地下水動物
組成及特徵與生態系統的特殊穩定性相聯繫。地下水中氧的濃度和溫度一般不隨季節變化,而且比較黑暗。溫帶地下水溫永遠在冰點以上。所以，有些古老的動物如第三紀殘遺種類，如甲殼類的水蟎，一些特殊種類的雪鯴( Niphargus)，起源於海洋,以後通過海岸地下水滲透到內陸洞隙與孔隙地下水環境。
河流動物
組成及分布主要決定於水流和底質狀況因素的影響。小溪、河流上游的水流急湍,含氧較高,溫度波動較小，缺乏植物，河底多石質底，具有少數種類的固著動物。為防止被水流沖走，它們具有底棲動物的一些特化現象（身體扁平，具有吸盤、附屬器官、粘液腺及其他構造），如蜉蝣和石蠅的幼蟲、淡水?、端足類，以及一些石蠶幼蟲和搖蚊幼蟲等。上游有少數適應急流的魚類,它們冬季產卵,主要有鱒、鮭、茴魚等。小溪、河流下游的水流緩慢、氧濃度低、水溫波動較大，底質多為沙、泥、粘土或淤泥質，動物類群豐富，多為耐廣濕和耐缺氧的種，如蜻蜓幼蟲、龍虱、水龜蟲、石蠶蠅、水虱和大量水蟎。下游魚類如鯉、狗魚和鱸魚等，常在夏季產卵。
此外，河流動物的組成和分布還受河流水位及河源等因素制約。水位較深的河槽中，動物種類、數量豐富，淺灘地段較貧乏；源出於冰雪融化的山區河流，幾乎無浮遊動物；河流近海地段的浮遊動物中出現有海洋種類；流速較小的中下游和近岸處浮遊動物較多。
湖泊動物
組成和分布主要決定於湖水溫度、礦化度、生態環境條件的影響。①溫度的垂直分層性。不同地區各水層的性質隨季節變化而不同。水溫均質層為生產層，以各種淡水浮游生物占優勢，如橈足類、葉腳類、軟蟲和原生動物以及硅藻、藍藻和細菌等，成為魚類的食物基地。魚類區系在均溫層地區性差異很大，而浮遊動物則具有相對一致性，有許多廣布種。深層為消費層和礦化層,缺氧時形成一層淤泥,僅有少數耐低氧的搖蚊、顫蚓和某些軟體動物及扁形動物生存。②礦化度。按其大小可分為淡水湖、鹹水湖和鹽湖3種類型,鹹水湖泊所含營養元素較淡水湖貧乏，動物種類單純，為廣耐鹽性和狹耐鹽性種類。③生態環境。湖泊浮遊動物分布還受水流注入的環境及湖底質狀況等因素影響。由城鎮和耕作地區流入的水較從山溪注入的水,浮遊動物種類多;泥底比砂底營養物質多，浮遊動物數量也較多。
