但其劇情不能與漫畫劇情有矛盾，因為當漫畫更新到足夠多的時候動畫就要回歸漫畫了。（動畫原創的劇情一般要比漫畫劇情遜色不少）
以下為動畫原創的部分例子：
《Fate/Zero》
「Fate/Zero」作為「Fate/staynight」的前傳，故事舞台設定在「Fate/stay night」的第五次聖杯戰爭（約2000年）的10年前，即第四次聖杯戰爭。聖杯戰爭就是7位御主和7位從者互相廝殺的生死淘汰戰。而在「Fate/stay night」中充滿神秘感的衛宮切嗣則會成為「Fate/Zero」的主角。
《Code Geass 反叛的魯路修》
Code Geass 反叛的魯路修《Code Geass 反叛的魯路修》（也譯作《代號基亞斯 反叛的魯路修》、《叛逆的魯魯修》、《叛逆的勒魯什》等）是日本日升動畫所製作的動漫（Anime）作品。描述被布里塔尼亞帝國侵略而亡國的日本──11區中，立志粉碎帝國的黑色王子魯路修，與堅持公理的白色騎士朱雀所掀起的巨大變化。 動畫從2006年10月開始播出至2007年，接續的系列‘R2’從2008年4月開始播出，為現在日本最熱門的連載動畫之一，連續排名月刊Newtype最受歡迎的動畫人氣榜第一、男/女角色人氣榜前五強。2007年3月22日榮獲“東京國際アニメフェア2007”第6回東京アニメアワード テレビ部門 優秀作品賞受賞。
《Code Geass GAIDEN 亡國的阿基德》
「Code Geass GAIDEN 亡國的瑛斗」的故事將設定於「反叛的魯魯修」同期的皇曆2017年，舞台不再是布里塔利亞帝國，也不是11區，而是第三方的EU歐洲戰線。而當中的主角也確定不是魯魯修，而是確定為日向瑛斗，是作為EU軍所屬的11區人民，女主角的名稱則是蕾拉，身份是瑛斗的上司。劇情設定在第一季到第二季之間的歐洲戰場。
《她和她的貓》
1999-2000年間製作的5分鐘黑白動畫短片。新海先生的2D動畫風格在這部作品中已經成熟。 短片由瑣碎的生活場景展開，美麗的長髮少女和她超級卡通的小貓，全片以少女的情感為主題，講述了漠然的生活，心靈傷痛與慰藉。場景的運用恰倒好處地切入了影片情感的表述。
《星之聲》
星之聲《星之聲》是新海誠繼《她與她的貓》後的第二部作品。曾獲得第一屆新世紀東京國際動畫展21公開募集部門優秀賞。實行委員會委員長石原慎太郎曾讚美道：“這個不為人知的才能是因為要傳達給世界而存在的！”另外也獲得第7屆神戶動畫賞、第6屆文化廳媒體藝術祭數位藝術部門特別賞、第34屆星雲賞媒體部門、第8屆AMD AWARD最佳導演賞等多項大獎。擁有跟其他一般個人製作的動畫不同，非常優良的評價。 纖細又美麗的背景、獨創的演出、隱藏著大訊息的情節獲得十分高的評價。另一方面，也有人批評靜止畫面過多、人物設定不佳、戲劇性弱等缺點。
《雲之彼端，約定的地方》
《雲之彼端，約定的地方》，由新海誠親自負責原作、腳本、監督、攝影、美術等項目。 藤澤浩紀是作品的主人公。他是開朗淳樸的少年，喜歡著同伴佐由理。自高中時代起漸漸轉變為性格堅強內向的青年。15歲的主人公與好朋友，他們利用軍需廢品，在山上的廢棄小站里組裝了一架名為ヴェラシーラ(Verashira)的小飛機。但是中學三年級，神秘巨塔平行世界的信息傳遞給了佐由理，使得平行世界進入佐由理的夢境，使女主人公進入持續睡眠。在得知神秘巨塔與佐由理有著重大關係的衝擊秘密後，浩紀與拓也兩人便再次完成中學當年所無法實現的夢想。
《秒速5厘米》
《秒速5厘米》將由三個連續短篇組成，片長63分鐘。故事講述的是遠野貴樹和篠原明里，國小畢業就分開繼續走上屬於自己的人生道路。兩人刻意迴避了存在於他們之間的那些特別想法，而時間就這么靜靜的流淌過去。某個下著大雪的冬日，貴樹終於決定去找尋明里……
《追逐繁星的孩子》
講述了少女明日奈無意間從父親的遺物、一台老式收音機中聽到奇妙的音樂，就此離開現實世界，踏上了冒險的旅程。還不懂得失去意義的少女、決定放手卻還不能釋懷的大人、以及失去故土無家可歸的異國少年，在這場相遇和離別的旅途中，等待著他們的究竟會是什麼呢？
