法蘭西國王路易十四認為,國內宗教不一致會危及國家的統一,決心將反對派教會加以取締,於是重新發動對詹森派的鎮壓。克雷芒九世擔心使安定的局面遭到破壞,他不同意路易十四的這種政策,而主張安撫為主。1669年,克雷芒九世簽訂了協定(統稱克雷芒和約),宣布停止對詹森派的迫害。後來,法蘭西教會的高盧分子又要求限制教皇的權利,教皇語氣衝突激化,詹森主義問題降到次要地位。隨著教皇與國王爭端緩解後,後任教皇克雷芒十一世在路易十四要求下,於1705年發布通諭,重申過去對詹森派的譴責。
其時,奧斯曼帝國軍隊發動對當時屬於威尼斯共和國的克里特島的攻擊,克雷芒九世只得要求路易十四派兵援助,不但遭到路易十四的拒絕,他還從中作梗,使全歐洲聯合對付土耳其人的計畫無法實現,結果克里特島長期被圍,海港康迪亞(今伊利克利翁)1669年陷落。死後克雷芒十世繼承宗座。