學科設定
水科學研究院具有多學科交叉、綜合性強的專業性優勢。水科學研究院下設水文與水資源系、地下水科學與工程系、水生態與環境研究所。擁有地下水污染控制與修復教育部工程技術中心、北京市城市水循環與海綿城市技術重點實驗室、水沙科學教育部重點實驗室、北京師範大學地下水科學與工程研究中心、北京師範大學環境應急管理技術研究中心、土壤-地下水修復實驗室及數字流域實驗室，在北京通州、福建泉州以及河北易縣、欒縣、冉莊等地建有野外實習基地，為開展各類複雜、綜合性的科學實驗與教學研究提供了重要支撐和保障。
水科學研究院在水科學研究方面的學科設立較為完備、學科層次結構合理。在人才培養方面，擁有5個碩士學位授予點（水文學與水資源、地下水科學與工程、環境科學、環境工程、水力學及河流動力學）、3個博士學位授予點（地下水科學與工程、環境科學、環境工程）。經教育部批准，我院與中國環境科學研究院共建環境科學與工程博士授予點。學院還設有環境科學與工程以及地理學博士後流動站。
師資力量
水科學研究院擁有一支結構合理、素質精良的師資隊伍。在編教師44人，其中，中國科學院院士2人、中國工程院院士2人（院士均為雙聘），教授13人，副教授14人，有39名教師具有博士學位。在站博士後15名，聘請國內外兼職教授和客座教授20餘名。
水利部原部長、全國人大財經委員會副主任汪恕誠教授任我院名譽院長，中國科學院院士劉昌明、林學鈺和中國工程院院士孟偉是我院地表水、地下水和生態環境方向的學科帶頭人。
