紛紛亂世
利奧九世三位教皇同時在位、互相攻擊的時候以本尼狄克九世最壞、最無恥，他竟然將教皇職位出售。為了結束這種混亂局面並維護健全的教皇制，克呂尼運動的改革家們決定向神聖羅馬帝國皇帝德國的亨利三世求援。
亨利三世是一位虔誠的信徒，非常讚賞克呂尼運動。於是在他的領導下，開了一次宗教會議，把西維斯特三世革職，同時格列高利六世辭職，並將他放逐到德國。他又召開另一次會議，將本尼狄克九世革職。教皇座位本來就不能容三人同坐。自此，三位競爭者相繼被摔下了寶座。
為了避免再捲入羅馬的腐敗，亨利三世另選一位德國主教就任教皇職，就是教皇克雷芒二世。然而這個教皇與繼任的教皇達馬蘇斯二世都很短命，在位不久就去世。亨利便指派自己的表兄弟、土爾主教為教皇，是為利奧九世。也是教皇史上第4位，也是和他的兩個前任一樣的德國人。利奧九世在位五年(公元1049一1054年)，是克呂尼運動的強力支持者，正因為他有改革的熱誠，才被皇帝指派為教皇。
教會改革
他一登位就非常忙碌，首先是改組樞機主教會議(College of Cardinals)。原來在羅馬早已存在所謂紅衣主教，這些紅衣主教是教皇個人的助理及顧問。從形態上看，紅衣主教會議和教皇的關係正如內閣和總統之間的關係一樣。
利奧九世即位之初，就發現這個紅衣主教會議全部成員都是羅馬人，他們來自羅馬的貴族，長期控制教皇，腐化了教皇制，而且不理會克呂尼革新運動。教皇利奧九世重新任命接受克呂尼運動的人為紅衣主教，並從不同地區挑選新的紅衣主教。這樣，圍繞著他的一群顧問，不但是他可以信任的人，而且是來自歐洲不同地區的人。?這樣新教皇不遺餘力地推動革新，他走遍德國、法國，在各地召開宗教會議，也在各地加強教皇的權勢。他所做的一切事，深得克呂尼修道院院長筍哥(Hugo)的合作。他強調三件事：(一)神甫絕對禁止結婚。(二)不得實行聖職買賣。(三)非經聖職人員及會眾選舉，沒有人可擔任教會職務。
東西分裂
然而教皇利奧九世在位時也有難處。我們還記得東西方教會之間早有歧異，距離日遠，只是到目前為止，教會仍是一體。直到利奧九世在位，東西方教會才正式決裂。這事導因於利奧九世與君士坦丁堡主教長瑟如拉留(Michael Cerularius)之間的不睦。公元1054年，教皇利奧九世的代表拿著教皇革除瑟如拉留教籍的詔諭，放在君士坦丁堡聖蘇菲亞教堂的聖壇上。主教長瑟如拉留盛怒之下，一報還一報，也革除了教皇利奧九世的教籍。於是東西方教會正式分裂為二：東方為希臘教會，西方為拉丁教會。教皇利奧九世去世後，德皇亨利三世又指派一位德國人為教皇，號稱維克托二世。
