生平
靈芝元照大師元豐八年（1085）十二月，高麗僧統義天（？～1101）率弟子眾來求法，主客（接待外賓官名）學士楊傑陪伴到杭州，曾至西湖靈芝寺謁請元照開示律儀，時元照正講《四分律刪補羯磨疏》，即為演說律宗綱要並授菩薩戒，義天並請得元照所著書攜歸高麗雕板流通。
其後，元照鑒於當時禪僧輕視戒律和念佛，乃於紹聖三年（1096）翻刻唐《慈愍三藏文集》（即慧日著《往生淨土集》），倡導依經律修持，因此引起僧眾的攻擊，並被控偽造《慈愍文集》。元照乃上書敘明顛末，並檢附古本為證，其事始寢。
紹聖五年（1098）二月，元照於明州（今浙江寧波）開元寺，建築戒壇依律傳戒。政和六年（1116）九月一日圓寂，年六十九，葬於靈芝寺西北隅。南宋高宗紹興十一年（1141），諡號大智律師，一般稱為靈芝律師。
思想
元照的思想，主張戒律和淨土並重。他常對門徒說：“生弘律范，死歸安養，平生所得，唯此法門。”又說：“化當世無如講說，垂將來莫若著書。”因此他出家後數十年間，以奉持戒律，專修淨土自行；以聚徒講學，弘法著書，並詳究律宗傳承，楷定南山九祖，後世稱為律宗中興的大師。
元照力說比丘受持淨戒的必要。他說：“出家之人，若禪若教，以至房居，所習雖殊，未有不登壇受戒者。世多偏學，見學律者薄為小乘，見持戒者斥為執相；而不觀己身削髮染衣，復不思自心登壇納具。且受而不持，雖受何益？”元照認為入道歸心，須有始有終。有始即須受戒，專志奉持，一切時中，不可暫忘。有終謂歸心淨土，決誓往生。他的往生觀，又屬於他力本願的範疇。他說末法之時，自無道力，唯淨土法門是修行徑路。因此門全假他力，即彌陀世尊本誓願力，光明攝取之力，但具信願行三法，即得往生。
教法
元照以二種教觀，判別釋迦一代佛教，以求在娑婆世界入聖得果的教法，為娑婆入道教觀；以修行往生淨土的教法，為淨土往生教觀。此土入聖的教觀，有大小偏圓之殊；淨土往生的教觀，則是圓頓純一大乘。元照的弟子戒度評價這二教觀說：“約娑婆、淨土二土，分別教觀之純雜，為前古所未聞”（《觀無量壽經義疏正觀記》）。元照以為娑婆入道，以觀心為主；淨土往生，以觀佛為要。他在《觀經義疏》，盛倡觀佛之法；後來在《阿彌陀經義疏》，一轉而高揚執持名號的功德。他勸不能觀佛者，可依稱名之法而往生。元照又因得襄陽龍興寺石刻《阿彌陀經》拓本，有“專持名號即是多善根”之語，遂依之以稱名為首要，布施、造寺等一切福業次之。由於稱名善根故，即能滅罪往生（戒度《阿彌陀經疏聞持記》）。
元照又唱律、禪、教三學一源之說。他說：“律，佛所制也；教，佛所說也，禪，佛所示也。”這是遠承慈愍慧日的思想而來的。他又說：律非學無以自明，教非學無以自辨，禪非學無以自悟。故律、教、禪，同出而異名，即同出於一心，主張無分別地加以修學。顯見他對律教禪三學的調和主張。
佛學發展
弘法活動
靈芝元照畫像元照倡導，並著書、造像、講學、傳戒，從事於多方面的弘法活動，在當時享有很高的聲望。蘇東坡即受其影響為母和妻的冥福而畫彌陀佛像供養於佛寺中。元照在傳戒方面，撰有《受戒方便》、《授大乘菩薩戒儀》、《剃髮儀式》等文（俱見《芝苑遺編》卷中），是今日研究北宋時代傳戒儀式的重要史料。他說：三藏三學，以戒律為首，但受戒的人心有明昧，對於初受戒時未發大心的人，佛開重增（一作重受或增受）一法，是名增戒。他的弟子中如宗利和思敏，就是依律增受戒法的，其一生為人增授戒法達六十餘會。但有些同道以他為矯異駭眾，故尋短失，以致斗訟，幾欲置之於獄。因而他在推行增戒中也受到不少挫折。
