南山律宗對於教相的判釋，該宗把釋迦如來一代的教法區分作化制二教。化教是說如來教化眾生令得禪定及智慧的教法，在三學中是定慧法門，在三藏中是經論二藏，如‘四阿含’等經，《發智》、‘六足’等論。泛說因果，通化道俗，所以叫作化教。制教是說如來戒飭眾生控制行為的教法，即諸律中所詮的戒學法門如《四分》、《五分》、《十誦》等律。說諸律儀、唯制內眾，所以叫作制教。化制二教又叫作化行二教，如《四分律比丘含注戒本疏》卷一說︰‘今以化行二教用分諸藏。’又《四分律行事鈔資持記》卷上說（大正40·174b）︰‘一代時教，總歸化行。’其次，南山律宗更把化教就其義理的淺深判作性空教、相空教、唯識圓教三教，又把制教就四分律學各家的戒本論分別判作實法宗、假名宗、圓教宗三宗，這是南山律宗獨有的教判。
化教三教中，性空教是說一切諸法性空無我的教法，此中包括‘四阿含’等經及《俱舍》、《成實》等論。一切小乘，是把一切諸法用破析的方法來說明‘人’、‘法’無我，這就是‘析色明’，所以叫它作性空教。
相空教是說一切諸法本相是空的教法，此中包括諸《般若經》和這一系統的大乘論部，是直就常人所執著的人、法本身由緣會而生這一現象來說明空無相之理，這就是‘當體即空’，所以叫它作相空教。
唯識圓教是說一切唯識性相圓融的教法，此中包括《華嚴》、《楞伽》、《法華》、《涅盤》、《攝論》等大乘經論，是將一切諸法裡面的外境看成本來無實，全歸唯識，從而起行也屬菩薩的甚深妙行，所以以它作唯識圓教。
此三教中第一性空教，和慈恩宗三時教判中第一時有教的多分相當；第二相空教，和慈恩宗的第二時空教相當；第三唯識圓教，和慈恩宗的第三時中道教相當。四分律宗原當性空教一分，但道宣律師意欲成立三學圓融無礙，新以判屬唯識圓教。
四分律
制教三宗是本於四分各家對於戒體的不同解釋而判斷的。依《四分律刪繁補闕行事鈔》等所說，戒體，是弟子從師受戒法時所發得而領納在心胸中的法體，即由授受的作法在心理上構成一種勢力而有防非止惡的功能。此中戒體舊譯叫做‘無作’，新譯叫作‘無表’。唐以前的四分律師本來受《成實論》學說的影響。以戒體為非色非心的‘不相應行法’，法礪的相部一系便完全依此立說，以‘無作’為非色非心，唱非色非心戒體論。懷素的東塔一系，卻相信《俱舍論》所說，以無表業為色法，唱色法戒體論。道宣的南山一繫於《四分律》表面也按照《成實論》所說，立非色非心戒體。然而依道宣的本意，《四分律》通於大乘，還依唯識宗的義旨，以第八阿賴耶識中的種子即‘發動思’的種子為戒體，而唱心法戒體論。由於四分律各家對戒體解釋不同而判制教二宗︰
(1)實法宗︰又作有宗，指說一切諸法實有的薩婆多（說一切有）部等，此宗以戒體為有實質的色法，如同《俱舍論》所說。
(2)假名宗︰又作空宗，指說一切諸法唯有假名的曇無德（法藏）部等，此宗以戒體為非色非心的不相應行法，如同《成實論》所說。
《四分律刪補隨機羯磨疏》卷十五合釋以上二宗，說《成實》所說正和曇無德《四分律》相通，而《雜心》、《俱舍》所說是解釋薩婆多《十誦律》。
(3)圓教宗︰又作圓宗，指說一切諸法實唯有識的唯識圓教等，此宗以戒體為心法的種子，如《法華》、《涅盤》、《楞伽》等經，《攝大乘》等論所說。
四分律宗正和假名宗相當，然而道宣律師意欲由《四分律》成立一乘圓頓的妙戒，所以在三宗中也把四分律宗判屬圓教宗。
化制二教的教判，是於唯識宗有其淵源的。道宣很早便參加玄奘法師領導的譯場，掌筆受潤文的任務，受玄奘學說的影響很深，所以在化教中，配合《解深密經》的三時立三教，而以唯識為圓教，又在制教中以心法中的種子為戒體，從而力說《四分律》通於大乘。
