北京實驗動物研究中心成立於1981年，是當時在國家科委倡導下籌建的四個國家級實驗動物研究中心之一。
20多年來，中心曾兩次與澳大利亞政府進行了成功的項目合作。為了給國內生物醫學研究提供高水平、高質量的實驗動物和模型動物資源，北京實驗動物中心與美國CharlesRiverLaboratories合作，引入23個品系的SPF/VAF級嚙齒類實驗動物，涵蓋常用的大、小鼠以及地鼠、豚鼠；與法國梅利亞集團合作生產spf雞蛋；從美國瑪斯引入國際醫藥研發領域套用廣泛的實驗犬——比格犬。從而建立了一個社會化高水平的實驗動物保障支撐體系。為我國生命科學基礎研究、新醫藥開發提供重要保障和支撐。
隨著人類基因組計畫第一階段的完成，以闡明全部人類遺傳基因功能為核心內容的功能基因組學研究在全球範圍內已成群雄逐鹿之勢，通過轉基因和基因剔除技術建立疾病模型動物已經成為國內生命研究領域迫切的要求。北京實驗動物中心還與北京大學生命科學院合作，建立聯合實驗室，共同研究疾病動物模型和相關產品的開發，建成一個規模化的轉基因和基因剔除動物模型的保存、研究、服務的繁育中心，走出了一條“產學研”相結合共同發展的道路。
北京實驗動物研究中心還從國外引進飼料生產線，先進的飼料配方軟體，建立了營養成份分析實驗室。年生產能力達5000噸，能生產各種級別的實驗動物飼料、寵物飼料及特殊的實驗動物飼料。