律宗發展
律宗傳至宋代，以南山道宣一係為盛。但南山律宗祖承，歷代取捨不一，元照乃作《南山律宗祖承圖錄》，楷定南山九祖。他認為南山道宣傳承出於智首，智首以上，為法聰、道復、慧光、道雲、道洪相承。法聰初傳四分，其本則承受於曇摩迦羅（法時），而宗於曇無德（法正）部。故元照以四分開宗為始，斷自曇無德，而下至於南山（道宣）躡跡傳通共九人。宋志磐《佛祖統紀》卷二十九依之，作為南山律宗傳承，後附允堪和元照二人略傳。清初福聚著《南山宗統》，即依元照所立九祖次第，於道宣下續文綱、滿意、大亮、量一、辯一、道澄、澄楚、允堪至靈芝元照，定為中國律宗十六祖。
著述
元照的著述，在律學方面有解釋南山三大部的《四分律行事鈔資持記》四十二卷、《四分律羯磨疏濟緣記》二十二卷、《四分律含注戒本疏行宗記》二十一卷。淨土方面有《觀無量壽佛經義疏》（對天台、善導等所著《觀經疏》舊疏，稱為新疏）三卷、《阿彌陀經義疏》一卷。雜著《芝園集》二卷、《補續芝園集》一卷、《芝苑遺編》三卷。他又撰《法住記》（釋《遺教經論》）、《報恩記》（釋《盂蘭盆經疏》）、《應法記》（釋道宣《釋門章服儀》）、《佛制比丘六物圖》、《道具賦》（三衣、缽、坐具、漉水囊）等各一卷，並刪定《比丘尼戒本》，總計著書百餘卷。道宣所著《行事鈔》，自唐至宋，解者六十餘家，而以允堪的《會正記》和元照的《資持記》二書最負盛名。允堪於慶曆間（1041-1048）主錢塘西湖菩提寺（即後之昭慶寺），撰《會正記》，以釋南山的《行事鈔》。後來元照律師出，因爭論繞佛左右、衣制短長等，遂別撰《資持記》。於是《會正》、《資持》，遂分二家（《佛祖統紀》卷二十九）。當時律宗學者稱之為會正派和資持派；但後代學者專弘《資持記》，推為南山律宗正統，允堪《會正記》遂不流傳。
弟子
元照的及門弟子見於史傳的有用欽、戒度、行詵、慧亨、道言、宗利、思敏等，而傳持他的律宗法脈的為智交。用欽，從元照學律，並專修淨業。著有《白蓮記》四卷釋元照《觀經疏》，《超玄記》一卷釋《阿彌陀經疏》。戒度，號拙庵，居四明龍山。學《四分律》，晚年專修淨業，撰《正觀記》三卷釋元照《觀經疏》，《無量壽佛贊注》一卷釋《無量壽佛贊》等。當時山家學匠草庵道因，見元照的《觀經疏》中有排斥知禮的《約心觀佛之說》，作《輔正解》一卷破之。戒度因撰《觀經扶新論》一卷反破，大張元照之說。淳熙四年（1177）又作《和陶淵明歸去來辭》一篇，以見歸心淨土之志。
行詵、慧亨、道言、宗利、思敏也都修習念佛法門。智交的事跡不詳。他的門下出惟一，惟一門下出法政，法政門下出如庵了宏和石鼓法久，了宏門下出鐵翁守一，法久門下出上翁妙蓮。這些人到南宋時還傳持著元照的律系。鐵翁守一著有《律宗會元》、《終南家業》；上翁妙蓮著有《篷折直辨》和《篷折箴》各二卷，都是有關律學的著作。
歷史記載
南宋慶元五年（1199），日僧俊芿（1166—1227）入宋，於四明景福寺，師事了宏三年，專修律學，於大小部文，悉皆通達。不久，淨業（1187—1259）繼之，於嘉定七年（1214）、紹定六年（1233）兩度入宋，從守一增受戒法，並究律藏，守一為撰《重受戒文》示之（《終南家業》卷中）。後來，真照又入宋，於開慶元年（1259）從妙蓮和其門人行居傳受戒法。俊芿（回國時，請回許多律宗典籍和南山、靈芝真影各一幅，於日本京都大弘律法，成為日本律宗泉涌寺派的開祖。淨業等亦於京都戒光寺、西林寺、東林寺等廣說戒法，盛傳元照一系的律學（望月信亨《支/那淨土教理史》第二十九章）。
