金山開會。直到夜裡12點才開始突圍。71軍軍長王敬久，87師師長沈發藻12日下午逃走時，也沒有通知城外的部隊，直到12日傍晚261旅發現城牆沒有人防守了才明白過來。萬式炯一直戰至13日中午，也沒有接到撤退命令，後來聽說日軍坦克已經到了長官部門口，才知道頭頭們已經都撤了。宋希濂的部撤退時居然下令關城門，過江後又下令燒船，根本不管其他部隊的死活。
十數萬守軍的土崩瓦解：絕大多數部隊都往下關跑，因為軍長師長們都知道，那兒有他們偷偷保留的船，部下聽說長官往下關去了，自然也就跟過去了。就這樣，幾萬國軍，無數民眾便湧向了下關，可是挹江門的36師卻不放軍隊通過，因為按計畫，從下關撤退的只是長官部和36師。於是發生槍戰，部隊混作一團。最後終於被人流沖開了挹江門，但地上的屍體有好幾層。
多數部隊開始撤退時還能保持建制，但到了挹江門下就瓦解了。衝出挹江門的國民黨軍隊只能稱為是散兵游勇，而不是軍隊了。這些散兵以各種形式過江，但只有少部分成功。
並不是所有的國軍都擠向江邊，葉肇的66軍就是向東突出去的。教導總隊的第三旅12日夜還在紫金山上和日軍拼殺，等別人都撤走後，從日軍間隙中衝到了皖南。日軍儘管圍住的南京，但後面是空的。
戰爭紀念
•國家公祭日
![南京保衛戰[抗日戰爭時期保衛中國首都的戰役]](/img/e/a83/nBnauM3XxUDM0gzM5AzM5UjM2UTM1QDN5MjM5ADMwAjMwUzLwMzL1QzLt92YucmbvRWdo5Cd0FmLwE2LvoDc0RHa.jpg)
南京保衛戰[抗日戰爭時期保衛中國首都的戰役]日軍占領南京後，從1937年12月13日攻占南京開始持續了6周，直到1938年2月南京的秩序才開始好轉。據第二次世界大戰結束後遠東國際軍事法庭和南京軍事法庭的有關判決和調查，在大屠殺中有20萬以上乃至30萬以上中國平民和戰俘被日軍殺害，南京城被日軍大肆縱火和搶劫，致使南京城被毀三分之一，財產損失不計其數。
2014年，中華人民共和國全國人大常委會通過決定，每年12月13日為南京大屠殺死難者國家公祭日。
•南京大屠殺遇難同胞紀念館
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館是中國南京市人民政府為銘記1937年12月13日日軍攻占南京後製造的南京大屠殺事件而籌建，位於中國南京城西江東門茶亭東街原日軍大屠殺遺址之一的萬人坑。1985年8月15日落成開放。
