劉含芳與旅順港
1881年奉李鴻章之命籌辦旅順、威海魚雷營、水雷營，修建水雷土船塢，組織修理“順利”輪。1883年，劉含芳由袁保齡提名任旅順港務工程局會辦。任內銳意經營軍港工程。建港時，他履勘沿海，扦試塢基，積極輔佐總辦袁保齡設屯防營、築炮台、建庫廠、守機器，開辦水雷、魚雷學堂和醫院，終於把旅順建成了北洋海軍重鎮。1886年9月，袁保齡患重病，李鴻章命他主持旅順港塢工程局。是年，法商承包旅順港務工程，李鴻章命他協同直隸按察使周馥代表中方監督工程進度和質量。1890年，海防工程全部竣工，他與提督丁汝昌、按察使周馥、天津海關道劉汝翼一起驗收工程，並向李鴻章寫了驗收報告。1891年2月，清廷議授他任甘肅安肅道，經北洋大臣李鴻章奏請，暫留旅順辦理海防，沒有赴任。1892年5月，調補山東登萊青兵備道，監督東海關；1893年11月到任。至此，他在旅順共駐11年，在海防工程建設中，功績顯著。
劉含芳與鴻臚井
1895年冬，《中日遼南條約》簽訂後，劉含芳奉命從山東渡海勘收旅順諸處，見到過去督建的海防工程盡遭摧毀，憤慨填膺，痛哭失聲，眼病加重。接收旅順後，他在一次巡視中發現唐代一塊刻石，上書“敕持節宣勞靺鞨使鴻臚卿崔忻井兩口永為紀驗開元二年五月十八日”，遂認定這刻石旁的古井即為《唐書》所記述的“鴻臚井”，引起他的高度重視。為保護這塊中華歷史的珍貴文物，他建石亭將井和刻石保護起來，並在原刻石左側又添鐫五行共68字記其始末。所添鐫的68字為：“此石在金州旅順海口黃金山陰，其大如駝。唐開元二年至今一千一百八十二年，其井已湮其石尚存。光緒乙未年冬，前任山東登萊青兵備道貴池劉含芳作石亭覆之並記。”後因病辭官，於1898年夏，在原籍病逝，終年58歲。清廷以其有功，死後贈內閣學士，在煙臺立祠堂祭祀，國史館特立傳記。
