孢子囊的形狀不一,因鍾而異。或為長筒形,或為圓球形,或為梨形。藻狀菌中許多種的孢子囊和孢子梗之間的橫隔是突起的,此突起多膨大為球形、半球形或錐形,這種突起稱為囊軸。
毛霉,根霉,犁頭霉等,其孢子囊中都有囊軸。某些種類孢子囊中無囊軸,而且僅含有少數孢囊孢子,這種沒有囊軸的孢子稱為小型孢子囊。
就囊孢子而言,一般有兩種類型。一種具有一個或二個鞭毛,又稱遊動孢子。另一種類型,其孢子無鞭毛,又名靜止孢子,毛霉目中各種菌的孢囊孢子即屬此例。遊動孢子呈圓球形、洋梨形或腎形,成熟後從孢子囊特生的管或孔口放出,或孢子囊壁破裂而放出。沒有鞭毛的孢囊孢子其形狀、大小各式各樣,但多半是孢子囊成熟後,因壁破碎而放出。許多真菌的孢子囊在成熟後遇水即消解,因而孢子會自然釋放出來。
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