劉允怡創建了香港中文大學肝移植中心和肝癌診療研究組。在國際上首先提出以“肝段為本”的肝切除方法,即根據血液供應和膽管引流特徵提出肝背扇區分為解剖亞區的概念,對肝癌和肝門膽管癌根治切除和劈裂性肝移植均有實際的臨床指導意義。統一了國際上在肝臟解剖和肝切除手術的規劃名稱。率先套用釔90微粒為晚期肝癌治療,顯著提高了生存率。套用化療、免疫聯合治療使不能切除的肝癌能以手術切除。很早開展活體肝移植手術,是香港和東南亞地區肝移植的創始人之一 。
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