主要分歧
書目不同
《詩》：今文經三家，《魯詩》《齊詩》《韓詩》；古文經一家，《毛詩》
《尚書》：今文經三家，伏勝、大夏侯（勝）、小夏侯（建）；古文經一種，《古文尚書》
《禮》：今文經三家，大戴（戴德）、小戴（戴聖）、慶氏（慶普）；古文經兩種，《逸禮》《周官》（周禮）
《易經》：今文經四家，施讎、孟喜、梁丘賀、京房；古文經兩家，費氏《易》、高氏《易》
《春秋》：今文經三家，嚴氏（嚴彭祖）《公羊春秋》、顏氏《公羊春秋》、《榖梁春秋》；古文經三家，《春秋左氏傳》、《鄒氏傳》、《郟氏傳》
五經本為六經，又稱六藝，尚有《樂經》。一般認為，《樂經》只有樂譜，沒有文字；也有人認為毀於秦火，所以只存五經。
經典的排列次序各有講究
今文經學者董仲舒、司馬遷等人將六經次序排列為：《詩》《書》《禮》《樂》《易》《春秋》；
古文經學者班固將六經次序排列為《易》《書》《詩》《禮》《樂》《春秋》
對待孔子和五經的態度不同
對孔子的評價不同：今文學尊孔子為給後世製法的“素王”；古文學認為孔子是“先師”；
今文經學家認為《六經》皆為孔子所作；古文經學家認為六經是古代史科；
今文經學家認為漢代五經均為全本；古文家認為五經是秦火殘餘，其傳述多不可靠。
社會地位及影響不同
西漢前期，文景之際確立齊魯韓三家《詩》為博士均為今文，至武帝立五經七博士、興太學後，今文經成為官學。讀今文經出身的官員成為封建政權主體，其影響難以估量。
古文經學在經歷漢初的弱勢之後到漢末開始崛起。劉歆主張設立《左氏春秋》為官學，後輔助王莽推行古法，東漢光武帝排除眾異設立《左氏春秋》為博士，到章帝《白虎通議》的頒行，標誌著古文經學逐步躋身顯學之列。
歷史演變
西漢
成帝時，劉歆“校秘書，見古文《春秋左氏傳》” （引自《漢書·楚元王傳》），認為左丘明與孔子好惡相同並親見孔子，故《春秋左氏傳》比以後世口說為據的《公羊》、《穀梁》更為可信，於是引《左傳》解釋《春秋》。哀帝建平元年(前6)，劉歆又在今文諸經立於學官並置博士的情況下，作《移讓太常博士書》，爭立古文經傳於學官。但因為在西漢朝廷中，不僅擔任教職的太常博士都是今文家，就連那些達官顯宦也都是通過學今文經而得官的，因此，劉歆的要求遭到諸儒博士的反對，未能成功。
東漢
光武帝時初仍設今文經十四博士，後力排眾議，增設《左氏春秋傳》。章帝鑒於今古文思潮繁雜，為鞏固封建統治，統一學說，召開白虎觀會議，制定《白虎通議》，極大削弱了古文經的勢力，也標誌著漢代經學由盛轉衰。兼通今古文經的鄭玄採用混雜的方式注釋經典，使得漢代今古文經之爭在形式上結束。
近代
到清末，以皮錫瑞、康有為為代表的今文經學，與以章太炎、劉師培為代表的古文經學，又形成了近代的今古文經學之爭。時起時伏的今文古文經學之爭，影響到了二千年左右的不少學術領域，在中國歷史上占有重要的地位。
