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動物標本以種為單位，相近種集合為屬，相近屬集合為科，科屬隸於目，目隸於綱，綱隸於門。動物標本的鑑定，以種群而非以個體為單位，因而，不應專靠個別標本，而應以一系列標本為依據，從中選出模式標本。物種是分類系統最基本階元，是客觀性的，有自己穩定明確的界限,可以與別的物種相區別,而且，它還是一個繁殖的群體；至於種下的鑑定，現代以亞種為種下分類階元，也是種內唯一在命名法上被承認的分類階元。亞種主要是一個種內的地理種群或生態種群，與同種內任何其他種群有別。標本鑑定時的分類依據不同類型而不同。目以上階元的分類依據結構基型，即動物體內部特徵；科屬的分類依據比較突出，並且有一定適應性形態特徵。例如，燕科具有短闊而平扁的嘴，繡眼鳥科的舌尖，生有兩簇角質纖維；屬的分類依據是以共有的形態特徵為主，如鳥類尾羽的數目、羽冠的有無等；種的分類依據，不僅在於形態特徵，而且還在於生理上的特徵，即不同種在自然界中彼此間不互配生育。凡是種別未見亞種分化的,稱為單型種,有亞種分化的稱為多型種。博物館在進行動物標本鑑定時，要將未經研究的標本按目分檔,或將數量多而易於認別的門類,按科或屬分檔。一般首先檢索到目和科,如果有專著或動物區系論文,可檢索至屬和種；還要查考新近發表的目錄及原始描記，與正確鑑定過的標本或模式標本作對比。鑑定後，每一個標本或一系列標本都要做出標記,標籤上應寫出學名(屬名和種名) 與命名者。此外，還要寫出鑑定者姓名以及進行鑑定的年份。在動物種數繁多而分類文獻分散的門類里，做出種這一水平鑑定往往是困難的。現在，依靠一個人能夠在所有動物門類都能作出權威性鑑定是不可能的，因此，必須依靠不同門類專家負責不同門類的鑑定。
動物標本的命名,需使用世界統一的二名制,即以拉丁文或合於拉丁文格式的文字記載物種屬名及種名，再把二名連綴起來，作為該種的學名，如麻雀的學名，由屬名Passer與種名montanus合成。屬名第一個字母皆須大寫，以示主格實詞；種名常為形容詞，為首字母皆用小寫。屬名與種名文法皆須吻合。凡新種發現時，在學名後面應附加n.sp.或sp.nov.略寫，即新種之意。種名不能確定時，在屬名後附以 sp.為別。如有亞種變化時，應使用三名法,在種名後面,再加亞種名稱，如中國沿海一帶的麻雀,其學名為 (Passer montanus saturatus )。拉丁名後，通常要附記命名者姓氏。動物種的命名，應按國際上規定的優先律，最初命名為有效學名。凡同物異名、異物同名、無物命名者皆應廢除。
