主要職責
組織編制本市城市軌道交通工程項目和市政府交辦工程項目(以下簡稱重大項目)建設總體計畫，並督促檢查計畫執行情況。
(二)協調有關部門和單位推進重大項目的規劃、征地、拆遷等前期工作；協調市政府有關部門按總體計畫要求在項目建設各階段加快辦理各項行政審批手續。
(三)協調、解決重大項目建設中的重大問題；協調落實工程建設安全、質量、工期、功能和成本“五統一”要求；承擔為建設單位及各參建單位服務的職責。
協調市政府主管部門監督重大項目建設各方貫徹落實有關安全生產、工程質量、資金使用、招標與採購、契約履行等方面法律法規，落實“陽光工程”的各項要求；參與重大項目建設工程事故應急工作。
(五)參與重大項目年度資金使用計畫的編制，協調、落實資金計畫的執行。
(六)組織推動新技術、新材料、新設備、新工藝在重大項目建設中的套用。
(七)組織協調重大項目的竣工驗收、竣工結算和決算工作。
(八)負責重大項目建設信息的收集、整理、統計和管理工作。
(九)受委託負責中央單位在京重要建設項目的組織實施。
(十)承擔北京市重大項目建設指揮部的具體工作。
(十一)承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市重大項目辦設9個內設機構。
秘書行政處
負責本單位政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等日常運轉工作；承擔信息、信訪、議案、建議、提案、安全、保密、政府信息公開、宣傳等工作；負責市領導同志批示件的督查反饋工作；承擔重要文稿的起草工作；承擔重要事項的組織和督查工作；負責後勤保障工作。
綜合處
組織編制本市城市軌道交通建設總體計畫、年度計畫；指導建設單位建設計畫的編制與調整，監控建設計畫的執行，並匯總分析有關情況；承擔市政府交辦工程項目的建設協調工作；受委託負責中央單位在京重要建設項目的組織實施。
軌道一處 軌道二處
以上兩個處的主要職責是：負責協調本市城市軌道交通工程項目的建設；協調有關部門和單位推進城市軌道交通工程項目的規劃、征地、拆遷等前期工作；督促落實各條線路建設計畫、施工計畫的編制，並監控計畫實施；協調解決建設中的問題；組織建設單位以及各參建單位、有關部門開展城市軌道交通工程項目聯合驗收和移交工作。
市政設施處
負責協調本市城市軌道交通工程項目涉及的以及市政府交辦的市政基礎設施的建設；協調推進有關前期工作；督促落實各項目建設計畫、施工計畫的編制，並監控計畫實施；協調解決建設中的問題；組織建設單位以及各參建單位、有關部門開展城市軌道交通工程項目涉及的以及市政府交辦的市政基礎設施項目聯合驗收和移交工作。
安全質量處
協調、督促重大項目各參建單位貫徹落實國家及本市有關安全生產、工程質量和文明施工的法律法規要求；參與制定有關生產、消防、治安保衛方面的安全管理辦法和應急預案；會同有關部門開展綜合檢查和專項檢查活動；參與重大項目建設工程事故應急工作。
科技處
組織協調重大項目建設科技套用工作；推動新技術、新材料、新設備、新工藝的套用；負責聯繫專家顧問考察、論證和評估工作，組織有關技術交流活動；組織協調重大項目建設中的重大技術問題。
財務預算處
協調、落實重大項目建設資金渠道、資金計畫及資金撥付等工作；協調重大項目的竣工結算和決算工作；負責編制部門預決算，管理本單位財務及國有資產。
人事處
負責本單位的人事、機構編制等管理工作。
機關黨委
負責本單位的黨群工作。
紀檢、監察機構按有關規定派駐。
人員編制
市重大項目辦行政編制57名。其中：主任1名，副主任3名；處級領導職數10正(含機關黨委專職副書記1名)9副。
其他事項
市重大項目辦不替代市政府職能部門的工作。市政府相關職能部門按照“三定”規定和職責分工依法負責本市重大項目建設的有關行政管理工作。建設單位為工程項目的第一負責人，對投資效益、安全生產、工程質量及工程建設的全過程負責，依法承擔相應的經濟責任和法律責任。
